Merge pull request #16885 from quangx/step-32-typo

Fix typo regarding templates in step 32

Merge pull request #16884 from drwells/un-hardcode-2d-orientation

Un-hardcode 2d orientation.

change <2> to <dim>

Add a test.

This fails on master due to twisted elements.

FE_Q_Base: combine permutation operations.

FiniteElement: remove 2d orientation assumptions.

For mixed meshes, we need to support quadrilaterals whose faces may have either
valid line orientation.

FE_Q_Base: clean up an assertion.

FE_Q_Base: Simplify some code with 'if constexpr'.

Merge pull request #16854 from kronbichler/improve_mapping_info

 NonMatching::MappingInfo: Avoid memory allocations in reinit()

Merge pull request #16881 from marcfehling/tria_base-inst

Clean up many explicit instantiations.

Merge pull request #16883 from Rombur/python_binding_2

Add GridGenerator::cylinder/subdivided_cylinder/truncated_cone to the python wrappers

Merge pull request #16882 from masterleinad/fix_atomics_kokkos

Don't define __ATOMIC_* in bundled Kokkos

Merge pull request #16872 from drwells/mixed-mesh-orientation

Mixed mesh orientation

Don't define __ATOMIC_* in bundled Kokkos

Add changelog entry

Add GridGenerator::truncated_cone to the python wrappers

Add GridGenerator::subdivided_cylinder to the python wrappers

Add GridGenerator::cylinder to the python wrappers

Clean up many explicit instantiations.

Merge pull request #15773 from luca-heltai/fe-coupling-values

FECouplingValues.

FECouplingValues.

Merge pull request #16876 from drwells/hdf5-floating-point-exceptions

Explicitly open HDF5 and then clear its floating-point exceptions.

More efficient access via new Mapping::InternalDataBase::reinit

NonMatching::MappingInfo: Avoid memory allocations in reinit()

Explicitly open HDF5 and then clear its floating-point exceptions.

New versions of HDF5 detect the floating-point environment by doing several
things which trigger floating point exceptions, i.e., programs in the test suite
now abort in H5open(). Work around that by explicitly setting up HDF5 before we
turn on the 'abort on floating point exceptions' code.

Merge pull request #16869 from peterrum/extract_level_constant_modes

Add DoFTools::extract_level_constant_modes()

Add a test.

Merge pull request #15572 from Rombur/init_finalize

Add InitFinalize base class of MPI_InitFinalize

Merge pull request #16875 from bangerth/typos

Fix a whole lot of typos.

Merge pull request #16870 from bangerth/distort-random

Update documentation for GridTools::distort_random().

Update documentation for GridTools::distort_random().

In particular also remove a reference to the function in the documentation of class
Triangulation. The function used to be part of that class, but has not been for a long
time.

Fix a whole lot of typos.

Merge pull request #16874 from bangerth/exc

Remove two exceptions that are apparently no longer used.

Remove two exceptions that are apparently no longer used.

Merge pull request #16871 from tjhei/maybe-uninit-orthogonal

fix maybe-unused warning in grid_tools_dofhandler

Merge pull request #16868 from masterleinad/remove_redundant_copy_assignment_vectorizedarrayiterator

Remove redundant defaulted copy assignment operator for VectorizedArrayIterator

execute_refinement_isotropic(): generalize line assignment.

execute_refinement_isotropic(): inherit orientations.

This fixes quadrilateral orientations on mixed meshes. A minor inconsistency in
this scheme is that the inner triangle faces must have different orientations on
different children.

execute_refinement_isotropic(): refactor.

TriaAccessor: permit calling set_combined_face_orientation() in 2d.

execute_refinement_isotropic(): Add a loop.

execute_refinement_isotropic(): Clean up some comments.

execute_refinement_isotropic(): Generalize 2d child line assignment.

Quadrilateral cells in mixed meshes may have lines with reversed orientations.
We can make that case work correctly by simply generalizing the code we already
have for triangles.

fix maybe-unused warning

```
./include/deal.II/grid/reference_cell.h:2799:22: warning:
‘face1_vertices.std::array<unsigned[763/12022] M_elems[0]’ may be used
uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]
./source/grid/grid_tools_dof_handlers.cc:2438:7: note:
‘face1_vertices.std::array<unsigned int, 1>::_M_elems[0]’ was declared
here
```

Add DoFTools::extract_level_constant_modes()

Merge pull request #15819 from luca-heltai/reordered-view

FEValuesViews::RenumberedView

Remove redundant defaulted copy assignment operator for VectorizedArrayIterator

Merge pull request #16866 from peterrum/step-89-fixes

Small fixes in step-89

Merge pull request #16864 from bangerth/simplify

Simplify some functions by just deferring to member functions.

Merge pull request #16863 from bangerth/40-2

Unclutter step-40's run() function.

Merge pull request #16862 from bangerth/40-1

In step-40, move timer section into the function being timed.

