Second piecewise removal support for PETSc < 3.x. Align comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First piecewise removal support for PETSc < 3.x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

avoid that library functions are replaced instead of creating a brand new library

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add accepted publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changing the reference for saddle point problem; fixed bug in E(u)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation and remove doxygen warnings

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

provide a reference output for comparison

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Kill configure support for PETSc < 3.0 and update the readmes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge: unify compress() for linear algebra objects

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DoFRenumbering::sort_selected_dofs_back(..) on each level for mg
implemented

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrapper to the MUMPS interface of PETSc by Dan Brauss.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let copy constructor from IdentityMatrix to FullMatrix not be explicit any more. There doesn't appear to be a compelling reason for this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduced dynamic cast bug for 10.8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put minimal information about METIS

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed OSX Mountain Lion configure bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the silly typename again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

... and web page

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Affiliation change

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put in a missing header change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually change the code that handles Metis functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work in configuration for Metis 5.x

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make METIS configure output more verbose

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several new tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a presumably missing 'typename'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cleanup test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reference to the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace by less offensive latex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Part II of: Convert a bunch of bare 'unsigned's into 'unsigned int's to make the replacement by types::global_dof_index simpler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert matrices.h and vectors.h into matrix_tools.h/vector_tools.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indentation fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert a bunch of bare 'unsigned's into 'unsigned int's to make the replacement by types::global_dof_index simpler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert an input argument with default value into a const reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the now correct name for a header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up include files to new format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an endline at the end of the file...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve intro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25835 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use new include files matrix_tools.h and vector_tools.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25831 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix input file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix input file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix input files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix input file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25822 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

also rename matrices.* to matrix_tools.*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

decribtion of the active set method

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

keywords

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

first version of diergence tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

additional error check in Trilinos SparseMatrix in debug mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Thomas Carraro's publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename vectors to vector_tools

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move mpi namespace from trilinos_block_vector.h into new trilinos_parallel_block_vector.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add ip residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ip residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename files for Matthias

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add cell residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add cell residual

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure people read step-40 before step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

scalar boundary residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

boundary residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow some matrix-vector ops to run on distributed objects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent and minor text edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updating tests for the point_value_history class
Two new tests have been added, point_value_history_02 tests the added functionality for vector fields.
point_value_history_03 tests the added functionality for scala fields.
point_value_history_01 tests backwards compatibility of the class. Note that the .cc file is unchanged. The output has changed slightly due to the new format of data files and status output, hence cmp/generic is updated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the method of specifying components from a list to a component mask.
Documented above changes, and provided comments clarifying that GridTools::find_active_cell_around_point can be used in the add_point(s) methods.
White space changes to improve the code structure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

a first version of the documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document support for clang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid modifying a vector that has ghost elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

link PETSc 3.1+ to libpetsc instead of libpetsccall to fix linking on gcc 4.7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update refs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start testing laplacian

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow modifying operations on vectors with ghost elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More links into the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a glossary entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more verbose in the description of parameters.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25747 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Frobenius inner product of two Tensor of rank 2

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25746 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Patterns::Map. Also fix a number of minor issues with Patterns::List.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add several references to the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25744 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Uwe Koecher: Avoid warnings about unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25743 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also set -m64 in CFLAGS if we do so in CXXFLAGS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix list of authors of a patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25741 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits. Make a function private that doesn't have to be in the
public interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25739 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with Intel+MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25738 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d