Merge pull request #6124 from bangerth/fix-vector-tools

Fix VectorTools::integrate_difference()

Merge pull request #6204 from masterleinad/macos_setup_astyle

Allow setup_astyle.sh to be used on macOS as well

Merge pull request #6062 from BenBrands/MRRR

ScaLAPACKMatrix: add eigensolver routines using MRRR algorithm

Merge pull request #6191 from bangerth/doc-update-2

Clarify a comment in FiniteElement.

Merge pull request #6205 from davydden/doc/step-37_hanging_nodes

doc: mention Kelly estimator in step-37 extensions

doc: mention Kelly estimator in step-37 extensions

Clarify a comment in FiniteElement.

Merge pull request #6176 from masterleinad/cast_dynamic

Use dynamic_unique_cast in more places

Allow setup_astyle.sh to be used on macOS as well

Merge pull request #6190 from bangerth/doc-update

Extend documentation of contrib/utilities/setup_astyle.sh.

Merge pull request #6189 from bangerth/noreturn

Mark a couple of functions as '[[noreturn]]'.

Merge pull request #6203 from masterleinad/separate_step4

Guard blank line by HTML comment

Guard blank line by HTML comment

Merge pull request #6201 from masterleinad/separate_step4

Separate a note from 'The commented program'

Merge pull request #6198 from davydden/feature/zero_out_ghosts

make zero_out_ghosts() const

Separate a note from 'The commented program'

Merge pull request #6199 from tjhei/fix_changelog_entry2

fix changelog date format

Merge pull request #6195 from kronbichler/tensor_always_inline2

Use DEAL_II_ALWAYS_INLINE in SymmetricTensor

fix changelog date format

Merge pull request #6196 from kronbichler/multigrid_test_robustness

Make a multigrid test more robust: Filter out small floats

make zero_out_ghosts() const

Make a multigrid test more robust: Filter out small floats.

More uses of DEAL_II_ALWAYS_INLINE

Merge pull request #6119 from BenBrands/pseudoinverse

ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse()

Merge pull request #6193 from bangerth/avoid-alias

Avoid using an alias variable.

Merge pull request #6192 from bangerth/add-include

Add a necessary include file.

Avoid using an alias variable.

Add a necessary include file.

This include file is currently transitively imported via mapping_q_generic.h, but
that may change at some point in the future. Since it's needed in grid_tools.cc, add
it explicitly.

Extend documentation of contrib/utilities/setup_astyle.sh.

Mark a couple of functions as '[[noreturn]]'.

Merge pull request #6187 from luca-heltai/minor-message-fix

Fix name in static_assert.

Corrections

Fix name in static_assert.

Merge pull request #6181 from masterleinad/check-mapping-q-dynamic-cast

Check the result of a dynamic_cast.

Use dynamic_unique_cast

Merge pull request #6171 from luca-heltai/fix-patterns-tools

Fix bug in patterns.h

Merge pull request #6180 from masterleinad/move_dynamic_unique_cast

Move dynamic_unique_cast to Utilities

Move dynamic_unique_cast to Utilities

Check the result of a dynamic_cast.

Fixed output of tests.

add tests for ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse() for square and rectangular matrices

add ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse()

add ScaLAPACKMatrix::reinit()

Merge pull request #6170 from masterleinad/more_digits_test

Allow more digits for output in a few tests

Merge pull request #6174 from bangerth/use-dynamic_unique_ptr

Use dynamic_unique_cast() where appropriate.

Merge pull request #6173 from bangerth/fix-6161

Fix a couple minor issues with #6161.

Use dynamic_unique_cast() where appropriate.

Merge pull request #6152 from bangerth/dynamic_unique_cast

Introduce dynamic_unique_cast.

Fix a couple minor issues with #6161.

Merge pull request #6161 from weixiong-zheng-berkeley/extrude_tria_overload

GridGenerator::extrude_triangulation overload

Fix bug in patterns.h

Merge pull request #6163 from masterleinad/simplify_astyle

Make using astyle for indenting a bit easier

Simplify logic for finding the path to astyle

Allow more digits for output in a few tests

Merge pull request #6149 from Rombur/python_cmake

Call find_package(PythonInterp) before find_package(PythonLibs)

Merge pull request #6169 from tamiko/fix_cmake_fix_for_cmake_fix

CMake: set policy in subdirectory

Merge pull request #6160 from masterleinad/remove_std_cxx11_doc

Remove std_cxx11 from the doc folder

CMake: set policy in subdirectory

Due to the call to CMAKE_MINIM_REQUIRED we have to set the policy in the
subdirectory again...

Closes: #6134

Fix WorkStream related documentation

Check the SHA256 checksum for astyle_2.04_linux.tar.gz

Merge pull request #6165 from drwells/remove-semicolons

Remove some unnecessary ';'s.

Merge pull request #6166 from tamiko/use_https

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Merge pull request #6167 from drwells/add-double-word-script

Add double word script

Remove some unnecessary ';'s.

