CMake: One more round to get a sane link interface *yay*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: OK, third try

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix up some remaining link interfaces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix link interface for p4est

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Do it correctly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29969 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation fixes by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Resolve a cache invalidation issue

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix link interface for static blas/lapack

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Prefer static libs for boost if available and BUILD_SHARED_LIBS is false

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Prefer static archives if BUILD_SHARED_LIBS is set to off

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29964 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix a compilation issue if DEAL_II_WITH_UMFPACK=FALSE

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix a typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMAke: Bugfix. Search for petscvariables in the right order

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental part of previous patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Get the tensor extractors working right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further tweaks by Denis Davydov and add a test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minimizing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Latest version of the test. Really minimal. Still fails with the WorkStream patches I have locally :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Add the missing functions for the Tensor extractors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add accessor functions that take a whole set of indices all at once.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minimal form of the test. This fails with my patches to work_stream.h because we step on some other array's memory...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29953 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bunch of typos in comments, using the script from https://github.com/vlajos/misspell_fixer .

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test case for parallel block vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The testcase is getting shorter and shorter...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet another, further reduced version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet another version of this test. It should be producing the same result every time, but it doesn't with my current version of work_stream.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to a state of the test that really does fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29947 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another version which, sadly, shows yet another problem: the fact that Vector::l1_norm() produces different results every time...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A much reduced testcase. Should produce the same number every time, but doesn't.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a dead piece of left-over from an apparently earlier time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

maybe fix ConstraintMatrix::set_zero for parallel::distributed::BlockVector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in ConstraintMatrix::set_zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test that documents bug in ConstraintMatrix::set_zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify a call to (std::)copy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrapped MPI_COMM_WORLD definition around an #ifdef. Trilinos already defines this if we are serial, and we get warnings with multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I can't believe it still isn't working. It was working just fine on the
laptop, but all sorts of tests are failing again. So obnoxious!!!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further simplify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finally figure out what is necessary to make it work with using thread local
scratch objects, rather than global scratch object: we need thread local
*pointers* to these objects, but the objects and their content need to be in
the global memory space because they may in fact be worked on by other
threads, for example when zeroing out a vector etc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test for grid with nonstandard orientated faces for FE_Nedelec<3>. By Alexander Grayver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Face bug in Nedelec elements for faces with nonstandard orientation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove forgotten line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Third new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Count down, not up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adapt the first three tests in tests/umfpack to test for the transpose as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement SparseDirectUMFPACK::Tvmult

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix a meaningless comparison

"i != -1", where i is an unsigned int is always true - there is no implicit
cast of '-1' to unsigned char. It has to read "i != (unsigned char) -1"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Add Tensor extractors for FEValues objects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Denis Davydov and expand on Martin Steigemann's entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a non-recursive version of the unroll function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Provide functions to unroll and re-roll indices of Tensor, much the same as we already have for SymmetricTensor. Add test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Provide functions to unroll and re-roll indices of Tensor, much the same as we already have for SymmetricTensor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Add TableIndices::operator[] in a non-const version. Add tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Add TableIndices::operator[] in a non-const version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo previous change to this file -- the variable needs to be public
after all...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo not caught because I committed MPI code but didn't compile
for MPI :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark a field that we don't use as private.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set file properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29911 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Martin Steigemann: implement parallel::distributed::Triangulation::copy_triangulation. Add corresponding test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29910 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Martin Steigemann: implement parallel::distributed::Triangulation::copy_triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29909 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update publications Wick

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29908 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update references.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

work on multigrid tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve build type handling in DEAL_II_INVOKE_AUTOPILOT and DEAL_II_INITIALIZE_CACHED_VARIABLES

  - only display "make release" and "make debug" if it is possible to
    change build types

  - forcefully change build type to a sane value in
    DEAL_II_INITIALIZE_CACHED_VARIABLES instead of bailing out

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent one line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29902 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r29899. I now know where to look.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-enable the functionality previously reverted in 24748. This didn't work back then, and it's likely not going to work now, but I need a baseline of tests that fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet one more header file missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another necessary header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move test to a directory where it is only run whenever we actually have the parallel distributed stuff around.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct name of header file...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do include config.h or get into trouble if this is the first file you include.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable some MPI-only code if we haven't configured to use MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

removed some -Wunused-variable from lac/trilinos_sparse_matrix.h for the optimized version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make documentation more compact

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

default argument to refine_global

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-50: better solver tolerance

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29888 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix more parallel multigrid issues

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix MGConstrainedDofs if n_levels!=n_global_levels

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

compress comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-50: use n_global_levels

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reduce example

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

only test with 4 cpus

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29882 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

identifying problem with make flux sparsity pattern edge

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29881 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change wrong assertions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step 39 test with local refinement on a single processor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-50: correct parallel error estimation; breaks solver

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step 39 test works on 4 cpus

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

localize flux sparsity pattern on refinement edges

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new filtered iterator LocallyOwnedLevelCell

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better eof handling in CellId

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step 39 test runs on distributed triangulation with one subdomain

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d