Merge pull request #1705 from kronbichler/mapping_improve_performance

Speed up higher order derivative computations

push forward one coordinate at a time in MappingFEField jacobian pushed-forward derivatives

push forward one coordinate at a time for jacobian derivatives

Speed up one example of MappingQ::transform for rank-3 tensors

Merge pull request #1719 from tjhei/fix_ctest_makeopts

fix ctest makeopts

fix ctest makeopts

The argument after TARGET is the target to build and we abused it to
specify build flags. This fails on windows. With cmake 3.3 there is an
argument FLAGS <flags>, but older versions grab CTEST_BUILD_FLAGS, so
this is where we put the flags now.

Merge pull request #1717 from drwells/generic-memory-consumption-2

Wrap boost::enable_if_c as std_cxx11::enable_if.

Wrap boost::enable_if_c as std_cxx11::enable_if.

Note that boost::enable_if is not quite the same thing as std::enable_if
from the C++11 standard library.

This cleans up some of the memory consumption code.

Merge pull request #1704 from drwells/generic-memory-consumption

Make memory_consumption more generic

Merge pull request #1715 from tjhei/fix_ghost_owner_tests

Fix ghost owner tests

Merge pull request #1716 from tjhei/warning_mapping_transform

fix mapping_q_generic codim2

fix mapping_q_generic codim2

- remove unused function do_transform_real_to_unit_cell_internal
- actually report ExcNotImplemented for codim2

tests: remove useless usage of base class n_active_cells

fix tests/mpi/tria_ghost_owners

Test the memory consumption of fundamental types.

Merge pull request #1708 from drwells/fe-q-bubbles-unique-ptr

Fe q bubbles unique ptr

Merge pull request #1709 from YongYang86/master

Documentation: Fix a  formula

Merge pull request #1712 from tjhei/test_variant_err

avoid test variant error output

Merge pull request #1713 from tjhei/fix_muelu_test

relax solver iterations for test precondition_muelu

Merge pull request #1679 from tjhei/tria_ghost_neighbors

add Triangulation::ghost_owners()

relax solver iterations for test precondition_muelu

avoid test variant error output

If no variant is present, the diff script used to output a line like

numdiff: <bla>/tests/trilinos/precondition_muelu_q_iso_q1.with_trilinos>=11.14.with_64bit_indices=off.output.*: No such file or directory

because a glob in a for statement in bash will return it literally if no
files matches the pattern. This fixes it.

add Triangulation::ghost_owners() and level_ghost_owners()

Merge pull request #1710 from tjhei/test_lib_comparison

change test feature comparison operators

update documentation and tests

change test feature comparison operators

Filenames can not contain < or > under windows, so version comparisons
are now done with ".geq.", ".leq.", ".ge.", ".le.", "=" instead of ">=",
"<=", ">", "<", "=".

Merge pull request #1669 from drwells/fix-real-to-unit-zero-discriminant

Fixed an issue reported by @gassmoeller.

About compute_mean_value

1/|\Omega| is missing, is it right?

Assert that we did assign a value to a pointer.

Use a unique_ptr to avoid a memory leak.

Fixed an issue reported by @gassmoeller.

This fixes an issue in the real_to_unit mapping code where, in the
quadratic formula, it was possible to reach a division by zero issue for
certain inputs.

Make memory_consumption(T*) more generic.

Remove memory_consumption(std::vector<int>) et al.

This may be implemented generically now that an implementation of
memory_consumption for all fundamental types is available.

Make memory_consumption(int) et al more generic.

I used SFINAE to write one implementation for memory_consumption() for
fundamental types, instead of the dozen or so present previously.

Remove a workaround for an old XLC compiler.

As far as I can tell, this compiler reached end of life status over ten
years ago.

Merge pull request #1703 from bangerth/further-FEValues-cleanups-34

Essentially remove MappingQ1

More doc updates.

Augment documentation.

Improve documentation of class MappingQ.

Change compute_mapping_support_points to return its data.

The previous version returned the list of points via its last argument,
but this is no longer necessary in times of C++11.

Reapply a few patches made on mainline while developing this branch.

Further simplify code.

Since MappingQ is now no longer derived from MappingQ1, we can simplify
the implementation of the MappingQ::transform functions.

Remove a test.

This test previously ran through but returned a point outside the
reference cell. This was due to a fortuitously chosen initial guess
for the Newton iteration (at the center of the cell, pretty stupid)
whereas we now get an exception. In both cases, the function determines
that the point we are seeking lies outside the given cell. As
stated in the documentation, the function in that case either may
return a set of reference coordinates outside the reference cell,
or may throw an exception. The function previously did the former
and now does the latter.

