Merge pull request #7020 from dangars/hdf5

Add HDF5 classes

Merge pull request #7567 from bangerth/doc-update

Update some documentation.

Changelog entry

Improve the documentation

Reorder functions get/set_query_io_mode()

Add functions set_plist() and release_plist()

Remove std::vector copy

Use const reference instead of rvalue

Create a list with a more clear syntax

Specify the argument in the lambda funcions

Generic lambdas is a C++14 feature

Make the arguments const

Add get_name()

Make const the functions open_* and create_*

Use make_array_view(container_object).data()

Obtain a pointer to the container raw data using make_array_view(container_object).data(). Remove the functions get_container_pointer().

Improve the documentation

Rename group() to open_group()

Make get_attribute const

Reorder parameters

Add test hdf5_06

The test hdf5_06 is the serial version of hdf5_05

Add test for Vector and write/read selection

Use Container in read_selection and write_selection

Use overload instead of enable_if

Make herr_t ret local variable

Rename enum Mode

Improve the documentation

Modify the location of clang off

Add in the documentation the MPI requirements

Fix typos

Rename dataset() to open_dataset()

Add complex=off for the test hdf5_05

Add hdf5_05.mpirun=1.output

Add tests in tests/base/hdf5_05.cc

Add read_hyperslab()

Squeeze the dimensions of FullMatrix in initialize_container()

Add test hdf5_05

The test hdf5_05 is based on the test hdf5_03

HDF5 tests with_complex_values=off

Add the option "with_complex_values=on" in the output files of the tests

Declare variables as const

Improve the documentation

Thread safety documentation

Modify the hyperslab documentation

Use two functions instead of a template

Instead of a templated get_io_mode() function. Two functions have been defined:
- std::string get_io_mode();
- H5D_mpio_actual_io_mode_t get_io_mode_as_hdf5_type();

And the same for get_local_no_collective_cause() and get_global_no_collective_cause()

Rename functions

Separate functions by three empty lines

Use make_shared in get_hdf5_datatype()

Document the constructors of Group and File

Use lambda function in no_collective_cause_to_string()

Improve the documentation

Document helper functions

Document valid Containers

Document read_selection() and write_selection()

Use @p for arguments in the documentation

Document initialize_container

Fix typo

Documentation of the rank of HDF5 datasets and hyperslabs

Replace template template Containers by template Containers

Merge pull request #7569 from GivAlz/AddTestGlobalTree

Add test and support for non-mpi to GridTools::build_global_tree

Improve the documentation

Improve the documentation of hyperslab

Document hdf5_reference std::shared_ptr<>

Document DataSet constructors

Pass parameters by reference

Move enum Mode

Define mpi variable as const

Rename check_io_mode() to query_io_mode()

Improve the documentation

Modify copyright years

Remove clang on/off

Use backticks for the types

Add endline

Add Asserts

Remove the warnings of unused variables

There are many warnings of unused variables in release mode because of Assert. Example:

herr_t ret;
ret = H5Pclose(plist);
Assert(ret >= 0, ExcMessage("Error at H5Pclose"));

In order to remove these warnings the declaration of variable ret has been moved from the functions to the class definition of HDF5Object.

Format code

Remove irrelevant curly brackets

Write serial tests for the HDF5 datasets

Use generic container for write_dataset

Add support for Vector

Place most of the instantiations in hdf5.inst.in

Write parallel tests for the HDF5 datasets

Add examples

Use hex values instead of enum values

Hex codes are used because the HDF5 Group can deprecate some of the enum codes. For example H5D_MPIO_FILTERS is not defined in 1.10.2 because it is possible to use compressed datasets with the MPI/IO driver.

Remove long double and std::complex<long double> instantiations

The std::complex<long double> instantiation creates errors with valgrind.

Although long double does not create errors with valgrind, it is not a widely used.

Fix doxygen documentation

Replace the template argument T by number

Add functions read_*()

Add read_selection()

Add read_hyperslab()

Add read_none()

Remove the quotes in the documentation

Improve write_hyperslab()

Rename read_data() to read() and write_data() to write()

Use generic Container for write_data and write_data_hyperslab

Get the pointer to the raw data of FullMatrix

Add functions

Add read_data() function

Add io_mode() and check_io_mode() functions

Add local_no_collective_cause() and global_no_collective_cause()

Write tests for HDF5 attributes

Constructor for opening a dataset

Write UTF8 string attributes

Use templates for the function members of DataSet

Check support for HDF5 and MPI

Add support for all the scalar and complex types

Add FullMatrix support in write_dataset

Modify the namespace

Place get_hdf5_datatype in the internal namespace

Add HDF5 classes

Added tests and support for non-mpi to GridTools::build_global_tree

Merge pull request #7474 from starki0815/dealii_extract_boundary_mesh_patched

Fix bugs in extract_boundary_mesh

Merge pull request #7574 from masterleinad/test_fallthrough

Check [[fallthrough]] instead of assuming it when C++17 support is enabled

Merge pull request #7570 from masterleinad/loop-convert_1

Use range-based for loops in examples and expand_instantiations

Merge pull request #7573 from masterleinad/require_openmp_cuda

Require OpenMP for CUDA support

Check [[fallthrough]] instead of assuming it when C++17 support is enabled

Require OpenMP for CUDA support

Use range-based for loops in examples and expand_instantiations

Fix failed tests for extract_boundary_mesh and add new test

add codim_one/extract_boundary_mesh_15
  - The test checks whether extract_boundary_mesh produces correct results for 2d and 3d. In particular, it checks whether #7474 succesfully fixes #7467.

fix manifold/polar_manifold_04:
  - failed because of different vertex ordering in 2d and 3d with the new version in order to get consistent outward facing normals
  - contains a bug in itself in that the north and south poles are not properly excluded in 3d (only the origin is excluded in the code)
  -> solution: fix bug in test and update output file
All other failed tests have been fixed by updating the output file

Fix bugs in extract_boundary_mesh.

In 3d, extract_boundary_mesh swaps vertices to get consistent boundary cell orientations. However, this swapping was so far not taken into account during the assembly of the map between boundary cells and corresponding faces of the volume cells. Fixing the latter required substantial changes (a quick and dirty fix would have been possible in principle, but certainly not clean) to extract_boundary_mesh because the (local) face indices of the volume cells must be known when the map is assembled. Also, the algorithm to do the refinement of the boundary mesh has been modified such that map lookups are no longer necessary. Moreover, vertex swapping has been introduced also for the 2d case in order to make the 2d behavior consistent with the 3d behavior (in previous versions of the function, the normal vector of the boundary mesh pointed always into the domain in 3d, whereas it pointed either into or out of the domain in 2d depending on the situation). Further, the normals have been adjusted to generally face outward.  Fixes #7467.

Merge pull request #7440 from masterleinad/restrict_subscribe

 Disallow using rvalue references for Subscriptor::(un)?subscribe

Merge pull request #7571 from masterleinad/replace_size_t

Replace size_t by std::size_t

Disallow using rvalue references for Subscriptor::(un)?subscribe

Merge pull request #7568 from bangerth/cleanups

Some minor cleanups in GridTools.

Replace size_t by std::size_t

Update some documentation.

Some cleanups in GridTools.

Merge pull request #7565 from bangerth/fix-test

Use correct data type for a random number.

Use correct data type for a random number.

Merge pull request #7303 from masterleinad/cuda_aware_mpi

Allow using CUDA-aware MPI