MF: make things more consistent

Merge pull request #13911 from peterrum/warning

Work on warning

Merge pull request #13902 from drwells/cleanup-sundials-context

Cleanup sundials context

Work on warning

Merge pull request #13903 from drwells/update-sundials-docs

Update sundials docs

Merge pull request #13907 from NiklasWik/project_div_conforming

Add typename and instantiation to `project_boundary_values_div_conforming`

Remove unnecessary MPI initialization from SUNDIALS programs.

Clean up SUNDIALS contexts and communicators.

SUNDIALS will duplicate communicators for us, as needed. For example, in
SUNProfiler_Create, SUNDIALS implements

    #if SUNDIALS_MPI_ENABLED
    profiler->comm = NULL;
    if (comm != NULL)
    {
        profiler->comm = malloc(sizeof(MPI_Comm));
        MPI_Comm_dup(*((MPI_Comm*) comm), (MPI_Comm*) profiler->comm);
    }
    #else
    profiler->comm = comm;
    #endif

It is preferable to let SUNDIALS duplicate the communicator so that we
don't call MPI functions when we have only serial data structures (and
may not have initialized MPI).

Merge pull request #13743 from luca-heltai/cgal-dealii-tria-from-implicit-function

Cgal dealii tria from implicit function

Merge pull request #13900 from drwells/fix-kinsol

Fix step-77 by fixing KINSOL.

Add typename and instantiation

Added Implementation for Triangulation<2,3>

Clean up SUNDIALS copyright notices.

Remove references to older SUNDIALS versions.

Merge pull request #10747 from dangars/find_cell_test

Add parallel test for find_active_cell_around_point

Merge pull request #13898 from kronbichler/remove_headers

Remove inclusion of additional headers

Merge pull request #13901 from kronbichler/fix_test

Add missing header to test

Add missing header to test

Add a test based on step-77.

Initialize MPI with step-77.

SUNDIALS duplicates communicators even in serial.

Revert "Remove sudials/copy.h"

This reverts commit 51b6f10f36a4dd61ed4daf20c137cc48c19de5f0.

While we are here - patch the copy test to work with SUNDIALS 6.

CGAL Triangulation from implicit function.

Revert SUNDIALS copy to fix KINSOL, part 1

Fix up test

Merge pull request #13899 from kronbichler/documentation_chebyshev

Document possibility for data locality in matrix-free tutorial

Merge pull request #13867 from zjiaqi2018/large-count-mpi-io

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13846 from marcfehling/occ-76

Restore compatibility with OpenCASCADE >= 7.6.0

Merge pull request #13835 from bergbauer/NonMatching_MappingInfo

Implement class NonMatching::MappingInfo

Remove inclusion of additional headers

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13894 from bangerth/unicode

Merge pull request #13892 from zjiaqi2018/fix-step-81-warnings

Fix step-81 complex number warnings

Added missing header.

Add point_value_03 test

Parallel test for find_active_cell_around_point()

Avoid unicode and correct 10-5 -> 10^-5.

Merge pull request #13883 from kronbichler/documentation

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13893 from drwells/fix-arkode-3-and-4

Fix arkode 3 and 4

address comments

Implement class NonMatching::MappingInfo

Merge pull request #13897 from kronbichler/compile_warning

Merge pull request #13457 from peterrum/distribute_local_to_global_by_interpolation

Allow to average values in parallel::distributed::SolutionTransfer

Avoid warning regarding unused variable

Fix compile warning in step-50

Merge pull request #13888 from bangerth/std

Qualify int*_t and uint*_t with std::.

Use static_assert to ensure correct type

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13896 from drwells/fix-cgal

Fix compilation with CGAL.

Fix compilation with CGAL.

Merge pull request #13885 from drwells/fix-lc-mpi-clobbering

Fix a problem with combining MPI::LargeCount and PETSc.

