Avoid using the deprecated functions

Bump the required deal.II version to 9.0

Merge pull request #44 from jppelteret/CQSFS_elas_03

Update the readme file of the cook membrane example.

Update the readme file of the cook membrane example.

Merge pull request #40 from masterleinad/indenting

Apply indenting script

Apply indenting script

Merge pull request #43 from jppelteret/CQSFS_elas_update_02

Use function from Physics module instead of hardcoded equivalent

Remove obsolete StandardTensors class from Cook membrane problem

Use function from Physics module instead of hardcoded equivalent

Since the addition of fixes to the AD number support, all of the functions in the Physics module now work with all of our supported AD number types. Previously, this line would not compile for nested Sacado Rad-DFad types.

Merge pull request #42 from bangerth/minor-edits

Minor edits to grammar and formulas.

Minor edits to grammar and formulas.

Merge pull request #39 from masterleinad/fix_code_gallery

Fix compiler errors and warnings

Fix two_phase_flow

Fix Quasi_static_Finite_strain_Quasi_incompressible_ViscoElasticity

Fix Quasi_static_Finite_strain_Compressible_Elasticity

Fix Linear_Elastic_Active_Skeletal_Muscle_Model

Fix goal_oriented_elastoplasticity

Fix ElastoplasticTorsion

Fix CeresFE

Fix cdr

Merge pull request #37 from bangerth/make-compile

Update code gallery code to make it compile cleanly.

Merge pull request #38 from bangerth/update-data-postprocessor

Update the way we use DataPostprocessor in the two-phase-flow code gallery.

Update the way we use DataPostprocessor in the two-phase-flow code gallery.

Update code gallery code to make it compile cleanly.

Specifically, remove inclusion of a header file that is (i) no longer around, and
(ii) apparently not needed. Also avoid calling a deprecated function.

Merge pull request #36 from tamiko/update_code_gallery

CMake update and slight rewording of README.md

Remove unnecessary CMakeLists.txt file

We will add a hook in the main deal.II directory to simultaneously build
all code-gallery examples (as part of the main build) instead.

Reword README.md instructions

Merge pull request #35 from eldarkh/code-gallery-mfmfe

Multipoint Flux Mixed Finite Element method with deal.II

Code gallery: MFMFE

Merge pull request #34 from jppelteret/QSFSCE-ad

Modernise and add assembly for cook membrane problem using automatic differentiation

Add assembly for cook membrane problem using automatic differentiation

Make cook membrane problem dimension independent

Merge pull request #29 from jppelteret/linear_muscle_model

Linear Elastic Active Skeletal Muscle Model

Add DOI and funding acknowledgement

Merge pull request #31 from jppelteret/add_doi_01

Add citations and funding acknowledgement

Add citations and funding acknowledgement

Merge pull request #30 from mdh266/my-code-gallery-project

Fixed some of the typos in latex.

Fixed some of the typos in latex.

Merge pull request #28 from mdh266/my-code-gallery-project

Added distributed LDG method

Linear Elastic Active Skeletal Muscle Model

In this example we present an implementation of a linearised active
skeletal muscle model with application to the simulation concentric
contraction of the human biceps brachii.

Fixing typos and the level to cell id in assembling flux terms.

Adding references and image.

Edited typos in the readme.

Added distributed LDG method

Merge pull request #26 from bangerth/add-links

Add more links to the code gallery git repo.

Merge pull request #27 from bangerth/fix-buildson-entry

Fix builds-on entry.

Fix builds-on entry.

Add more links to the code gallery git repo.

Merge pull request #25 from dealii/update_README_01

Update README

Update README

Add instructions on how to build the doxygen documentation

Merge pull request #23 from jppelteret/QS_FS_ViscoElasticity

Quasi-static Finite-Strain Quasi-incompressible Visco-elasticity

Merge pull request #24 from elstargazer/CeresFE

updated ceres.cc to include output of core-mantle boundary

added comment about appending to physical_time.txt in case of interruption

deleted commented code

updated ceres.cc to include output of core-mantle boundary

Quasi-static Finite-Strain Quasi-incompressible Visco-elasticity.

In this example, we extend step-44 to parallel and implement a
rate-dependent constitutive law. We demonstrate the material behaviour
by loading a thin strip with a hole in its centre in tension, and track
the displacement of several vertices over time.

Merge pull request #21 from manuel-quezada/my-code-gallery-project

Multiphase Navier-Stokes solver

My project: two phase flow simulations. See results in doc/results

Merge pull request #20 from elstargazer/CeresFE

CeresFE ready to push

squashed commits?

Merge pull request #19 from bangerth/doc-update

Update readme.md.

Update readme.md.

Merge pull request #18 from bangerth/add-goal-oriented-elastoplasticity

Add a goal oriented elastoplasticity program

Minor edits to the readme file.

Use the usual indentation style.

Add initial version of the project.

These are the files as provided by Shahram Ghorashi.

Merge pull request #17 from dealii/make-tooltip-uniform

Make tooltip files more uniform.

Make tooltip files more uniform.

Merge pull request #16 from drwells/add-separate-entry-name

Add printable names to each entry.

Add printable names to each entry.

Presently there are three code gallery entries and each one has a
slightly different naming convention. This commit adds a 'printable'
name to each entry which will make the presentation uniform.

Merge pull request #15 from drwells/pass-std-function-by-reference

Pass std::function instances by reference.

Pass std::function instances by reference.

Merge pull request #14 from drwells/update-cdr

Update cdr

Fix a bug with the call to SolutionTransfer.

Improve the refine_mesh function.

Prefer 'get_triangulation' to 'get_tria'.

The latter has been deprecated.

Use a constant reference for a string.

Use the global constant instead of just 0.

Use a more reasonable quadrature order.

Add annotations to the source to explain choices.

Improve indentation.

Remove the step-19 dependency.

This was not quite correct and step-19 is about to be removed anyway.

Remove unused files.

These are present in the serial versions of the solver (to which I link)
but are not used in the parallel version (which is the only solver
included in the gallery).

Reformat the CDR README.

The code gallery code does not pick up markdown lists so I switched
those to HTML lists. I also included more design information and
explained the directory structure better.

Prefer MatrixType to Matrix in templates.

Fix header inclusions.

Merge pull request #13 from dealii/minor-update-2

Remove top-level heading.

Merge pull request #12 from dealii/minor-update-1

Remove top-level heading.

Remove top-level heading.

This is duplicative, and H1-headings in readme.md will conflict with the markup
in the code-gallery pages for this program (which uses H1-headings itself).

Remove top-level heading.

This is duplicative, and H1-headings in readme.md will conflict with the markup
in the code-gallery pages for this program (which uses H1-headings itself).

Merge pull request #11 from jppelteret/CQSFS_elas_update_1

Classic QS FS elasticity update 1

Address deprecations for 8.4-pre.

Updates to address WB's comments (29/12/2015)

Merge pull request #9 from dealii/minor-updates

Minor updates for one of the code gallery codes.

Merge pull request #10 from dealii/remove-test-dir

Remove test directory.

Remove test directory.

We now have 3 proper code gallery programs, enough to test.

Update email string.

Add missing file.

Merge pull request #8 from jppelteret/CQSFS_elas_bugfix_1

Added parameter file; code cleanup; fixed small bug in post-processing

Added parameter file; code cleanup; fixed small bug in post-processing