Merge pull request #2803 from tamiko/fix_documentation

Documentation: Clarify RELDIR handling

Documentation: Clarify RELDIR handling

Merge pull request #2801 from tamiko/cmake_win_guard

CMake: Add a guard around FIND_SYSTEM_LIBRARY for windows

CMake: Add a guard around FIND_SYSTEM_LIBRARY for windows

On Windows targets the rt library is not available and somehow we pick it
up. Thus, guard the whole configuration.

Closes #2397

Merge pull request #2799 from tamiko/fix_a_test

Tests: Bugfix: chart_manifold_09 needs muparser

Merge pull request #2800 from tamiko/fix_a_test_2

Tests: Bugfix: the test readwritevector_functor requires C++11

Tests: Bugfix: the test readwritevector_functor requires C++11

Tests: Bugfix: chart_manifold_09 needs muparser

Merge pull request #2794 from tamiko/clang-libc++

Tests: Provide output variants for clang with clang's libc++

Tests: Provide output variants for clang with clang's libc++

These test outputs heavily depend on the standard c++ library
implementation.

Merge pull request #2792 from bangerth/add-test-2

Add a test for contraction of complex-valued symmetric tensors.

Merge pull request #2793 from tamiko/cmake-fix-cxxflags

CMake: Bugfix: Force cache update for DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS

CMake: Bugfix: Force cache update for DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS

This fixes a subtle bug:

 - We use DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS, DEAL_II_LINKER_FLAGS internally and we
   allow users to set additional compiler/linker flags via cached variants
   of these variables (because users tend to assume every variable starts
   with DEAL_II_*).

 - But, we also allow to set CMAKE_(C|CXX)_FLAGS, etc. (not supporting this
   would be crazy).

 - Last, but not least, the environment variables CFLAGS, CXXFLAGS, LDFLAGS
   are also supported.

We support this by prepending all DEAL_II_* variables with their CMAKE_*
and environment counterparts. But for this to work we also have to force
update the cache. With this change

  CXXFLAGS="-foo" cmake -DCMAKE_CXX_FLAGS="-bar" -DDEAL_II_CXX_FLAGS="-baz" .

results in

  DEAL_II_FLAGS="[.. internal flag setup ..] -foo -bar -baz"

as intended. Reconfiguring with

  CXXFLAGS="-foo" cmake .

retains DEAL_II_FLAGS.

Add a test for contraction of complex-valued symmetric tensors.

Merge pull request #2791 from bangerth/add-tests

Add tests

Add tests for SymmetricTensor::norm() for complex-valued tensors.

This incidentally also tests that SymmetricTensor::access_raw_entry() function.

Add changelog entries for the previous two commits.

Fix computations in SymmetricTensor::norm() for complex-valued tensors.

Fix incorrect index check for cases of rank-4 symmetric tensors.

Add a test for MemoryConsumption of SymmetricTensor objects.

Merge pull request #2790 from bangerth/fix-test

Fix one test by providing more accuracy.

Merge pull request #2789 from bangerth/fix-cxx11-issue

Avoid use of std::is_default_constructible.

Fix one test by providing more accuracy.

Avoid use of std::is_default_constructible.

Some older compilers that have a -std=c++0x flag and that we deem
C++11 compatible do apparently not support std::is_default_constructible,
despite the fact that they support std::is_base_of. Therefore, avoid
the use of it. This does not matter here because just a few lines further
down, we call 'make_shared<T>()' which already requires default
constructibility, and so the user will get an error one way or the other.

While there, also ensure that we use the correct include file.

Merge pull request #2787 from drwells/fix-petsc-compilation

Fix compilation with PETSc.

Fix compilation with PETSc.

Merge pull request #2786 from drwells/unify-petsc-exception

Unify handling of ExcPetscError.

Unify handling of ExcPetscError.

Merge pull request #2780 from bangerth/doc-update-68

Add some documentation.

Add some documentation.

Merge pull request #2783 from drwells/remove-template-using-declaration

Remove a 'using' template alias.

Merge pull request #2782 from tjhei/add_script_documentation

rename and document scripts

Remove a 'using' template alias.

This is a C++11 feature that is not compatible with some older compilers
that we would like to support (e.g., GCC 4.6 on Ubuntu 12.04).

rename and document scripts

Merge pull request #2781 from tamiko/move_tests_scripts

Move tests/scripts/* to contrib/utilities/*

Move tests/scripts/* to contrib/utilities/*

Merge pull request #2779 from bangerth/minor-updates-3

Err on the safe side.

Err on the safe side.

Here, only ask for boundary_ids on faces we know actually are at the boundary.

Merge pull request #2770 from masterleinad/schur_just_check_its

Put an extra check to lac/schur_complement_01

Merge pull request #2771 from drwells/split-tests/bits-02

move mapping tests from tests/bits to tests/mappings.

Move mapping tests into their own directory.

Merge pull request #2777 from bangerth/minor-cleanups-2

More cleanups.

More cleanups.

In particular, make a function argument a const reference. Also
standardize on '^T' to denote the transpose of a matrix.

Merge pull request #2776 from bangerth/minor-cleanups

Minor cleanups.

Minor cleanups.

In particular, make some variables 'const'. Also guard sequences of
'if (dim=...)' against unforeseen cases.

