fix reinit() of block matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add assert

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more step-32

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more work on step-32

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29435 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add reinit() taking a BlockCompressedSimpleSparsityPattern

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge from mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29418 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on the fact that VTK is a legacy format. People should be using VTU instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29417 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ParameterHandler::set(., bool) which was broken, see bug #49.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename variable in inner scope to avoid clash with outer scope.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do operation in the correct type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidental double-semicolons (is that a colon, then?).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make partial initialization work properly, including a minimum functionality in case of no index initializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify FullMatrix::Tmmult and FullMatrix::mTmult in case the two input matrices are the same.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix a typo that prevented user supplied shared linker flags from being used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Small cleanup in check_*, take over r29403 to trunk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress several more of Intel's warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add my email

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to video lectures. Reshuffle links so that the most frequently used ones are at the top.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29400 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid font confusion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation to explain a common mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add my email address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the license information in readme.html and license.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List 'and others' as authors of the deal.II website.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to the tethex project to convert meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Introduce a VERSION that will be queried for the version number

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with some compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output to what it should have been all along.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output to what it should have been all along.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Query for Trilinos packages in a sane manner

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set flags, width, precision directly on the underlying stream object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29383 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for trilinos matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29382 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set stream properties only once, rather than every time we access the stream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put matrix-free worker functions in internal namespace to allow for reuse of them in several places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29380 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduce a statement that (I believe) has caused hundreds of testsuite failures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test outputs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge from mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29377 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Back out the significant part of the previous change to this class in
hopes of bringing test results back to normal.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Save and restore print state in PETScWrappers::VectorBase::print.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A more descriptive documentation for the TransformationBase classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29371 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function set_target_eigenvalue and minor API tweaks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29370 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in FESystem. With 5 components, only 4 where actually generated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29369 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Remove setup_cpack.cmake. We'll do packaging by hand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29368 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And remove the empty directory structure as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29367 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a stale file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29366 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch to bundled tbb version "4.1 Update 2013/04/01"

  - Enable compilation with clang version 3.0 by making a cast in ASM code
    explicit

  - Suppress warnings about pointer-to-object to pointer-to-function casts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the log_lock mutex to the three new method in LogStream that modify the stream

This ensures consistency of the simultaneous get and set procedure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29364 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Save state of output stream around writing data in FullMatrix::print.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Commit the second part of Fahad's patch that was accidentally forgotten :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Provide additional member functions for LogStream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29361 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Print a hint on how to get the help message in the autopilot macro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29360 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And fix the test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug introduced with the mangling in r 29126

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid using FETools::get_fe_from_name and evaluate on 1D line instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make fixed_power also work for data types that have no implicit conversion from int by avoiding setting the return value to 1 for N==0 (only N>0 allowed anyway).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make SparseDirectUMFPACK also understand block vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMAKE: *shhh*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Query petscvariables for the full link interface for petsc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix case with const vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Support BlockVector in matrix free class: access individual blocks of these vectors (it was possible also before to directly access a BlockVector with operator(), but that is very inefficient). Add/update tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to SLEPc's interface to a LAPACK direct solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Exemplify solver options in documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert 29343 again, for the same reason as before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Revert r29332 since it leads to bad entries in common/Make.global_options."

And provide a fix for the underlying problem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix what kind of thesis it actually was!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29341 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert r29332 since it leads to bad entries in common/Make.global_options. See bug #37 on the google code tracker site.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make step-40 more pretty (trilinos and petsc working)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update/add tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix trilinos vector reinit()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better reinit for PETSc matrix, now identical to Trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@29336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-42: take over patch for obstacle reading

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New: TimerOutput::Scope for scope based timing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix TimerOutput wall_time in parallel not being synchronized as one expects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29333 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Generation of Make.global_options: Append a "-l" to a library that is not specified with full path if necessary

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update description of the mesh converter program after the switch to cmake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29331 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make this directory work again with the new installation scheme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29329 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29328 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjusting output. The results look nice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29326 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29325 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make LogStream::push(...) and LogStream::pop() "thread safe"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

HalfHyperSphereBoundary got refining the edges of the flat surface edges wrong in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use tbb's thread local storage for logstream. This resolves a space leak with the stored ostringstreams

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29319 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let LogStream respect std::flush for writing out content as well

LogStream (and therefore deallog) now respect std::flush and std::endl to
write out the buffered (thread local) content to console (and file).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another attempt to harmonize output across different systems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test output to recent changes in exception.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29316 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid differences in matrix-free block sizes among test systems which eventually lead to different numbers of CG iterations because of different roundoff accumulation. Now, the test should pass as long as threads are enabled.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29315 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the assertion again. It confirmed that the function is indeed never
called. Also fix the original bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make output of distorted mapped cells a bit more extensive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Uncomment accidentally commented code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix expected program output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d