Merge pull request #16902 from pcafrica/vector_traits

Add VectorTraits to Trilinos and Tpetra wrappers

Add VectorTraits to Trilinos and Tpetra wrappers

Merge pull request #16887 from kinnewig/nedelec_sz_get_shape_value_component

Add get_shape_value_component() to FE_NedelecSZ

Add changelog entry.

Unify the different evaluate() functions into one templated function.

Merge pull request #16894 from marcfehling/sundials-7

Added changelog for #16879.

Added changelog for #16879.

Merge pull request #16621 from bangerth/boost-1.84

Import BOOST 1.84.

Merge pull request #16726 from RichardYCJ/master

Also change out_stream condition when enable/disable_output

Merge pull request #16880 from pcafrica/epetra_vector_access_operator

Epetra vector access operator

Merge pull request #16886 from kinnewig/nedelec_sz_prolongation_matrix

Add get_prolongation_matrix() to FE_NedelecSZ.

Add EpetraWrappers::VectorTraits class

Merge pull request #16889 from bangerth/doc-vector

Better document operator= for parallel vectors.

Write Doxygen entries for get_shape_value_component(), get_shape_grad_component() and get_shape_grad_grad_component().

Implement get_shape_value_component(), get_shape_grad_component() and get_shape_grad_grad_component().

Move the computation of the InternalData into a separate function.

Implement EpetraWrappers::internal::VectorReference

Minor cleanup

Add changelog entry.

Merge pull request #16879 from marcfehling/sundials-7

Compatibility with SUNDIALS 7.

Better document operator= for parallel vectors.

Testing the prolongation matrix of FE_NedelecSZ.

Add get_prolongation_matrix() to FE_NedelecSZ.

Merge pull request #16885 from quangx/step-32-typo

Fix typo regarding templates in step 32

Merge pull request #16884 from drwells/un-hardcode-2d-orientation

Un-hardcode 2d orientation.

change <2> to <dim>

Introduce get_communicator_by_value().

Move parentheses out of preprocessor conditionals.

Add a test.

This fails on master due to twisted elements.

FE_Q_Base: combine permutation operations.

FiniteElement: remove 2d orientation assumptions.

For mixed meshes, we need to support quadrilaterals whose faces may have either
valid line orientation.

FE_Q_Base: clean up an assertion.

FE_Q_Base: Simplify some code with 'if constexpr'.

Merge pull request #16854 from kronbichler/improve_mapping_info

 NonMatching::MappingInfo: Avoid memory allocations in reinit()

Merge pull request #16881 from marcfehling/tria_base-inst

Clean up many explicit instantiations.

Merge pull request #16883 from Rombur/python_binding_2

Add GridGenerator::cylinder/subdivided_cylinder/truncated_cone to the python wrappers

Merge pull request #16882 from masterleinad/fix_atomics_kokkos

Don't define __ATOMIC_* in bundled Kokkos

Merge pull request #16872 from drwells/mixed-mesh-orientation

Mixed mesh orientation

Don't define __ATOMIC_* in bundled Kokkos

Add changelog entry

Add GridGenerator::truncated_cone to the python wrappers

Add GridGenerator::subdivided_cylinder to the python wrappers

Add GridGenerator::cylinder to the python wrappers

Clean up many explicit instantiations.

Use alias for sundials booleantype.

Use correct types for sundials 7.

Merge pull request #15773 from luca-heltai/fe-coupling-values

FECouplingValues.

FECouplingValues.

Merge pull request #16876 from drwells/hdf5-floating-point-exceptions

Explicitly open HDF5 and then clear its floating-point exceptions.

More efficient access via new Mapping::InternalDataBase::reinit

NonMatching::MappingInfo: Avoid memory allocations in reinit()

Explicitly open HDF5 and then clear its floating-point exceptions.

New versions of HDF5 detect the floating-point environment by doing several
things which trigger floating point exceptions, i.e., programs in the test suite
now abort in H5open(). Work around that by explicitly setting up HDF5 before we
turn on the 'abort on floating point exceptions' code.

Merge pull request #16869 from peterrum/extract_level_constant_modes

Add DoFTools::extract_level_constant_modes()

Add a test.

Merge pull request #15572 from Rombur/init_finalize

Add InitFinalize base class of MPI_InitFinalize

Merge pull request #16875 from bangerth/typos

Fix a whole lot of typos.

Merge pull request #16870 from bangerth/distort-random

Update documentation for GridTools::distort_random().

Update documentation for GridTools::distort_random().

In particular also remove a reference to the function in the documentation of class
Triangulation. The function used to be part of that class, but has not been for a long
time.

Fix a whole lot of typos.

Merge pull request #16874 from bangerth/exc

Remove two exceptions that are apparently no longer used.

