Merge pull request #10510 from luca-heltai/add-global-particles

Add global particles

Merge pull request #10560 from peterrum/tria_accessor_remove_geometry_info_1

Introduce n_vertices(), n_lines(), n_face() in TriaAccessor

Merge pull request #10578 from masterleinad/forward_declaration_slepc

Add missing forward declaration in slepc_spectral_transformation.h

Merge pull request #10580 from bangerth/smallvector

Remove an #include not used in a .h file.

Introduce new functions in TriaAccessor

Merge pull request #10575 from drwells/remove-hp-references-postprocessor

Remove references to hp::DoFHandler in the postprocessor.

Merge pull request #10571 from Rombur/fix_threadlocalestorage

Fix CUDA build: make insertion_mutex mutable

Remove an #include not used in a .h file.

Instead, add it to the .cc files.

Merge pull request #10463 from dougshidong/fix_trilinos_clear_row

Fix Trilinos::SparseMatrix::clear_row 2nd arg.

Merge pull request #10577 from masterleinad/remove_deprecated_updateflags

Remove deprecated UpdateFlags

Add missing forward declaration in slepc_spectral_transformation.h

Co-authored-by: Alex Kokomov <KokomovAlex@gmail.com>

Remove deprecated UpdateFlags

Merge pull request #10572 from masterleinad/deprecated_examples

Check for deprecated functions in tutorials

Merge pull request #10576 from masterleinad/remove_vector_slice

Remove VectorSlice

Remove VectorSlice

Update Trilinos Matrix::clear_rows 2nd arg test.

Merge pull request #10567 from masterleinad/depracted_opencascade

Remove deprecated OpenCASCADE classes

Merge pull request #10550 from drwells/fix-muparser-2.3.2

Fix detection of muParser 2.3.2.

Remove references to hp::DoFHandler in the postprocessor.

Merge pull request #10574 from peterrum/error_estimator_dofhandlertype

Remove DoFHandlerType from numerics/error_estimator.h

Merge pull request #10569 from peterrum/n_raw_lines

Remove specialization of Tria::n_raw_lines()

Remove DoFHandlerType from numerics/error_estimator.h

Use DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS instead

Readd opencascade/boundary_lib.h

Check for deprecated functions in tutorials

Fix CUDA build: make insertion_mutex mutable

The constructor of std::shared_lock cannot take a const ref

Merge pull request #10568 from peterrum/ConstantFunction_tests_fix_

Fix tests with ConstantFunction without prefix

Fix detection of muParser 2.3.2.

Remove specialization of Tria::n_raw_lines()

Fix tests with ConstantFunction without prefix

Merge pull request #10545 from tjhei/cell_measure_std_vector

introduce GridTools::cell_measure for std::vector

Merge pull request #10376 from krishnakumarg1984/krishna_fix_redundant_edge_step50

Merge pull request #10475 from krishnakumarg1984/fix_step52_minor_issues

fixes step-52 doc issue; the correct math expr is sin(x,pi/omega)=0

Remove deprecated OpenCASCADE classes

Merge pull request #10565 from masterleinad/remove_deprecated_functions

Remove ZeroFunction and ConstantFunction without prefix

apply suggestion

Remove ZeroFunction and ConstantFunction without prefix

introduce GridTools::cell_measure for std::vector

call cell_measure with a reference to CellData::vertices in ASPECT,
which no longer compiles.
Fix this by introducing an overload of cell_measure accepting an
ArrayView. The means a std::vector works directly.
Also switch the implementation around where the array calls the
ArrayView implementation.

Merge pull request #10563 from masterleinad/cleanup_dof_tools

Remove the deprecated DoFTools::extract_locally_owned_dofs

Remove the deprecated DoFTools::extract_locally_owned_dofs

Merge pull request #10555 from peterrum/dofhandlertype_remove_1

Merge pull request #10559 from drwells/remove-dofhandlertype-hp-fevalues

Remove DoFHandlerType from hp::FEValues templates.

Merge pull request #10558 from masterleinad/cleanup_dof_tools

Cleanup DoFTools hp::DoFhandler

Remove DoFHandlerType from dof_handler_policy.h/.cc

Merge pull request #10557 from drwells/remove-dofhandlertype-fevalues

Remove DoFHandlerType from FEValues templates.

Merge pull request #10554 from peterrum/pft_update

Small generialization in tria_description.cc

Remove DoFHandlerType from hp::FEValues templates.

Cleanup DoFTools hp::DoFhandler

Remove DoFHandlerType from FEValues templates.