Merge pull request #16835 from drwells/fix-trailing-newline-mac

Fix ensure_single_trailing_newline() on macs.

Small fixes in step-89

Merge pull request #16299 from jh66637/step-89-tutorial

Add tutorial on Nitsche-type mortaring

In step-40, move timer section into the function being timed.

Simplify some functions by just deferring to member functions.

Unclutter step-40's run() function.

Move detailed output into the function that actually creates this information.
This ensures that the run() function itself remains rather clean and easy to
follow.

Split a very long string.

Merge pull request #16858 from tamiko/fix_cgal_test_fpe

Test: cgal/cgal_mesh_criteria: disable floating point exceptions

Merge pull request #16840 from tamiko/vectorization_type_trait

Vectorization type trait

Merge pull request #16859 from peterrum/remove_debug_output

Remove debug output

Test: cgal/cgal_mesh_criteria: disable floating point exceptions

We trigger a (deliberate) floating point exception in the CGAL (header)
library:
```
    // The multiplications could produce some NaN, with 0 * inf. Replacing it with inf is safe.
    // min(x,y) (the order is essential) returns its second argument when the first is NaN.
    // An IEEE 754-2019 maximum could help.
    __m128d big = IA::largest().simd();
->  __m128d x1 = _mm_mul_pd(aa,bz);                       // {-ai*bi,as*bs}
    //x1 = _mm_min_pd(x1,big); // no NaN
    __m128d x2 = _mm_mul_pd(aa,c);                        // {-ai*bs,as*bi}
    x2 = _mm_min_pd(x2,big); // no NaN
    __m128d x3 = _mm_mul_pd(ap,bz);                       // {-as*bi,ai*bs}
    //x3 = _mm_min_pd(x3,big); // no NaN
    __m128d x4 = _mm_mul_pd(ap,c);                        // {-as*bs,ai*bi}
    x4 = _mm_min_pd(x4,big); // no NaN
```

Thus, disable floating point exceptions for the test.

Remove debug output

Merge pull request #16853 from kronbichler/avoid_allocations_2

Add Quadrature::initialize() function taking ArrayView

Merge pull request #16624 from peterrum/matrixcreator_fullmatrix

Enable MatrixCreator functions also for FullMatrix

Merge both initialize functions

Merge pull request #16852 from kronbichler/fix_docu

MappingQ: Remove outdated documentation

Merge pull request #16855 from kronbichler/fix_pow

Avoid std::pow in BarycentricPolynomials

Avoid std::pow in BarycentricPolynomials

New test case

Add Quadrature::initialize() function taking ArrayView

Remove outdated documentation

Merge pull request #16849 from tamiko/fix_fe_values_tests

Test fe/fe_values_view_{07|10|13|16}: make Assert more robust

Test fe/fe_values_view_{07|10|13|16}: make Assert more robust

The Assert checks that we computed with a relative error of less than
1e-12. This fails however, if the vector in question is 0. Thus, also
check for an absolute error.

Enable MatrixCreator functions also for FullMatrix

Merge pull request #16847 from kronbichler/avoid_allocations

MappingQ: Favor get_vertices() over compute_mapping_support_points() if possible

Merge pull request #16830 from kronbichler/mapping_cartesian

MappingCartesian: Some performance improvements

MappingQ: Use get_vertices() instead of compute_mapping_support_points when possible

Merge pull request #16800 from kronbichler/fe_eval_docu

FEEvaluation: Modernize documentation of get_xxx/submit_xxx

Merge pull request #16843 from kronbichler/improve_vector_tools_interpolate

VectorTools::interpolate: Make common case of vector problem faster

Merge pull request #16839 from bangerth/tensor-product

Make tensor*tensor implementation easier to read.

VectorizedArray: add constexpr boolean that records whether a type is vectorized

Vectorization: move assert into constructor

Merge pull request #16844 from kronbichler/eval_interface

Use ArrayView for interface to tensor-product point evaluator

Merge pull request #16845 from kronbichler/pass_by_reference

Pass some SmartPointer variables by reference

FEValuesViews::ReorderedView

Fix ensure_single_trailing_newline() on macs.

I'm not sure exactly why mac's version of sed produces different output here but
it is easy enough to use something simpler. Just check if the last character is
a newline: if not, then append a newline character.

Use ArrayView for interface to tensor-product point evaluator

Merge pull request #16832 from bangerth/fix-tests

Fix naming of output files.

Merge pull request #16841 from bangerth/type-to-string

Augment documentation of Utilities::type_to_string().

Changelog

VectorTools::interpolate: Make common case of vector problem faster

Pass some SmartPointer variables by reference

Merge pull request #16837 from bangerth/vec-array-2

Provide an implementation for VectorizedArray::dot_product().

Augment documentation of Utilities::type_to_string().

Merge pull request #16833 from kronbichler/fgmres_orth

Switch SolverFGMRES to new delayed classical Gram-Schmidt

Improve two assertions

Make tensor*tensor implementation easier to read.

Changelog

Test case