Limit renumbering hp DoFs to non-artificial cells.

Limit updating DoF indices to cells where this is possible.

Merge pull request #5062 from bangerth/convert-arrayview

Automatically allow converting std::vector to ArrayView.

Merge pull request #5067 from bangerth/hp-fixes

Two small parallel hp fixes

Merge pull request #5064 from bangerth/cleanup-logstream

Some minor cleanups of LogStream.

Merge pull request #5058 from tjhei/fix_readwritevector_test

fix tests/readwritevector_0x

Only update DoF indices on active cells in the non-MG renumbering.

Do not set directly active_fe_indices on ghost cells.

Add changelog entry.

Add test.

Automatically allow converting std::vector to ArrayView.

Some minor cleanups of LogStream.

In particular, move some functions into the .cc file -- surely, these
functions do not need to be 'inline' in the header file.

Merge pull request #5061 from bangerth/fix-minres

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer in SolverMinRes.

Merge pull request #5060 from bangerth/fix-grammar

Fix grammar in documentation.

Merge pull request #5059 from tamiko/make_clang_5.0_happy

CMake: Avoid -Wunknown-warning-option warnings

CMake: Avoid -Wunknown-warning-option warnings

Clang 5.0.0 complains about unknown warning options in GCC pragma
directives. This causes a lot of spurious warnings whenever the macro

  DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS

is encountered. Add a pragma directive to disable warnings about unknown
warnings to silence this.

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer.

Fix grammar.

Mark an empty destructor as '=default'.

Merge pull request #4723 from drwells/manifold-arrayview-compat

Break the Manifold interface for performance.

fix tests/readwritevector_0x

Add a changelog entry for the Manifold incompatibities.

Rename add_new_points as get_new_points.

This function no longer appends new points to a vector so a name change is in
order.

Directly create an ArrayView from a table.

Mark methods as 'override'.

Break the Manifold interface for performance.

This commit changes the interfaces of

Manifolds::get_default_points_and_weights
Manifold::project_to_manifold
Manifold::get_new_point
Manifold::add_new_points

to use ArrayView instead of std::vector. In addition, the interface of
add_new_points has been changed to populate the ArrayView argument
instead of appending to the end of the array.

This breaks the public interface of Manifold for the sake of improving
performance by about 30%: profiling indicates that, when creating a grid
with a Manifold, we spend about 30% of our time purely calling new and
delete since we must create and destroy so many std::vectors.

Merge pull request #5053 from tjhei/document_parallel_grid_tools

document parallel::GridTools namespace

document parallel::GridTools namespace

otherwise the functions won't show up in doxygen

Merge pull request #5047 from kronbichler/improve_tensor_product_polynomials

Rewrite TensorProductPolynomials::compute for more performance

Merge pull request #5051 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen formatting mistakes

fix doxygen formatting mistakes

Merge pull request #5050 from tjhei/fix_grid_tools_include

Fix self-inclusion in distributed/grid_tools.h

Fix self-inclusion in distributed/grid_tools.h

Why would you want to do that? I hope that this is the cause for doxygen not
showing the documentation of this header.

Merge pull request #5049 from drwells/update-windows-timer

Fix a bug in the Windows CPU time calculation.

Fix a bug in the Windows CPU time calculation.
The function GetProcessTImes() returns a value in units of 100 nanoseconds, so
we were previously off by a factor of 10.

Merge pull request #5048 from tjhei/fix_mesh_loop_test

fix tests/meshworker/step-11-mesh_loop

Merge pull request #5005 from tamiko/fe_nedelec_bug

Fix FE_Nedelec::convert_generalized_support_point_values_to_dof_values (kind of)

Rewrite TensorProductPolynomials::compute for more performance

fix tests/meshworker/step-11-mesh_loop

Merge pull request #5032 from drwells/timer-rename-variables-2

Clean up some variable names in the Timer class.

Add an interpolation test for FE_Nedelec

Fix FE_Nedelec::convert_generalized_..._to_dof_values

Merge pull request #5046 from tamiko/refactor_fe_tools

Refactor template definitions into fe_tools_templates.h header

Refactor template definitions into fe_tools_templates.h header

Merge pull request #5025 from drwells/update-timer-examples

Update the explanations of Timer in the tutorials.

