Merge pull request #7069 from masterleinad/fix_cuda_wrapper_vector_print

Fix wrong symbol in CUDAWrappers::Vector::print()

Fix wrong symbol in CUDAWrappers::Vector::print()

Merge pull request #7066 from masterleinad/unused_variable_mesh_loop

Avoid warning regarding unused variable in MeshLoop

Merge pull request #7065 from masterleinad/restrict_fe_enriched_color

Restrict a bunch of tests to only run if all requirements are fulfilled

Merge pull request #7050 from alexrobomind/mgcd_init_fix

Fix for MGConstrainedDoFs behavior in presence of refinement edges across periodic boundary conditions

Avoid warning regarding unused variable in MeshLoop

Merge pull request #7064 from bangerth/brace-initializers-2

Simplify the initialization of a variety of objects.

Merge pull request #7059 from dangars/template_instantations_doc

Fix documentation of template instantiations

Document Sacado as optional dependency

Restrict a bunch of tests to only run if all requirements are fulfilled

Fix path in the documentation

Simplify the initialization of a variety of objects.

Modified MGConstrainedDofs to not crash across periodic boundary refinement edge, added test

Fixed incorrect generation of interface DoFs

Indentation fix

Modified to use extract_inner_interface_dofs instead of a new function

Removed MGTools::extract_inner_or_periodic_interface_dofs from source file

make indent

Re-added removed line (keeps diff smaller)

Addressed first part of requested changes

Addressed a few more change requests

More changes addressed

Renamed in tests/multigrid dof_06.* constrained_dofs_05.*

Added changelog entry

Updated MgTools::extract_non_interface_dofs

make indent

Merge pull request #7060 from bangerth/brace-initializers

Use brace initializers for default arguments.

Merge pull request #7051 from masterleinad/deprecate_mgtools_extract_non_interface_dofs

Deprecate MGTools::extract_non_interface_dofs

Merge pull request #7057 from Rombur/cuda_misc

CUDA preprocessor guard

Merge pull request #7049 from drwells/add-manifold-extrusion

Add manifold extrusion

Indent correctly.

Use brace initializers for default arguments.

Fix documentation of template instantiations

The instantiations for long double and std::complex<long double> were removed in commit 352537aca

This fixes the documentation

Merge pull request #7058 from dangars/fix_bug_active_fe_transfer

Fix bug in template instantiations of active_fe_indices_transfer.cc

Fix bug in template instantiations of active_fe_indices_transfer.cc

Merge pull request #6961 from marcfehling/active-fe-transfer

Add class 'ActiveFEIndicesTransfer' for hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Better guard CUDA code

Use __CUDACC__ guard around CUDA to make sure that the CUDA code is only sent to
nvcc and not the host compiler when CUDA support is enable.

Add class 'ActiveFEIndicesTransfer' for hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Remove internal::plate_with_a_hole.

Remove the material_id technique from plate_with_a_hole.

Add an option to copy manifold ids in extrude_triangulation.

Fix a typo

Merge pull request #6277 from niveshd/fe_enriched_overlapping_domains

Fe enriched overlapping domains

Merge pull request #7055 from masterleinad/alternative_output_unsubscribe_subscriptor

Add alternative (clang) output for unsubscribe_subscriptor

Add alternative (clang) output for unsubscribe_subscriptor

Merge pull request #7054 from masterleinad/fix_changelog_entry

Fix typo in changelog entry

Fix changelog entry

Merge pull request #7047 from masterleinad/subscriptor_decrease_counters

Decrement counters in Subscriptor only upon success

Deprecate MGTools::extract_non_interface_dofs

Clean up GridGenerator::extrude_triangulation.

1. Rename 's' to subcell_data.
2. Use a range for loop over the cells
3. Use more descriptive names for loop indices (e.g., vertex_n instead of i)
4. Copy a point directly instead of componentwise
5. Use the range-for loops for cells and faces.
6. Rewrite the first paragraph of the documentation to be clearer.

Decrease counters in Subscriptor only upon success

Merge pull request #7045 from Rombur/cuda_cmake

Fix build system when using CMake 3.12

Merge pull request #7044 from BenBrands/remove_bug_ScaLAPACK_save_load

ScaLAPACKMatrix: remove small bug in parallel save/load

Merge pull request #7036 from Rombur/cuda_constraints

Cuda constraints for matrix-free

Fix build system when using CMake 3.12

Add changelog entry

Add tests

Add support for hanging nodes

add changelog

remove inconsistency/bug in cases of serial save/ parallel load and vice versa

Merge pull request #7013 from Rombur/cuda_kernels

Move cuda kernels to their own file and namespace

Move cuda kernels to their own file and namespace.