Merge pull request #10552 from peterrum/CellAccessor_at_boundary

Simplify CellAccessor::at_boundary()

Merge pull request #10553 from peterrum/grid_tools_cache_04_update

Update output of tests/grid/grid_tools_cache_04

Merge pull request #10551 from peterrum/pft_remove_unused_function

Remove usused internal function

Small generialization in tria_description.cc

Update output of tests/grid/grid_tools_cache_04

Simplify CellAccessor::at_boundary()

Remove usused internal function convert_cell_id_binary_type_to_level_coarse_cell_id

Merge pull request #10481 from tcclevenger/add_test_for_transfer

MGTransferPrebuilt custom constraints test

Merge pull request #10363 from luca-heltai/rtree-of-locally-owned-active-cells

GridTools::Cache::get_locally_owned_cell_bounding_boxes_rtree()

Merge pull request #10516 from peterrum/exchange_cell_data_to_ghosts

Merge implementations of exchange_cell_data_to_(level)_ghosts

Merge pull request #10547 from masterleinad/fix_artificial_particles

Avoid accessing artificial cells in ParticleHandler

Merge pull request #10546 from tjhei/clang10-warnings

work around clang10 warnings

add test

Avoid accessing artificial cells in ParticleHandler

work around clang10 warnings

This fixes several Wdeprecated-copy warnings from tbb and some boost warnings.

Merge pull request #10542 from peterrum/celldata_nvertices

Pass number of vertices to CellData

Merge pull request #10527 from peterrum/refine_locally_owned

Check in GridRefinement::refine()/coarsen() if cell is locally owned

Merge pull request #10543 from masterleinad/fix_point_gradient

Fix missing instantiations for point_gradient

Merge pull request #10538 from peterrum/matrixfree_reinit

Remove DoFHandlerType from MatrixFree::reinit()

Fix missing instantiations for point_gradient

Merge pull request #10520 from nfehn/clarify_artifical_cells

Clarify docu of GridTools::find_active_cell_around_point()

Merge pull request #10541 from peterrum/std_ofstream

Specify std namespace

Pass number of vertices to CellData

Specify std namespace

fix docu of GridTools::find_active_cell_around_point()

Remove DoFHandlerType from MatrixFree::reinit()

Merge pull request #10539 from bangerth/language

Do not use 'black/whitelist' language.

Do not use 'black/whitelist' language.

Update doc/news/changes/minor/20200526LucaHeltai

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

get_locally_owned_cell_bounding_boxes_rtree and covering.

Merge pull request #10524 from masterleinad/remove_mgcoarsegridlaciteration

Remove MGCoarseGridLACIteration

Merge implementations of exchange_cell_data_to_(level)_ghosts

Merge pull request #10536 from luca-heltai/rtree-of-particles

Particles as indexable.

Merge pull request #10334 from kronbichler/split_mf_initialize_indices

Split up MatrixFree::initialize_indices to speed up compilation

Split up MatrixFree::initialize_indices to speed up compilation

Particles as indexable.

Merge pull request #10525 from DavidSCN/enable_non_default_VAT

Enable non-default VectorizedArrayType in read_cell_data()

Merge pull request #10533 from jppelteret/doc_changelog_01

Add a missing contributor to a changelog entry

Add a missing contributor to a changelog entry

Merge pull request #10528 from peterrum/kelly_active_cell_index

Use active_cell_index() in KellyErrorEstimator::estimate()

Merge pull request #10523 from tamiko/fix_schmidts_double_checking

Thread/Task: Fix Schmidt's double checking

Use active_cell_index() in KellyErrorEstimator::estimate()

Check in GridRefinement::refine()/coarsen() if cell is locally owned

Remove make_vectorized and fix get_symmetric_gradient()

Merge pull request #10328 from peterrum/dofhandler_flat_rebased

Merge DoFHandler and hp::DoFHandler

Enable non-default VectorizedArrayType in read_cell_data()

switch to std::atomic<bool> instead of using std::atomic_bool

Thread/Task: Fix Schmidt's double checking

We have to use a std::atomic_bool instead of a bool to ensure proper
memory fencing, see [1] for an in-detail discussion.

[1] https://preshing.com/20130930/double-checked-locking-is-fixed-in-cpp11/

Remove MGCoarseGridLACIteration

Merge pull request #10522 from peterrum/exchange_cell_data_to_level_ghosts_auto

Remove auto from GridTools::exchange_cell_data_to_level_ghosts()

Merge pull request #10521 from tamiko/bugfix

Bugfix: Return a reference to *this in operator=