Merge pull request #12170 from drwells/hdf5

Fix compilation with HDF5

Merge pull request #12174 from peterrum/fe_rename

Rename FE_Wedge and FE_Pyramid

Merge pull request #12173 from drwells/deprecate-threadgroup

Deprecate Thread and ThreadGroup.

Fix compilation with HDF5

Merge pull request #12178 from peterrum/MappingQCache_level

MappingQCache: assert that level information was set up

Merge pull request #12162 from peterrum/kinsol_ladv

Enable SUNDIALS::KINSOL for LinearAlgebra::distributed::Vector

Merge pull request #12175 from peterrum/remove_names

Remove some names

MappingQCache: assert that level information was set up

Remove some names

Enable SUNDIALS::KINSOL for LinearAlgebra::distributed::Vector

Rename FE_Wedge and FE_Pyramid

Merge pull request #12140 from drwells/fix-intel-17-1

Fix compilation with intel 17, part 1

Merge pull request #12172 from masterleinad/fix_step-71

Address warnings about extra ';' in step-71

Merge pull request #12171 from tamiko/fix_test_02

mpi/data_out_hdf5_02: fix hdf5 output for dimensions 0 and 1

Deprecate Thread and ThreadGroup.

We should be using higher-level threading constructs, and these aren't used
anywhere right now anyway.

Merge pull request #12163 from peterrum/step77_typename

Step 77: add typename

Merge pull request #12169 from peterrum/fe_point_evaluation_zero

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Merge pull request #12165 from peterrum/generators_13

Update output of particles/generators_13

Merge pull request #12168 from peterrum/step-40-simplex-robust

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Address warnings about extra ';' in step-71

fix hdf5 output for dimension 0 and 1

Merge pull request #12161 from drwells/sparsity-pattern-exc

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12167 from peterrum/step-16-50-mpi-linear-operator

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Merge pull request #12166 from peterrum/build_global_description_tree

Fix grid/build_global_description_tree

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Merge pull request #12164 from peterrum/pex_cite

Fix cite for PEX

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Fix grid/build_global_description_tree

Update output of particles/generators_13

Fix cite for PEX

Step 77: add typename

Merge pull request #11828 from peterrum/marching_cube

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12159 from peterrum/update-copyright-2021

Update copyright years

Merge pull request #12157 from kronbichler/fix_empty_proc

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Update copyright years

Merge pull request #12158 from jppelteret/step-71-fixes_02

More doc fixes for step-71

Add test case

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

More doc fixes for step-71

Merge pull request #12156 from drwells/undeprecate-petsc-vector-set

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

Merge pull request #12154 from marcfehling/internal

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

We didn't implement import so there is no reason to deprecate this function yet.

Partially reverts 20a81f91beae2d022acebc833c1bca2321c67155.

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Merge pull request #10393 from jppelteret/step-72

Step-72: The minimal surface equation using automatic differentiation (step-15 revisited)

Merge pull request #12153 from jppelteret/step-71-fixes_01

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12152 from bangerth/tests

Add the correct test.

Fix compilation with intel 17 (and a UCD bug).

In particular, the new function set_node_numbers sets up the internal node
numbers for patches in the deal.II numbering, not UCD or DX or anything else.
However, the code

    nodes[GeometryInfo<dim>::ucd_to_deal[0]] = start;

assumes the RHS values are numbered with UCD (e.g., that start is the global
index for local UCD vertex number 0), which is not correct. Hence: fixing this
bug corrected the UCD output for many tests.

Add step-72

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12015 from simonsticko/restrictions

Add classes restricting a function to a lower dimension

Add the correct test.

Merge pull request #10392 from jppelteret/step-71

Step-71: Introduction to automatic and symbolic differentiation

Merge pull request #12151 from peterrum/reference_cell_switch

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Merge pull request #12150 from peterrum/typo_ca

Fix typo

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Fix typo

Merge pull request #12128 from peterrum/feeval_print

Add FEEvaluation::fast_evaluation_supported()

Merge pull request #12148 from masterleinad/fix_aligned_vector_replicate_03_release

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Move barrier between step-6 and step-7

Merge pull request #12146 from masterleinad/fix_twisted_parallelepiped

Fix grid/twisted_parallelepiped

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Add step-71

Merge pull request #12147 from gassmoeller/fix_probabilistic_particle_generation_empty

Fix for particles in empty local triangulations

Merge pull request #12131 from bangerth/private

Mark members in ParticleAccessor as 'private'.

Merge pull request #12137 from masterleinad/fix_warnings_interface_values

Fix unused variable warning in fe_interface_values.h

Merge pull request #12145 from bangerth/nedelec-2

Small cleanups.

Merge pull request #12144 from bangerth/nedelec-1

Fix for particles in empty local triangulations

Fix grid/twisted_parallelepiped

Small cleanups.

Add a test.

Add an assertion.

Merge pull request #11953 from bangerth/step-76

Merge pull request #12111 from bangerth/table-y

Merge pull request #12139 from masterleinad/fix_simplex_test

Restrict simplex/step-17 to only run with PETSc support

Leave references to step-77.

Hook step-77 into the documentation.

Add the actual code of step-77.

Add the documentation for step-77.

Add the frame of step-77.

Merge pull request #12138 from peterrum/n_locally_owned_particles

n_locally_owned_particle_ids() -> n_locally_owned_particles()

Add FEEvaluation::fast_evaluation_supported()

Restrict simplex/step-17 to only run with PETSc support

Merge pull request #11158 from peterrum/step-67b

Add step-76

"n_locally_owned_particle_ids() -> n_locally_owned_particles()

Fix unused variable warning in fe_interface_values.h

Merge pull request #12136 from masterleinad/improve_pdt_without_p4est

Give reasonable error messages when trying to use p::d::Triangulation without p4est

Merge pull request #12130 from bangerth/formula

Fix markup for a formula.

Merge pull request #12133 from kronbichler/speedup_vertex_index

Implement cache to speed up TriaAccessor::vertex_index()

Comment unused arguments

Merge pull request #12134 from kronbichler/fix_test

MG test: Remove update_cell_dof_indices_cache for mg dof numbers

Merge pull request #12135 from kronbichler/tria_simplify_code

Simplify some code in TriangulationImplementation

Fix markup for a formula.

Give reasonable error messages when trying to use p::d::Triangulation without p4est

Simplify some code in Triangulation

Remove update_cell_dof_indices_cache for mg dof numbers

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