fix up dox files

contrib: favor auto & cell

tests: favor auto & cell

examples: favor auto & cell

source: favor auto & cell

include: favor auto & cell

Merge pull request #8110 from jppelteret/modernise_step_44-02

Modernise step-44 (part 2)

Remove an unnecessary class destructor

Merge pull request #8092 from kronbichler/comment_dof_handler_policy_change

Add comments to DoFHandlerPolicy changes

Merge pull request #8109 from kronbichler/fix_step-55

Make step-55 compile again

Make step-55 compile again

Merge pull request #8103 from jppelteret/sd-template_params_01

SD: Better document and homogenise naming of template parameters

Merge pull request #8105 from masterleinad/modernize_step-55

Modernize/Fix step-55

Merge pull request #8095 from jppelteret/modernise_step_44

Modernise step-44

Merge pull request #8097 from masterleinad/modernize_step_42

Modernize step-42

Merge pull request #8100 from drwells/update-step-34-38-41

Update step 34 38 41

Merge pull request #8094 from masterleinad/modernize_step_46

Modernize step-46

Merge pull request #8106 from masterleinad/modernize_step-33

Modernize step-33

Merge pull request #8108 from masterleinad/restrict_meshworker_tests

Restrict MeshWorker tests

Merge pull request #8099 from masterleinad/modernize_step-26

Modernize step-26

Restrict meshworker tests

Modernize step-33

step-41: C++ modernization.

1. Avoid including <list> (we don't use it)
2. Inline function definitions
3. Use ranged-for loops

step-38: update results.

step-38: delete trailing whitespace.

step-38: C++ modernization.

1. Fix the order of the headers.
2. Fix some doxygen links and add '()' to functions.
3. Use ranged-for loops.

step-34: update output.

step-34: C++ modernization.

1. Use dof_handler instead of dh to match the other tutorial programs.
2. Use std::to_string
3. Avoid using deprecated features (e.g., update_cell_normal_vectors)
4. Ranged-for loops
5. Remove a circular builds-on dependency with step-38

Merge pull request #8096 from masterleinad/modernize_step_43

Modernize step 43

Modernize/Fix step-55

Merge pull request #8104 from jppelteret/fix_changelog_01

Fix a changelog entry

Merge pull request #8093 from masterleinad/fix_warnings_step_62

Fix warnings in step-62

Fix a changelog entry

Merge pull request #8090 from kronbichler/step-31-fix

step-31: Fix compilation with clang

Document some template parameters of SD functions for tensors

Document some template parameters of SD functions for scalars

Add ExpressionType template parameter to tensor make_substitution_map()

Add ExpressionType template parameter to tensor add_to_substitution_map()

Use correct template parameter name in set_value_in_symbol_map()

Update examples/step-46/step-46.cc

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Homogenise template parameter names in make_substitution_map() and
add_to_substitution_map()

Remove a default template parameter

Add some tutorial keywords for step-44

Write VTU output with higher order elements

Modernize step-26

Merge pull request #8088 from drwells/update-step-21

Modernize step-21.

step-34: update manifold description.

We clone manifolds now.

Merge pull request #8082 from rezarastak/SymmetricTensor-fix

duplicated documentation in SymmetricTensor removed

Use standard names for dof_handler, fe_values and fe_face_values

Use range-based for loops

Use preincrement consistently

Avoid redefining vector_value

Update indentation of assembly operations

Use range-based for loops

Use AssertDimension

Avoid static function

Use iterator ranges for cell loops

Use override

Use ZeroFuntion instead of PressureRightHandSide

Use LinearOperators in linear solver by default

Implement const version of begin() and end() function for IteratorRange

Allows Workstream::run() to be called with constant functions as
arguments.

Use range-based for loops

Remove RightHandSide

Merge pull request #8008 from jppelteret/sd-map_utilities_04

SD scalar and tensor operations: Make, add to, and set value in symbol map

Fix warnings in step-62

Add comments to DoFHandlerPolicy changes

Merge pull request #7752 from GivAlz/GuessOwnerTree

New function GridTools::guess_point_owner from covering tree

Merge pull request #8002 from luca-heltai/mapping-bbox

Mapping::get_bounding_box()

Merge pull request #8009 from jppelteret/sd-map_utilities_05

SD map operations:  Add function to resolve explicit and cyclic dependencies

step-31: Fix compilation with clang

Merge pull request #7638 from jppelteret/ad_numbertype_none

Add AD::NumberType::none

Merge pull request #8065 from kronbichler/dof_renumbering_cleanup

DoFHandlerPolicy::renumber_dofs: skip unnecessary index set computation

Merge pull request #8081 from drwells/deprecate-nanoflann

Deprecate nanoflann.

Merge pull request #8087 from drwells/update-relative-to-step-20

Update documentation relative to other changes.

Merge pull request #8071 from drwells/fix-array-initializer

Fix an array initialization.

Merge pull request #8074 from kronbichler/deprecate_feeval_fill_JxW_values

Deprecate FEEvaluation::fill_JxW_values

Modernize step-21.

1. Ranged for-loops
2. Improve discussion relative to step-20
3. Use DGQ, not DQ, for standard discontinuous elements
4. inline function definitions

Update documentation relative to other changes.

In f21656e3fd2 we switched to using LinearOperator in step-20, which
made some other references to that program no longer make sense. This
commit updates said references.

Merge pull request #7978 from tamiko/refactor_cuda_aware_mpi

Refactor configuration option into DEAL_II_MPI_WITH_CUDA_SUPPORT

Merge pull request #7628 from dangars/canonical_documentation

Use canonical webpages

Improve function documentation and add some extra template parameters

Make consistent the use of some doxygen keywords

duplicated documentation removed. unnecessary implementation of function specialization removed

Better document some template parameters

Make consistent the use of some doxygen keywords

Better document some template parameters

Make consistent the use of some doxygen keywords

Add function to resolve explicit and cyclic dependencies in sub. maps

Merge pull request #8069 from drwells/modernize-step-32

Modernize step 32

Add a changelog entry

Merge pull request #7933 from marcfehling/weights-artificial

Minor cleanup of hp::DoFHandler.

Update existing AD number traits tests

This deals with the increment in the ADNumberTypes enumeration

Add AD number traits test for ADNumberType::none (floating point types)

Instantiate ADHelpers classes with AD::NumberTypes::none.

The creation of a concrete instance of this class is, however, disabled.
This is because the class will not be able to do anything useful.

Instantiate ADDrivers classes with AD::NumberTypes::none.

Change std::is_arithmetic to std::is_floating_point in ad_number_traits.h

Add dummy AD::NumberTypes::none for floating point number types

These number types are scalar arithmetic types, that hold no
derivatives. They are implemented primarily to facilitate the use of
template meta-programming techniques to switch between different AD
types. This covers the case when the user does not want an AD type at
all, but rather a primitive type.

Avoid a warning about an unused variable

Fix two tests missed in #8018.

Merge pull request #8078 from sophy1029/step-61

step-61 announcement.