Merge pull request #2773 from bangerth/fix-test

Fix one test by providing more accuracy.

Merge pull request #2774 from bangerth/fix-formula

Fix a formula.

Fix a formula.

Fix one test by providing more accuracy.

On my system, this test outputs 0.007813 instead of 0.007812. Put the
halfway point into the output file and let numdiff figure the rest out.

Merge pull request #2768 from drwells/remove-pi-declarations

Use numbers::PI instead of defining a macro.

Put an extra check to lac/schur_complement_01

Merge pull request #2765 from masterleinad/schur_just_check_its

Just check for iterations in lac/schur_complement_01.debug

Use numbers::PI instead of defining a macro.

Merge pull request #2766 from drwells/split-tests/bits-01

 Move parameter handler tests into their own directory.

Merge pull request #2767 from tjhei/test_without_ninja

don't use ninja for testsuite

don't use ninja for testsuite

Do not pass the generator to the testsuite so that we use make instead
of ninja for the test projects. This is because calling ninja several
times in parallel for the same project will break the configuration.

This shouldn't have a performance penalty because the individual targets
are relatively simple and don't depend on more than one file.

Just check for number of iterations and not starting values

Move parameter handler tests into their own directory.

Merge pull request #2764 from tjhei/fix_error_msg

update PETSc error message

update PETSc error message

Merge pull request #2762 from drwells/fix-compilation-without-hypre

Fix compilation with PETSc and not hypre.

Fix compilation with PETSc and not hypre.

Merge pull request #2754 from drwells/fix-petsc-3.7.0-interface

Fix compilation with PETSc 3.7.0.

Fix compilation with PETSc 3.7.0.

Merge pull request #2761 from tamiko/fix_tests

fix a couple of tests

Merge pull request #2758 from tjhei/metis_tests

cleanup sharedtria metis tests

Merge pull request #2760 from drwells/fix-c++-03-tests

Enable some tests to run in C++03 mode.

Merge pull request #2759 from tjhei/remove_benchmark_folder

remove tests/benchmarks/

remove tests/benchmarks/

they have been located at https://github.com/dealii/performance-
benchmarks for a long time

Tests: dofs/locally_relevant_dofs_per_subdomain_01: add an output variant

Enable some tests to run in C++03 mode.

Tests: base/reference update test output

The additional exception that was logged in the old comparison file should
have never been thrown. With the latest changes to the smartpointer logic
this bug was resolved as well. Therefore, update the test output.

Tests: base/memory_consumption_01 - add an output variant for new stdlibc++ ABI

cleanup sharedtria metis tests

mainly remove redundant files

Tests: metis/metis_04: Add an output variant

Tests: Fix mpi_fe_field_function_01.mpirun=10

A point might be found on simultaneously on more than one process (e.g.,
also in the ghost layer of a neighboring process).

Merge branch 'pr_2755'

run astyle

Avoid C++11 initialization of member variables.

Avoid outputting space at the end of the line.

The stored output files already don't have that space there.

Avoid C++11 initialization of std::ofstream.

Merge pull request #2752 from bangerth/hook-in-tutorials

Better hook in the new step-55 and step-56 tutorials.

Better connect step-56 throughout the tutorials.

Better connect step-55 throughout the tutorials.

Merge pull request #2751 from drwells/fix-tests-in-c++03

Convert '>>' to '> >' in templates in some tests.

Convert '>>' to '> >' in templates in some tests.

'>>' can only end a pair of template arguments in C++11, not C++03.

Merge pull request #2750 from kronbichler/master

Fix namespace qualification, follow-up to #2615.

Fix namespace qualification, follow-up to #2615.

Merge pull request #2749 from masterleinad/unify_add_interfaces

Use consistent order of arguments for PETScWrappers::MatrixBase::add

Use consistent order of arguments for PETScMatrix::add

Merge pull request #2747 from tjhei/document_n_nonzero

clarify documentation for TrilinosWrappers::*Matrix::n_nonzero_elements

clarify documentation for TrilinosWrappers::*Matrix::n_nonzero_elements

Merge pull request #2745 from masterleinad/fix_petsc_doc

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Merge pull request #2744 from drwells/fix-missing-mpi-instantiation

Add missing MPI function instantiations.

Add missing MPI function instantiations.

The fixed-length array (i.e., things declared like T(&values)[N])
versions of MPI::sum, MPI::max, etc, all live in the header file mpi.h
since the length (N) is a compile-time constant. Those functions all
call Utilities::MPI::internal::all_reduce, which is declared in
mpi.templates.h, so that function (all_reduce) must be present in the
compiled library.

Note for the curious: it turns out that most compilers and most compiler
settings will not inline this function, meaning that it consistently
shows up in the shared object files without this explicit instantiation
in debug mode and usually in release mode. In particular, GCC 6 does not
inline it (so this instantiation is not necessary) but clang 3.8 does (so
this instantiation is necessary). Some versions of GCC (5.3 but not 4.8)
seem to inline it with the '-march=native' flag.

Merge pull request #2743 from bangerth/add-instantiations

Add missing instantiation of one function.

Add changelog entry.

Add missing instantiation of one function.

Merge pull request #2742 from Rombur/typo

Fix a typo in the documentation of filter_iterators.