Add the double word typo script.

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Fix two more double word typos.

Merge pull request #6164 from drwells/remove-double-words

Remove double word typos.

Remove double word typos.

This commit removes typos consisting of an accidentally repeated
word. Attached below is the python script I used to find them.

It is worth noting that there is a large false positive rate here, for
example, in tria_accessor.h we have the sentence

/**
 * [...] As a
 * consequence, it exists in the mesh to ensure that each processor has all
 * coarse mesh cells and that the 2:1 ratio of neighboring cells is
 * maintained, but it is not one of the cells we should work on on the
 * current processor. [...]
 */

Here 'on on' is correct.

script:

import sys

SKIP = ["//", "*", "}", "|", "};", ">", "\"", "|", "/", "numbers::invalid_unsigned_int,", "std::string,", "int,"]

with open(sys.argv[1], 'r') as handle:
    previous_line = ""
    for line_n, line in enumerate(handle):
        line = line.strip()
        previous_words = previous_line.split()
        words = line.split()
        # ignore comment blocks '*' and comment starts '//' at the beginning of
        # each line.
        if len(words) == 0:
            continue
        if words[0] in ["*", "//"]:
            words = words[1:]

        # See if the last word on the previous line is equal to the first word
        # on the current line.
        if len(previous_words) != 0:
            if words[0] not in SKIP and previous_words[-1] == words[0]:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, previous_line))
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 2, line))
        previous_line = line

        for left_word, right_word in zip(words[:-1], words[1:]):
            if left_word == right_word and left_word not in SKIP:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, line))

Generalized tria extruding and reimplementing existing extrude function #6158

1. Added extrude_triangulation overload with doxygen documentation
   as argument-generalized version to the existing function with testing
2. Re-implemented existing extruding by using the newly developed one
3. A new entry was added for doc/news/changes/minor/

Merge pull request #6137 from tamiko/clean_up_custom_targets

CMake: Only set CMP0037 to old for cmake older than 3.11

Make using astyle for indenting a bit easier

Move Signals from Multigrid class to mg namespace and use more common names for transfer

Implement signals for Multigrid

Remove std_cxx11 from the doc folder

Merge pull request #6153 from tamiko/fix_a_test_15

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

Add a changelog entry.

Add a test.

Introduce dynamic_unique_cast.

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

In case deal.II is configured with 64bit support for metis the output of
this metis test changes from "IDXTYPEWIDTH=32" to "IDXTYPEWIDTH=64".
Provide an output variant for this.

Merge pull request #6118 from davydden/doc/step_37_minor

doc: minor fixes in step-37

Merge pull request #6154 from masterleinad/fix_coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Merge pull request #6151 from bangerth/fix-grid-tools

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Merge pull request #6150 from bangerth/fix-test

Make a cast explicit.

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Indent arguments uniformly.

Make a cast explicit.

This cast appears to be necessary for older GCC versions.

Add a changelog entry.

Add a test.

Merge pull request #6148 from bangerth/doc-update

Fix argument names.

Fix argument names.

Merge pull request #6147 from drwells/reword-make-array-view

Reword a comment in make_array_view.

Reword a comment in make_array_view.

The term 'undefined' is not accurate; the order *is* defined, but it is an
implementation detail.

From this stack overflow post:
https://stackoverflow.com/questions/49071748/data-alignment-and-ordering-in-recursively-defined-array/49627551#49627551

Merge pull request #6140 from davydden/feature/fix_blockvector_mmult

introduce LA::d::Vector::add_local() and sadd_local() to avoid to man…

Merge pull request #6128 from bangerth/doc-update

Update documentation of FE_FaceQ/P.

Merge pull request #6145 from bangerth/micro-update

Microscopically small updates in a file I was reading through.

Update a comment to explain what is going to happen.

Fix VectorTools::integrate_difference() for NaN components.

The VectorTools::integrate_difference() function allows users
to provide a weight function that can also serve as a component mask
to select individual components of the solution vector for error
computation. For components not selected, such a mask would then
simply be zero.

In some cases, the solution vector contains NaN numbers, for example
when one uses the FE_FaceQ element for certain components of the
solution vector and uses a quadrature formula for error evaluation
that has quadrature points in the interior of the cell. For any
regular solution component for which the component mask has a zero
weight, the value of that component will be multiplied by zero and
consequently does not add anything to the error computation. However,
if the NaNs of a FE_FaceQ are multiplied with zero weights, the result
is still a NaN, and adding it to the values times weights of the other
components results in NaNs -- in effect rendering it impossible to get
any information out of the VectorTools::integrate_difference()
function if one of the finite elements involved is FE_FaceQ.

This is now fixed by simply skipping vector components for which the
weight vector is zero. This has the same result as before for all
normal situations, but also properly skips the NaN case outlined
above.

Microscopically small updates in a file I was reading through.