Merge pull request #2220 from davydden/branch_petscscalar_complex_fetools

minor change to fe_tools_interpolate to allow complex-valued vectors

Merge pull request #2217 from davydden/branch_petscscalar_complex_vectortools

extend VectorTools to complex-valued PETSc vector

extend VectorTools to complex-valued PETSc vector

Merge pull request #2222 from davydden/branch_petscscalar_complex_constraint

change instantiation of constraint matrix functions to allow complex-…

Merge pull request #2225 from davydden/branch_petscscalar_complex_mappingeulerian

do not instantiate mapping eulerian for complex-valued PETSc

Merge pull request #2223 from davydden/branch_petscscalar_complex_boomer

add extra ifndef to disable BoomerAMG for complex-valued PETSc

change instantiation of constraint matrix functions to allow complex-valued vectors

do not instantiate mapping eulerian for complex-valued PETSc

add extra ifndef to disable BoomerAMG for complex-valued PETSc

minor change to fe_tools_interpolate to allow complex-valued vectors

Merge pull request #2221 from davydden/branch_petscscalar_complex_dofaccessor

change dof_accessor get/set instantiations to allow complex-valued ve…

Merge pull request #2219 from davydden/branch_petscscalar_complex_fefieldfunction

extend FEFieldFunction to complex-valued vectors

change dof_accessor get/set instantiations to allow complex-valued vectors

extend FEFieldFunction to complex-valued vectors

Merge pull request #2216 from davydden/branch_petscscalar_complex_block

minor adjustments to block matrix and vector to work with complex PETSc

minor adjustments to block matrix and vector to work with complex PETSc

Merge pull request #2215 from drwells/example-template-parameters-2

Prefer PreconditionerType to Preconditioner.

Prefer PreconditionerType to Preconditioner.

This commit updates the tutorials to use the same naming convention as
the rest of the library.

Merge pull request #2214 from bangerth/simplify-code-2

Simplify the code that accumulates the weights for cells during partitioning.

Simplify the code that accumulates the weights for cells during partitioning.

Merge pull request #2213 from drwells/example-template-parameters

Prefer MatrixType to Matrix in the tutorials.

Merge pull request #2211 from drwells/update-step-20

Update step 20

Prefer MatrixType to Matrix in the tutorials.

Relate versions of InverseMatrix in steps 20-22.

Do not label plain classes as templates.

Get rid of IterativeInverse in step-20.

IterativeInverse was marked as deprecated in April 2015 in favor of
LinearOperator. This puts this step in a strange place; we should not
use deprecated features in tutorials, but at the same time we cannot use
its replacement, which requires C++11 support. To resolve this, this
step just provides its own replacement for a special case of
IterativeInverse.

Remove some trailing whitespace.

Fix a typo in the step-20 introduction.

Change initialization to avoid a static variable.

m_inverse depends on inner_control, so initialize inner_control first
rather than making it static.

Prefer face_n to face_no.

Merge pull request #2207 from bangerth/avoid-includes

Avoid a bunch of #include files that turn out to be not necessary.

Avoid a bunch of #include files that turn out to be not necessary.

Merge pull request #2205 from jppelteret/step-44-dim_indep

Update step-44 to be dimension independent

Astyle... finally...

Added 2-d results and updated changelog

Merge pull request #2204 from bangerth/use-proper-code-gallery-name

Use proper code gallery name

Adjust comments.

Also use the proper name in the title of the program.

Use shared pointer to store Material class inside PointHistory.

Update step-44 to be dimension independent.

By making the appropriate changes to the material class, grid generation
and boundary conditions, the quasi-incompressible indentation problem
can be made dimension independent. The traction is now applied on the +Y
face instead of the +Z face so that the 2-d and 3-d problems can be
post-processed in a similar manner. The 2-d results are qualitatively
similar to that of the 3-d case, but due to the more constrained nature
of the problem (planar motion) the amount of compression achieved is
less than that of the 3-d case (while the laterial extension increases).

Print notices about what is being built.

Properly track dependencies.

Read the proper names of the code gallery programs, now that they are available.

Merge pull request #2195 from drwells/update-step-20-results

Update the step-20 results.

Merge pull request #2202 from drwells/fix-step-18-doxygen

Get rid of spurious links by using verbatim.

Update the step-20 results.

They no longer mention the Makefile.

Get rid of spurious links by using verbatim.

When the console output blocks are delimited as 'code' Doxygen tries to
link things that don't make sense (e.g., 'Solver' to the Solver base
class).

Despite this instances of 'step-18' must be escaped to avoid conversion
into references by the doc/doxygen/scripts/filter script.

Merge pull request #2194 from drwells/update-step-18-results

Update the results for step-18.

Merge pull request #2197 from tjhei/boost_warnings

compiler warnings and boost errors

BOOST enable_if fix for old versions

enable_if.hpp used to be in a different directory before 1.56.

more DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS guards

skip -pedantic if no cxx11

Update the results for step-18.

This commit updates the discussion (we no longer have to rewrite
makefiles), the timing values (happily, the program runs about 20x
faster now than when these results were recorded at some point in the
past, which most likely in 2002-2005 based on the mention of the
Athlon XP processor), and the output files from the simulation.

