Merge from trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_paralution@32131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation with 64 bit integers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to set default argument

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix Trilinos vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement a parallel for approach for WorkStream::run when the copier function is empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Valentin Zingan: Add VectorTools::interpolate_based_on_material_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update step-18 to write .vtu files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make Clang happy: Put default parameter to declaration as is required by the standard ([decl.fct.default] 3 + 4)

Also remove tabs and reindent parts of the file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually enable parallel run of WorkStream. Now some tests might fail from time to time because writing into a TrilinosWrappers::MPI::Vector is not thread-safe. Will fix that during the next days

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile with clang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert r32112 "Export whether we have found bzip2."

This is already present in config.h.in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Workaround for a CMake bug: Add the library to the library component

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert r32111. It doesn't work because when we compile boost files, we apparently have no access to the deal.II config.h file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32116 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quicktests: Remove "build_library" target - this dependency is already implicitly present..

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, let library and build_library depend on the debug library, too

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First step towards using parallel_for whenever the copier function is
empty: defer from implementation 2 to implementation 3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32113 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Export whether we have found bzip2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard these files to make sure one gets compiler errors and not just linker errors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Committed test cases too quickly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Unfortunately, for FindLAPACK and FindBzip2 we need a C compiler to be set up...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement new reinit method to Trilinos sparsity pattern that makes writing into matrices thread-safe.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error messages.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure as far as possible if libz or libbz2 can not be found or configured.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Issue pointed out by Jean Ragusa: Properly parenthesize a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Issue pointed out by Jean Ragusa: No need to set system_rhs to zero, sicne the reinit() immediately above it already does that.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

State that these two elements are discontinuous at places where faces meet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve error message

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Also change DEAL_II_USE_CXX11 to DEAL_II_WITH_CXX11 in cmake
files and in the bundled folder

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Organize C++11 support as a toggable feature

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Add support for bzip2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Clean up configure_boost.cmake and simplify detection logic

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert r32092 because it doesn't work on systems that DO have libbz2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure things so that we only build BOOST.Iostreams if libz and libbz2 are actually available.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove two dead links in documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid the use of std::copy_n -- this is apparently C++11 stuff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add cmake configury stuff to also build the boost::iostreams library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add library subdirectory, but excluding all the documentation, build, test and example subdirectories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly call the template arguments 'InputIterator', rather than 'ForwardIterator'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce more powerful constructors for the table classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize TableBase::fill.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention a class that now exists.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly qualify references to classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention BOOST Iostream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify references to Table from within namespace internal in preparation for a patch to come next.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve an error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New class InterpolatedUniformGridData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add explicit instantiations in constraint_matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_paralution@32071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the name everywhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change my mind: call the new class InterpolatedTensorProductGridData instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New class InterpolatedTensorProductData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also link with boost::iostreams.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add more functions to paralution_vector, paralution_solver, and paralution_solver. Modify others functions in deal.II to use ParalutionWrappers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_paralution@32066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect in ParameterHandler::get_double/integer whenever the text of a parameter is not a number.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move to a better place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some xrefs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the presence of step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish documenting step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move entry from changes.h to 8.0vs8.1 as it is included in 8.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a nasty bug in DerivativeApproximation which simply did not work at all in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a nasty bug in DerivativeApproximation which simply did not work at all in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed partial specialization of create_boundary_mass_matrix_1 for codimension 1 which prevented case 2,3 to work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test unit support points of FE_FaceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update deal.ii paper bibtex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix unit support points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a news item

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Have both subscribe and unsubscribe in the .cc file. This resolves an issue recently reported on the mailing list of strange crashes where someone links with the debug library but forgets to set -DDEBUG, which leads to a mismatch between what is compiled into their application (coming from the header file) and what they link with (coming from the library) and that leads to a completely unhelpful error message. The resulting code will be slower, but subscribing and unsubscribing is fortunately not something we do all the time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not perform ML tests with 64 bit indices which are not supported by ML.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make some progress with the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Define the constructor of LoopControl within the class so that it is emitted as a weak symbol

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_paralution@32028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add ParalutionWrappers::Vector in the list of SERIAL_VECTOR and start the modifications to use the new Vector through the whole library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_paralution@32027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental check-in.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix project_boundary values for small values of function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve default config; Rename Config.sample to config.sample

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Hide advanced options

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Big compilation variables cleanup

 - Be consistent in naming: All compiler / linker flag variables and
   compile definition variables now start with DEAL_II_*

 - For compatibility: Rename the corresponding CMAKE_* variables to
   DEAL_II_* and log the fact in the configure output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reenable TBB_DO_ASSERT=1 when configuring tbb

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Override the tbb assertion handler when TBB_DO_ASSERT is set.

The override does print the original tbb error message and after that
reenables abort_on_exception and show_stacktrace and emits a deal.II
exception.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable debug output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make tests pass for now (meshworker loop needs more work)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove left over comments in meshworker

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove reference to authors@dealii.org since that address does not exist any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply patch by Andrew Baker.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d