Move kernels from cuda_vector to their own file, remove reference to Vector, and
add a couple of new kernels.

Fix typo and wrong formula in the documentation

Merge pull request #7043 from tjhei/doc-fix-tagfiles

doc: fix formatting of pre block

doc: fix formatting of pre block

Merge pull request #7031 from drwells/add-active_face_iterators

Add Triangulation::active_face_iterators().

Merge pull request #7027 from masterleinad/check-inconsistent-manifold-ids

 Check for consistent manifold ids in 2D when creating a Triangulation

Changelog entry

Update a comment in GridGenerator::extract_boundary_mesh

Merge pull request #7030 from drwells/add-initlog-to-grid-tests

Add initlog to grid tests

Merge pull request #7034 from kronbichler/mf_transform_q_points_to_basis

Add transformation function between bases in matrix-free

Merge pull request #7038 from drwells/fix-c++17-special-math-functions

Make C++17 support independent of the special math functions.

Remove old logfile from tests.

Changelog.

Test case.

Add transform_from_q_points_to_basis in inverse mass matrix.

Fix preprocessor directive

Add comments to GridIn::read_ucd

Make C++17 support independent of the special math functions.

Clang does not yet have these, but supports a large subset of C++17. Since these
are a library feature its easy enough to just fall back to boost.

Merge pull request #7035 from dangars/camelcase_namespace

Use CamelCase in namespaces

Simplify check for boundary ids

Use CamelCase in namespaces

Do not instantiate matrix-free if dim=1

Use initlog() in grid/ tests.

Add another argument to LogStream::attach.

Some tests that do not use initlog() have output that is formatted in a
different way than the one set up by the default flags.

Add Triangulation::active_face_iterators().

This function is like Triangulation::active_cell_iterators(), but for faces.

Merge pull request #7028 from masterleinad/cell_categorization_sse2

Reduce output of cell_categorization_02

Merge pull request #6241 from BenBrands/copy_functions

ScaLAPACKMatrix: copy functions

Merge pull request #6904 from GrahamBenHarper/fe_br

Implement The Bernardi-Raugel Finite Element

Reduce output of cell_categorization_02

Merge pull request #7029 from masterleinad/remove_unused_la_d_v_import

Remove unused variables in LA::d::Vector::import

Unify error messages in Triangulation::create_triangulation

Remove unused variables in LA::d::Vector::import

Check for consistent manifold ids in 2D when creating a Triangulation

Replace invalid_manifold_id by flat_manifold_id

Merge pull request #7026 from bangerth/fix-coding-conventions

Fix formatting of our coding conventions.

Merge pull request #7025 from bangerth/add-reference

Make an argument of GridGenerator::merge_triangulations() a reference.

More improvements to coding_conventions.h

Merge pull request #7002 from marcfehling/vardata-particle

Applies variable size transfer to 'ParticleHandler'.

Fix formatting of our coding conventions.

This file used to be a stand-alone HTML file but is now run through
doxygen. We need to use different markup for that.

Applies variable size transfer to 'ParticleHandler'.

Make an argument a reference.

Merge pull request #7012 from masterleinad/merge_multiple

 Allow merging multiple Triangulation objects at once

Merge pull request #7024 from masterleinad/test_higher_order_vtu

Provide test for higher order VTU output

Fix warning regarding unused parameter

Provide test for higher order VTU output

Merge pull request #6900 from drwells/update-step-9

Update step 9

Merge pull request #7022 from Rombur/import

Fix bug in import in LinearAlgebra::distributed::Vector

Merge pull request #7015 from agrayver/high_order_vtu

Add support for high-order VTU output

step-9: Modify the refinement cycle and linear solver.

1. The different refinement strategy seems to work better with the higher degree
   finite element.
2. Bicgstab has trouble converging (and does not converge in the max norm) for
   finer grids. GMRES is more consistent for this problem.
3. I added some extra console output to show the residual (which does not always
   converge with Bicgstab) and the number of DoFs.

step-9: Label terms in the weak form.

step-9: Redo the graphical output.

step-9: Declare the class after the data.

This fixes compilation.