Merge pull request #14697 from bangerth/doc-89

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14683 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-usematseqaij

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

Merge pull request #14684 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-zerorowscolumns

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14696 from tamiko/add_missing_includes

Tests: optimization/* add missing includes

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14694 from drwells/n-face-orientations-2

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Tests: optimization/* add missing include

Some of the optimization tests use a std::function object but forget to
include the header. These tests work with older versions of libstdc++
due to some transitive include but fail for current versions:

/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:323:16: error: 'function' in namespace 'std' does not name a template type
  323 |     const std::function<std::pair<NumberType, NumberType>(const NumberType x)>
      |                ^~~~~~~~
/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:30:1: note: 'std::function' is defined in header '<functional>'; did you forget to '#include <functional>'?
   29 | #include <fstream>
  +++ |+#include <functional>
   30 | #include <limits>

Merge pull request #14688 from vyushut/keywords

Update doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Merge pull request #14690 from tamiko/always_run_quicktests

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Merge pull request #14677 from luca-heltai/stefanozampini/petsckokkos

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

Merge pull request #14687 from drwells/n-lines-warning

Re-implement a compiler warning workaround

Remove outdated comments

Add comments

Testsuite: run quick tests during build test

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Merge pull request #14681 from nlsmrg/replace-ucd-to-deal

Merge pull request #14689 from tamiko/add_tester_ng

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

Merge pull request #14682 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-mpivectorbase

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Merge pull request #14679 from bangerth/vtu-cleanup

Minor cleanup in the VTU writer.

step-59, step-64, step85 keywords added

Re-implement a compiler warning workaround

Minor cleanup in the VTU writer.

Merge pull request #14680 from drwells/reference-cell-cases

Use switch statements in ReferenceCell

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in grid_reordering.cc

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in Triangulation

Merge pull request #14652 from masterleinad/workflow_tidy

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14678 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-init-finalize

do not finalize PETSc/SLEPc if not initalized from deal.II

Use switch statements in ReferenceCell.

Patches like ebd03d41278 indicate that there's a measurable performance
advantage to not using a sequence of if statements.

ReferenceCell: convert to constexpr.

We can enable constexpr and disable the check on older compilers.

Merge pull request #14674 from bangerth/ref-cell-centralize

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14675 from bangerth/deprecated

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Merge pull request #14661 from bangerth/test-vtu

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Merge pull request #14671 from masterleinad/fix_kokkos_4_0_openmp

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Merge pull request #14676 from luca-heltai/stefanozampini/minor

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

This still require grabbing the compile flags and some special CUDA handling?

MPI_InitFinalize: do not finalize PETSc/SLEPc if we are not responsible for it

Minor changes to examples comments

Rename functions to better reflect their functionality.

Minor code cleanups in connectivity.h.

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14664 from bangerth/ref-cell-deprecate

Deprecate functions in ReferenceCell and introduce replacements.

Merge pull request #14672 from bangerth/doc-88

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Merge pull request #14673 from nlsmrg/grid-generator-fix

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14670 from bangerth/contains-point

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Use platform independent random numbers.

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14650 from masterleinad/guard_boost_intel_llvm

Merge pull request #14669 from drwells/barycentric-cleanup

Also export additional variables to dea.IIConfig.cmake

Co-authored-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

define preprocessor variables for all DEAL_II_FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED CMake variables

Use a conditional to avoid accesses the compiler flags as possibly out of bounds.

Merge pull request #14663 from bangerth/assert-vtu

Make special casing in VTU output more explicit.

Merge pull request #14666 from bangerth/doc-87

Minor updates to bounding box documentation.

Merge pull request #14668 from bangerth/cleanup

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

Merge pull request #14665 from bangerth/comments

Remove comments that are no longer useful.

BarycentricPolynomials: clean up implementation.

ReferenceCell: port line_to_cell_vertices() over

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Minor updates to bounding box documentation.

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Add a changelog entry.

Add a test.

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

While there, also make a variable 'const'.

Remove comments that are no longer useful.

Prefix FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED with DEAL_II

Rename preprocessor variable to DEAL_II_WITH_BOOST_BUNDLED

Avoid a deprecated function.

Add a changelog entry.

Deprecate functions in ReferenceCell and introduce replacements.

Merge pull request #14662 from drwells/connectivity-orientation-class

Use TriaObjectsOrientations in connectivity.h.

Add comments ans provide fallback implementation

Guard for clang>=16 instead of IntelLLVM

Merge pull request #14660 from bangerth/array

Merge pull request #14659 from bangerth/vtu-1

Merge pull request #14654 from bangerth/array-view

Merge pull request #14658 from bangerth/vtu-2

Make special casing in VTU output more explicit.

This also allows adding an assertion for the non-special case.

Cherry-pick fix into bundled boost

Use TriaObjectsOrientations in connectivity.h.

Add comment for the commit fixing the issue

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Use std::array instead of a C-style array.

Augment documentation of DataOutBase::Patch.

Do not write gratuitous output files into test directories.

I don't think we still need those. If someone needs to look at this test in detail
again at a future time, it's easy enough to add these lines again by hand.

Remove Jenkinsfile.tidy

Merge pull request #14653 from bangerth/ref-99

Merge pull request #14655 from bangerth/av-2

Fix some more

Merge pull request #14610 from CodyGirl/lapack-documentation

doc: add documentation for lapack library linking support

Improve grammar in error messages.

Add new test.

Provide overloads of make_array_view() for std::array.