There are three follow-up tests that check the same situation,
so removing this particular test does no harm.

Update test output.

Test outputs change imperceptably and are generally more accurate now
than they were before (see the last column), but there are two or three
points that lie on interfaces between cells and that are now found
for a different cell. This can be seen by noting that for those cells,
the reference coordinates previously had at least one component equal
to zero or one.

Move the remaining pieces of transform_r_to_u() from MappingQ to MappingQGeneric.

Move the implementation of transform_r_to_u_cell from MappingQ1 to MappingQGeneric.

Simplify code.

Instead of setting up an InternalData object everywhere, move this
into the transform_real_to_unit_cell_internal() function.

Update a few pieces of implementation.

Simplify code.

Remove a function now no longer needed.

Merge pull request #1702 from kronbichler/master

Remove debug output

Remove debug output

Merge pull request #1701 from kronbichler/master

Reduce test time by cutting away the most expensive cycle.

Reduce test time by cutting away the most expensive cycle.

Merge pull request #1699 from bangerth/fix-test-12

Fix test output.

Fix test output.

The test output that was originally stored was missing an empty line.

Merge pull request #1698 from bangerth/add-output-file

Add another version of the same output file.

Add another version of the same output file.

Given that METIS produces unpredictable output, we need a second output file.

Merge pull request #1694 from Rombur/vertex_to_cell

Add vertex to cells map.

Add 3D test for vertex_to_cell_map function.

Fix a bug in 3D.

Merge pull request #1696 from maieneuro/instantiate_template_functions

instantiated get_function_third_derivatives template functions

instantiated get_function_third_derivatives template functions

Improve documentation for the function vertex_to_cell_map.

Merge pull request #1695 from tjhei/muparser_pow

add support for pow(a,b) in FunctionParser

add support for pow(a,b) in FunctionParser

it turns out muparser only supports "a^b" out of the box, so we add
"pow(a,b)" as a custom function.

Add vertex to cells map.

Merge pull request #1688 from tamiko/fulfill_license_terms

Distribute a valid copy of the LGPL-2.1 license text

Revert "Remove instructions on how to apply this license to a project."

This reverts commit 169d3897c5c0bb52b798bec096497e5cb6bd2a3c.

Quote:

 »Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
  of this license document, but changing it is not allowed.«

Merge pull request #1671 from jppelteret/subdomain_tools

Implementation of DoFTools::locally_relevant_dofs_per_subdomain

Merge pull request #1686 from kronbichler/master

Avoid using ‘typename’ outside of template

Avoid using ‘typename’ outside of template

Merge pull request #1684 from kronbichler/master

Fix AVX512 code path

Fix AVX512 code path
I compiled deal.II with gcc and -mavx512f.

Merge pull request #1680 from tjhei/visual_studio_fix

fix compilation with MSVC

Merge pull request #1685 from gassmoeller/more_precise_error

More precise error message

fix compilation with MSVC

More precise error message

Merge pull request #1683 from tamiko/sacado_product_type.h-fixes

Bugfixes for sacado_product_type.h

Merge pull request #1682 from tamiko/fix_trilinos_configuration

CMake: add a check for matching C++11 support with recent trilinos

CMake: Add check for matching C++11 support

CMake: Query whether trilinos requires CXX11 support

Bugfix: use proper test constraint for sacado_product tests

Bugfix: Move DEAL_II_NAMESPACE_CLOSE into define guard

Otherwise an extraneous closing brace '}' is encountered if
DEAL_II_WITH_TRILINOS is false

Merge pull request #1678 from tjhei/compile_fixes

compile warnings and errors

remove warnings

compile warnings and errors

Merge pull request #1675 from tamiko/new_cross_product_names

tensor.h: Rename cross_product to cross_product_2d/3d

tensor_deprecated.h: Bugfix: Let doxygen pick up function references

update changes.h entry

Update tests

Reintroduce deprecated cross_product for 2d

tensor.h: Rename cross_product to cross_product_2d/3d

Merge pull request #1670 from QiaoLei-88/p4estSmooth

P4est always limit level difference at vertices across different initial cells

add test distributed_grids/3d_refinement_12

add test distributed_grids/2d_refinement_10

Added test for DoFTools::locally_relevant_dofs_per_subdomain.

Note: Usual caveats wrt. METIS apply here (see
https://github.com/dealii/dealii/pull/1412).

Added assert for p::d::Triangulation and removed if statement.

Assert was added in both DoFTools::locally_owned_dofs_per_subdomain and
DoFTools::locally_relevant_dofs_per_subdomain .

Merge pull request #1672 from gassmoeller/type_mismatch_block_number

Fix type mismatch in block vector

Fix type mismatch in block vector