Fix numerous bugs in GridTools::find_cells_adjacent_to_vertex.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25567 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25566 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent two tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25565 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25564 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in GridTools::find_cells_adjacent_to_vertex() (workaround)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25562 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-42: fix compilation error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25561 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find and review a large number of typos. (Thanks, Matthias Maier, for running the script.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25560 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve English language wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25556 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25555 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment following a suggestion by Daniel Gerecht (thanks!).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25554 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed bug for filling 'diag_mass_matrix_vector', use of dealii::Timer and FGMRES instead of CG

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25553 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25552 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test for FEFieldFunction with hp::DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25550 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make FEFieldFunction capable of handling hp::DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25549 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test about find_active_cell_around_point() to fail

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25547 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation fixes (thanks felgru)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25546 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test actually works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25545 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document bug in find_active_cell_around_point()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25544 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixes for clang 3.1: remove default parameters and give all template parameters

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25543 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go over it once.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25541 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A short notification for DoFTools::make_periodicity_changes in changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25540 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A small test for DoFTools::make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25539 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Create the doc/doxygen/tutorial/{generated|plain|doxygen} folders during
documentation generation

This is particularly useful if the deal.II library is locally managed by
a version control system that cannot track empty directories, such as git.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25538 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not just yet use C++11 features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25537 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25536 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile again in the case of using the distributed functionality.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25535 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't instantiate make_periodicity_constraints for dim == 1

As long as

dealii::DoFAccessor<0, dealii::DoFHandler<1, 1> >::child(unsigned int) const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::DoFHandler<1, 1> >::get_fe(unsigned int) const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::DoFHandler<1, 1> >::n_active_fe_indices() const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::DoFHandler<1, 1> >::nth_active_fe_index(unsigned int) const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::hp::DoFHandler<1, 1> >::child(unsigned int) const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::hp::DoFHandler<1, 1> >::get_fe(unsigned int) const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::hp::DoFHandler<1, 1> >::n_active_fe_indices() const
dealii::DoFAccessor<0, dealii::hp::DoFHandler<1, 1> >::nth_active_fe_index(unsigned int) const

are not instantiated, we cannot instantiate make_periodicity_constraints
for dim == 1 as well, otherwise linking against the libraries results in
unresolved symbols...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add DoFTools::make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25533 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a simple test for GridTools::collect_periodic_cell_pairs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25532 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include tria_accessor.h at the end of tria.h

Include tria_accessor.h at the end of tria.h, so that it is possible
for an end user to use the iterators of Triangulation<dim> directly
without the need to include tria_accessor.h separately.
(Otherwise the iterators are an 'opaque' or 'incomplete' type.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25531 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add comments to closing namespace brackets

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a helper function GridTools::collect_periodic_cell_pairs for periodic
boundary conditions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25529 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a file that's necessary when I use boost via my libparest library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25528 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25527 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an assertment of doxygen markup problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25526 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove options that are no longer supported in doxygen 1.8.1 and that
were set to their default values anyway (so older doxygen versions
will still produce the same output as before).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25525 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update pictures and the text around it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25524 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25522 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add necessary tags for doxygen 1.8.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25521 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25517 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove all traces of MinRes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25514 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Talk some about the solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add attribution.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up a tiny bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25511 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several new ones.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25510 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a link to a paper.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25509 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25508 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a caveat.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25507 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25505 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a common naming scheme: grad_phi_u instead of phi_grad_u.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25504 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25503 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Delete the file in the right directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25502 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25501 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Omit unused main arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25500 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce the matrix-free framework.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25499 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add tests for VectorTools::create_point_source_vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25498 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add create_point_source_vector for vector-valued FE.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25497 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation without threads by using the correct variable name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25496 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Uninitialize merge tracking.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25494 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch with matrix-free computations. Remaining parts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25493 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch with matrix-free computations. Until r25443.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25492 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialized merge tracking via "svnmerge" with revisions "1-24230" from
http://www.dealii.org/svn/dealii/branches/branch_cell_fe_operator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25491 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug pointed out by Alexander Grayver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25489 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List the distributed paper as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25488 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also list 7.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25487 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move text to a better place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix style of citations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25479 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

autoptr doesn't go with new[]. Simplify that code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25478 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix throwing assert

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25477 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed unsigned char to new type types::boundar_id_t.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-37: fix throwing assertion

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25475 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Untabify files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25473 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compile warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25472 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test to check that we can read UNV files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a few publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25463 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more verbose in an error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25461 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a number of doxygen markup warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25460 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Valentin Zingan: Read in UNV format produced by the Salome project.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25459 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a few warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25458 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a second function that computes the support point locations even for distributed triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25455 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25454 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix completely bogus markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25453 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doxygen markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25452 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25450 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement a second DoFTools::extract_boundary_dofs function that also works for parallel triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion and document why the function can't work in this context.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-shuffle code to avoid triggering an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over r25444 from branch_cell_fe_operator to avoid a recently added assertion that triggers when using an FEValues object with no quadrature points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25446 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce step-44.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce step-44.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo in comment. improve wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formatting issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some reindenting. Avoid lines that have latex formulas and end in double-backslashes since those are interpreted by the compiler as continuation lines.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get rid of the AdditionalTools namespace that is now virtually empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d