Merge pull request #2185 from tjhei/cmake_code_gallery_warning

fix cmake 3.3 error about code-gallery.h

Merge pull request #2191 from tjhei/fix_tria_assertion

fix eager Assertion in DoFAccessor

Merge pull request #2189 from tjhei/fix_doxygen_warning

fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2178 from bangerth/add-authors

Add authors to the lines that list the code gallery programs.

fix eager Assertion in DoFAccessor

TriaRawIterator constructs a DoFAccessor with NULL as the Triangulation, see
include/deal.II/grid/tria_iterator.templates.h:71
so the new Assert introduced in #2179 triggers.

fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

fix cmake 3.3 warning about code-gallery.h

cmake 3.3 will warn about CMP0058 and is unable to compile the documentation
when using Ninja:

 This project specifies custom command DEPENDS on files in the build tree
  that are not specified as the OUTPUT or BYPRODUCTS of any
  add_custom_command or add_custom_target:

   doc/doxygen/code-gallery/code-gallery.h

We have to jump through a few hoops to make this work: Generating a
dependency to a source file generated in a subdirectory CMakeLists.txt
requires a custom command attached to a custom_target. Because ADD_DEPENDENCIES
only allows custom_targets not custom_commands, we have to add another dummy.

Merge pull request #2184 from drwells/update-cmake-tutorial

Update cmake tutorial

Make the CMake tutorial more accurate.

This commit names things correctly (e.g., CMakeLists.txt, not
CMakefiles.txt).

Merge pull request #2183 from tjhei/suppress_more_warnings

suppress more warnings in external libs

suppress more warnings in external libs

this suppresses:
/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Amesos2_Superludist_FunctionMap.hpp:285:17: warning: comparison of constant 67 with expression of type 'SLUD::DiagScale_t' is always false [-Wtautological-constant-out-of-range-compare]
      char eq = AMESOS2_SLUD_GET_EQUED(*equed);

and

/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Tpetra_Experimental_BlockCrsMatrix_def.hpp:2826:3: warning: all paths through this function will call itself [-Winfinite-recursion]

Separate authors by commas, avoid space at the end.

Merge pull request #2179 from bangerth/doc-update-47

Doc update. Also add an assertion.

Add an assertion.

Update documentation.

Merge pull request #2181 from simonsticko/step5_release_mode

Update description in step-5 on how to switch to release mode.

Update description in step-5 on how to switch to release mode.

Add authors to the lines that list the code gallery programs.

Merge pull request #2177 from jppelteret/fix_fe_nedelec_constructor

FE_Nedelec can now be constructed for up to degree 12 in debug mode

FE_Nedelec can now be constructed for up to degree 12 in debug mode

Set a degree-dependent threshold for computing face embedding matrices.
Fixes #2176.

Merge pull request #2175 from srobertp/fix_adjust_vertices

Fix adjust vertices for GridTools::build_triangulation_from_patch()

Merge pull request #2173 from danshapero/grid-data

Factored out repeated code in InterpolatedTensorProductGridData

add new test to cover triangulations with hanging nodes so triangulations built have cells that don't pertain to patch

we only need to check the cells that have user flags set since those are the ones that correspond to the patch set.

Merge pull request #2170 from srobertp/adjust_triangle_vertices

add in support for changing vertices for

add a test associated with the perturbed vertices changes that calls GridTools::distort_random on the triangulation and then runs the same test as in tests/grid/build_triangulation_from_patch_01.cc

add code + documentation for support of vertices being perturbed to GridTools::build_triangulation_from_patches

add changelog entry for changes to GridTools::build_triangulation_from_patches to support perturbed vertices.

Factored out repeated code in interpolated grid data

InterpolatedTensorProductGridData has some repeated code for finding
the right table index for an input point when computed the value or
gradient; this has been factored out into a protected member function
and the member data have been made protected instead of private for
ease of extension.

Merge pull request #2171 from tjhei/example_updates

update graphical output in examples

Merge pull request #2172 from tjhei/fix_test

fix tests/base/function_parser_09

fix tests/base/function_parser_09

update graphical output in examples

- switch from gmv to vtu in several places
- format numbers in filenames with leading zeros
- vector output in step-20
- step-29: enable some debug output

Merge pull request #2168 from tjhei/fix_link

fix link

fix link

../mail.html is a 404 and I prefer linking to "participate" instead of
the mailing list...

Merge pull request #2161 from tjhei/step_53_warning

silence boost warnings in step-53

silence boost warnings in step-53

deprecated warning about boost_trait_def.hpp when using boost 1.60

Merge pull request #2163 from tjhei/silence_boost_warnings

silence boost warnings

silence boost warnings

Merge pull request #2156 from tjhei/require_8_5

Require 8.5

Merge pull request #2158 from tjhei/fix_warning

fix warning

fix warning

(unused parameter)

update deal.II version in documentation and tests

Require the current version of deal.II.

update VERSION

Merge pull request #2150 from tjhei/changes_before_84_branch

update changes and news for release

update changes and news for release