Merge pull request #5040 from davydden/vector_tool_lambdas_docu

fix VectorTools::project lambdas examples to use references

Merge pull request #5041 from koecher/doxygen-typo-QGaussChebyshev

doxygen typos of sqrt in quadrature documentation

moved the doxygen section encapsulation to include missing quadratures

doxygen typos of sqrt in quadrature documentation

fix VectorTools::project lambdas examples to use references

Merge pull request #5036 from LucasCampos/correct_div

Add missing div on note on step-44

Merge pull request #5038 from tjhei/step-10-warnings

fix warnings in step-10

grammar

add underscores to filenames

fix warnings in step-10

The clang code model in qtcreator was showing me these warnings. While
here, remove weird '0'+integer hack.

Merge pull request #5033 from jppelteret/quick_tests

Add a quick test for Adol-C.

Merge pull request #5031 from tjhei/mesh_loop_cells_last

mesh_loop: replace cells_first by cells_after_faces

Add missing div on note on step-44

Merge pull request #5030 from drwells/iota-argument-type

Use the right types for iota and accumulate.

Merge pull request #5034 from bangerth/fix-formatting

Fix formatting of a piece of example code.

Fix formatting of a piece of example code.

Merge pull request #5015 from tjhei/readwritevector_view1

New ReadWriteVector::reinit(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Fix the nanoflann quick-test.

Add a quick test for Adol-C.

Merge pull request #4997 from bangerth/data-postprocessor-tensor

Add DataPostprocessorTensor

Clean up some variable names in the Timer class.

This is compatible with 8.5 but not with some previous patches to this class
made since then.

fix test output

mesh_loop: replace cells_first by cells_after_faces

Use the right types for iota and accumulate.

Merge pull request #5029 from bangerth/fix-test

Fix test.

Fix a test.

Merge pull request #5022 from drwells/timer-clear-mpi-data

Clean up initialization of MinMaxAvg values.

New ReadWriteVector::reinit(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Let a ReadWriteVector be a view for a (potentially ghosted)
TrilinosWrappers::MPI::Vector. This is the first step towards using RWV
inside the library.

Use automatic tensor unrolling instead of doing it by hand.

Also mention the possibility of computing stresses.

Merge pull request #5024 from drwells/require-boost-1.59

Require boost 1.59

Merge pull request #5014 from tjhei/parallel_vec_print

ReadWriteVector and TrilinosWrappers::MPI::Vector print in parallel

Merge pull request #5028 from luca-heltai/quick-tests

Nanoflann quicktest.

Added quicktest for nanoflann.

Fixed gls and lapack tests on mac.

Merge pull request #4996 from eldarkh/hp-RTNodal-FENothing

Support for RTNodal and FENothing in hp::FECollection

make 64bit compatible

Merge pull request #5023 from davydden/lapack_support

minor cleanup of LAPACKSupport

Merge pull request #4998 from tjhei/epetra_to_rwr

do not allow import from ghosted TrilinosWrappers to ReadWriteVector

Update the explanations of Timer in the tutorials.

add a changelog

Use boost's small_vector in a few places.

This class allows us to simplify some logic where we previously switched
between stack-allocated built-in arrays and std::vectors; now we can
just use the object's internal buffer in most cases, but if
dofs_per_cell or indices.size() is large enough we will allocate a big
enough buffer.

Require boost 1.59 or newer.

This enables us to use the relatively new boost::container::small_vector
class.

minor cleanup of LAPACKSupport

Merge pull request #5016 from davydden/mpi_summ_full_matrix

add Utilities::MPI::sum() for FullMatrix objects

Clean up initialization of MinMaxAvg values.

Merge pull request #4987 from bangerth/fix-naming-issues

Convert more places to VectorMemory::Pointer.

add a test with complex<double>

add Utilities::MPI::sum() for FullMatrix objects

update test output

ReadWriteVector and TrilinosWrappers::MPI::Vector print in parallel

Print index and value for ::print() of ReadWriteVector and
TrilinosWrappers::MPI::Vector.

Merge pull request #5013 from masterleinad/reorthogonalization_signal_gmres

Introduce SolverGMRES::connect_re_orthogonalization_slot

Changelog entry

Update tests

Add a slot for notification about re-orthogonalization in SolverGMRES

Catch ReadWriteVector::import errors from Trilinos

- check return value of Epetra import
- document that ghosted vectors are not allowed
- add test for that
- cleanup