Step-70

Work in progress for step-70.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #10210 from marcfehling/take_over9969

[9.2] Take over #9969: Revisited binary search for parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #10217 from tamiko/pr_10198

[9.2] Take over #10198

Merge pull request #10213 from tamiko/pr_10207

[9.2] Take over #10207

Make further edits to step-50.cc.

Avoid a statement that appears to confuse doxygen.

Print an error message if no input is given.

Rename variables to their standard names.

Use the name make_coefficient_table() in analogy to make_shared() etc.

Use switch statements for finite enumerations.

Minor code improvements to step-50.

Use better variable names when computing the error estimator.

Simplify creation of a std::set.

Break a long string to lead to a better line break.

Rename a variable in step-50.

Use a better description of the error estimator vector in the output.

Make the logic in step-50's main() function simpler.

Update the commentary of step-50.

Updates to the results section of step-50.

Updates to the introduction of step-50.

Merge pull request #10209 from masterleinad/take_over10013

[9.2] Take over #10013: Introduced p::d::ErrorPredictor.

Fix extract_rtree_level for small problem sizes

Added tests with different compositions of criteria vectors for fixed number refinement.

Merge pull request #10212 from masterleinad/takeover10208

[9.2] Take over #10208: Fix python FunctionManifold

Fix python FunctionManifold

Revisited adjust_interesting_range for parallel::distributed::GridRefinement.

Introduced p::d::ErrorPredictor.

Predicts error after adaptation based on future_fe_indices and CellStatus.

Merge pull request #10203 from tamiko/pr_10201

[9.2.] Take over #10201

Merge pull request #10200 from masterleinad/fix_mpi_condense_petsc_complex_9_2

[9.2] Take over #10199:  Choose output files for mpi/condense_01 correctly

Merge pull request #10204 from tamiko/pr_10202

[9.2] Take over #10202 #10202 Update an entry in the changelog. See #10072

Update an entry in the changelog.

CMake: relax arpack and parpack library directory requirements

Some Linux distributions install the parallel libparpack.so* component
in an MPI vendor specific directory different from the location of the
serial libarpack.so* library. We can thus not assume that both are
located in the same directory.

Closes: #10197

Choose output files for mpi/condense_01 correctly

Merge pull request #10196 from tamiko/pr_10195

[9.2] Take over #10195

Doxygen: Fix include strip

This fixes a bug introduced in #10187

Merge pull request #10192 from tamiko/pr_10189

Take over #10189 and #10191

Merge pull request #10193 from masterleinad/take_10190

[9.2] Take over #10190: Run Travis on all branches

Run Travis on all branches

Documentation: Treat code gallery projects as examples

Installing the code gallery projects as part of the html documentation
is not ideal. Let us install the code gallery projects as a sub
directory under the EXAMPLES_RELDIR instead:

  examples/code-gallery/*
  examples/step-*

Documentation: fix make_gallery.pl

Otherwise newer doxygen does not parse the generated *.h files...
See #8972

Merge pull request #10187 from tamiko/pr_10178

[9.2] Take over #10178

Merge pull request #10186 from tamiko/pr_10176

[9.2] Take over #10176

doxygen: Strip full @CMAKE_SOURCE_DIR@ and @CMAKE_BINARY_DIR@

The current configuration fails to strip the repository path from source
directories, e.g., on the homepage we have for example:

"""
The documentation for this struct was generated from the following files:

    deal.II/lac/petsc_precondition.h
    /home/dealii/dealii/source/lac/petsc_precondition.cc
"""

With this change this now reads:

"""
The documentation for this struct was generated from the following files:

    include/deal.II/lac/petsc_precondition.h
    source/lac/petsc_precondition.cc
"""

Silence deprecation warnings

Fix comment

Remove unusable variable

Use sensible default parameter

Fix test after some sadd and equ functions have been removed

Merge pull request #10185 from tamiko/pr_10179

[9.2] Take over #10179: contrib/utilities/makeofflinedoc.sh: Also install jpg

contrib/utilities/makeofflinedoc.sh: Also install jpg

Merge pull request #10184 from masterleinad/fix_braces_47

[9.2] Take over #10183: Fix missing closing braces.

Fix missing closing braces.

Merge pull request #10177 from masterleinad/take_over_10161

 [9.2] Take over #10161: Removed two variables which were not used in particles/utilities.h

update VERSION for release

Removed two variables which were not used in particles/utilities.h

Merge pull request #10159 from tjhei/jenkins_ci_branches

[9.2] Take over #10173: Jenkins: also test release branches

Merge pull request #10169 from tamiko/pr_10168

Merge pull request #10172 from tamiko/pr_10171

Merge pull request #10170 from tamiko/remove_test

[9.2] remove test mpi/p4est_bug

update fe_series tests again to latest changes

Merge pull request #10167 from tamiko/pr_10166

remove test mpi/p4est_bug

This test will actually make it past the expect=run stage if p4est is
not compiled with debug asserts. This is unfortunately independent of
whether deal.II is in release or debug mode.

do not print mesh in opencascade/stl_* tests

These tests create a mesh (with our opencascade) interface.
Unfortunately, the result pretty much depends on the mesher being used
(which changes between opencascade and oce versions), the standard
library version (libstdc++ versus libc++) and the CPU architecture.

I initially thought that the test result would not depend on the machine
this test is running on and created the output alternatives
(*.output.opencascade7.4.0) on my laptop. Evidently this did not fix
this test on our main tester. Let's simply remove the output and just
check that the code path runs without throwing an error.

examples/step-69: fix texttt formulas

Jenknis: also test release branches

update AUTHORS

update VERSION

Merge pull request #10157 from tamiko/update_version

Release step 5: update VERSION

Merge pull request #10156 from tamiko/update-tag-file

Release step 1a: Update tag list

Merge pull request #10154 from tamiko/update-changes-file

Release step 1: Update changelog file

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

add dummy entries to make travis happy

fix year range

Merge pull request #10155 from masterleinad/instantiate_opencascade

Instantiate OpenCASCADE

update VERSION

Release step 1a: Update tag list

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Instantiate OpenCASCADE

Merge pull request #7513 from marcfehling/smoothness-estimator-2

Introduced SmoothnessEstimator.

Merge pull request #10152 from marcfehling/prediction-extension

Updated doc for hp::Refinement::predict_error().

Update include/deal.II/hp/refinement.h

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

fix compilation

Address typos brought up in review comments

Update include/deal.II/hp/fe_collection.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Added SmoothnessEstimator::default_fe_series() functions returning default FESeries objects.

Removed default constructor and initialize() functions for FESeries objects.

SmoothnessEstimator: Enhancements regarding applicability.

SmoothnessEstimator: Implementation with dedicated coefficient decay functions for both Fourier and Legendre series expansions individually.

SmoothnessEstimator: Initial implementation with FESeries template.

No more restriction on isotropic refinement for hp::Refinement::predict_error().

Updated doc for hp::Refinement::predict_error().

Merge pull request #8603 from tjhei/add_p4est_fail_test

add failing p4est test

Merge pull request #9954 from marcfehling/prediction-extension

Reworked error prediction algorithm.