Remove two exceptions that are apparently no longer used.

Merge pull request #16871 from tjhei/maybe-uninit-orthogonal

fix maybe-unused warning in grid_tools_dofhandler

Merge pull request #16868 from masterleinad/remove_redundant_copy_assignment_vectorizedarrayiterator

Remove redundant defaulted copy assignment operator for VectorizedArrayIterator

execute_refinement_isotropic(): generalize line assignment.

execute_refinement_isotropic(): inherit orientations.

This fixes quadrilateral orientations on mixed meshes. A minor inconsistency in
this scheme is that the inner triangle faces must have different orientations on
different children.

execute_refinement_isotropic(): refactor.

TriaAccessor: permit calling set_combined_face_orientation() in 2d.

execute_refinement_isotropic(): Add a loop.

execute_refinement_isotropic(): Clean up some comments.

execute_refinement_isotropic(): Generalize 2d child line assignment.

Quadrilateral cells in mixed meshes may have lines with reversed orientations.
We can make that case work correctly by simply generalizing the code we already
have for triangles.

fix maybe-unused warning

```
./include/deal.II/grid/reference_cell.h:2799:22: warning:
‘face1_vertices.std::array<unsigned[763/12022] M_elems[0]’ may be used
uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]
./source/grid/grid_tools_dof_handlers.cc:2438:7: note:
‘face1_vertices.std::array<unsigned int, 1>::_M_elems[0]’ was declared
here
```

Add DoFTools::extract_level_constant_modes()

Merge pull request #15819 from luca-heltai/reordered-view

FEValuesViews::RenumberedView

Remove redundant defaulted copy assignment operator for VectorizedArrayIterator

Merge pull request #16866 from peterrum/step-89-fixes

Small fixes in step-89

Merge pull request #16864 from bangerth/simplify

Simplify some functions by just deferring to member functions.

Merge pull request #16863 from bangerth/40-2

Unclutter step-40's run() function.

Merge pull request #16862 from bangerth/40-1

In step-40, move timer section into the function being timed.

Merge pull request #16835 from drwells/fix-trailing-newline-mac

Fix ensure_single_trailing_newline() on macs.

Small fixes in step-89

Merge pull request #16299 from jh66637/step-89-tutorial

Add tutorial on Nitsche-type mortaring

In step-40, move timer section into the function being timed.

Simplify some functions by just deferring to member functions.

Unclutter step-40's run() function.

Move detailed output into the function that actually creates this information.
This ensures that the run() function itself remains rather clean and easy to
follow.

Split a very long string.

Merge pull request #16858 from tamiko/fix_cgal_test_fpe

Test: cgal/cgal_mesh_criteria: disable floating point exceptions

Make sure MSVC does not pretend it is GCC.

Add a changelog entry.

Disable some warnings in BOOST.

Import BOOST 1.84.

Merge pull request #16840 from tamiko/vectorization_type_trait

Vectorization type trait

Merge pull request #16859 from peterrum/remove_debug_output

Remove debug output

Test: cgal/cgal_mesh_criteria: disable floating point exceptions

We trigger a (deliberate) floating point exception in the CGAL (header)
library:
```
    // The multiplications could produce some NaN, with 0 * inf. Replacing it with inf is safe.
    // min(x,y) (the order is essential) returns its second argument when the first is NaN.
    // An IEEE 754-2019 maximum could help.
    __m128d big = IA::largest().simd();
->  __m128d x1 = _mm_mul_pd(aa,bz);                       // {-ai*bi,as*bs}
    //x1 = _mm_min_pd(x1,big); // no NaN
    __m128d x2 = _mm_mul_pd(aa,c);                        // {-ai*bs,as*bi}
    x2 = _mm_min_pd(x2,big); // no NaN
    __m128d x3 = _mm_mul_pd(ap,bz);                       // {-as*bi,ai*bs}
    //x3 = _mm_min_pd(x3,big); // no NaN
    __m128d x4 = _mm_mul_pd(ap,c);                        // {-as*bs,ai*bi}
    x4 = _mm_min_pd(x4,big); // no NaN
```

Thus, disable floating point exceptions for the test.

Remove debug output

Merge pull request #16853 from kronbichler/avoid_allocations_2

Add Quadrature::initialize() function taking ArrayView

Merge pull request #16624 from peterrum/matrixcreator_fullmatrix

Enable MatrixCreator functions also for FullMatrix

Merge both initialize functions

Merge pull request #16852 from kronbichler/fix_docu

MappingQ: Remove outdated documentation

Merge pull request #16855 from kronbichler/fix_pow

Avoid std::pow in BarycentricPolynomials

Avoid std::pow in BarycentricPolynomials