Merge pull request #13850 from tjhei/wrapcomments-update

wrapcomments.py update

Merge pull request #13879 from tjhei/add_large_vtu_test

add large vtu test

Merge pull request #13887 from tjhei/simplex-dox-relates

doxygen: don't use @ingroup simplex

Merge pull request #13872 from kronbichler/reduce_cost_hanging_nodes

Fix the ARKODE 4 test.

Fix ARKODE 3 test.

This works with both 5.4 and 6.2 now.

fix step-81 warnings

Merge pull request #13753 from luca-heltai/cgal-variadic_criteria

Variadic template parameter for CGAL Mesh criteria

Merge pull request #13886 from tjhei/dox_fix

Merge pull request #13880 from tjhei/fix_parallel_vtu_footer

Qualify int*_t and uint*_t with std::.

Fix a problem with combining MPI::LargeCount and PETSc.

PETSc, in petsclog.h, implements logging by redefining all MPI functions as
macros, e.g.,

    #define MPI_Send_c(buf,count,datatype,dest,tag,comm) \
    ((petsc_send_ct++,0) || PetscMPITypeSize((count),(datatype),(&petsc_send_len)) || MPI_Send_c((buf),(count),(datatype),(dest),(tag),(comm)))

This only works when all MPI declarations are made before these macro
definitions. Hence this library won't work with PETSc unless we include headers
in the right order.

Work around this by removing the MPI_ prefix from these function definitions.
Since we put these functions in our own namespace there is no need for them to
have the same names as the normal MPI functions.

Merge pull request #13884 from kronbichler/simplify_access_to_map

Use map::find rather than insert to avoid creating temporary

doxygen: don't use @ingroup simplex

fixes #13509

Merge pull request #13793 from drwells/sundials-version

Require SUNDIALS 5.4 or later.

fix doxygen comment

wrapcomments.py update

- stop it from actually wrapping comments
- add documentation
- remove unnecessary \

rename test output

add comment

Use map::find rather than insert to avoid creating temporary

MatrixFree: Do not construct hanging nodes structure for non-adapted meshes

Merge pull request #13875 from tjhei/vtu-large-error

vtu zlib: assert max size

Merge pull request #13874 from kronbichler/fix_test_communicate_mg_ghost_cells

Merge pull request #13878 from kronbichler/runtime_mf_rt

fix parallel .vtu missing footer

add large vtu test

A a test that writes a .vtu file with parallel IO that is larger than
4GB.

Merge pull request #13869 from kronbichler/speed_up_n_active_entries_per_batch

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Merge pull request #13864 from kronbichler/fix_complex_mf

Reduce run time of matrix-free RT tests

Merge pull request #13876 from tjhei/update_large_tests

update large IO test output

Merge pull request #13807 from luca-heltai/cgal-compute_quadrature_over_region

Compute Quadrature formula over a general poly

Compare with interpolate() in test

Changelog

New test case by Pascal Kraft

Make VectorTools::project compile with complex numbers

update large IO test output

vtu zlib: assert max size

We only support VTU output where each compressed section (on a single
MPI rank) is less than 4GB. This is a reasonable limit, but we should
assert this instead of writing corrupted data.

Merge pull request #13871 from kronbichler/remove_header_inclusion

Merge pull request #13870 from kronbichler/avoid_deprecated_interface

Allow to call communicate_mg_ghost_cells in 1D

Compute Quadrature formula over a general poly

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Remove inclusion of unneeded header

MatrixFree: Avoid use of deprecated n_components_filled

Merge pull request #13865 from gassmoeller/prevent_endless_loop

Prevent endless particle loop during refinement

Merge pull request #13856 from dealii/dependabot/github_actions/actions/checkout-3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #13863 from pengfej/fixing_grammar_mistakes_in_comments

Fixing grammar mistakes in comments

Merge pull request #13854 from bangerth/empty

Optimize Utilities::pack/unpack for empty objects.

Merge pull request #13862 from bangerth/typo

Fix a grammar mistake.

Prevent endless particle loop during refinement