Merge pull request #4023 from kronbichler/fix_static_build

Mark functions inline to fix mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Mark functions inline to fix tests mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Merge branch pull request #4008 from loylick/buildsystem

Merges #4008. Closes #4008.

corrected cmake scripts so that they are capable of finding existing PETSC and SLEPC installations.

Signed-off-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

Merge pull request #4021 from MathiasMen/VectorizationElasticityKinematics

Vectorization Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4018 from kronbichler/separate_file_tensor_product_kernels

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4020 from bangerth/fix-changelog-2

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Merge pull request #4019 from bangerth/fix-changelog

Fix a changelog entry.

Fix a changelog entry.

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Merge pull request #4017 from drwells/add-stream-flag-restorations

Restore stream flags after use.

Merge pull request #4014 from masterleinad/fix_coverity

Fix some issues reported by Coverity

Restore stream flags after use.

This was caught by Coverity.

Merge pull request #4007 from drwells/add-diff-execution-check

Check that numdiff and diff can run with very simple input.

Add a simple numdiff relative tolerance test.

This test ensures that we can use numdiff to check differences with a relative
tolerance (i.e., that numdiff is not a symlink to diff).

Merge pull request #3995 from davydden/mf_operator_vectortype

change MatrixFreeOperators from Number to VectorType template

Merge pull request #4016 from kronbichler/fix_transfer_tests_no_mpi

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Merge pull request #4002 from kronbichler/msvc_fix_large_offset

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Merge pull request #4015 from davydden/parallel_for_start_end

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Fix issues reported by Coverity

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Additional tests without the template

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Furthermore, clean up the code path for degree -1 in FE_DGP and FE_QDG0.

Merge pull request #4013 from davydden/bugfix/index_within_set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

Merge pull request #4003 from bangerth/fix-formatting

Improve formatting of figures.

Merge pull request #4010 from masterleinad/fix_intel_tests

Suppress warnings for pointless comparison

Suppress warnings for pointless comparison

Merge pull request #4009 from masterleinad/fix_intel_tests

Fix tests failing due to round-off inconsistency.

Make hp/create_laplace_matrix tests pass for Intel-17

Make bits/fe_tools pass for Intel-17

Allow to customize the values used in test_mode

Merge pull request #4006 from loylick/mpiupdate

removed requirement of MPI support to compile with SLEPC

reindenting #include

Merge pull request #4005 from loylick/vectorupdate

fix for read_write_vector.templates.h to compile under Windows

adjust unit test

adjust step-37

Check that numdiff and diff can run with very simple input.

This commit adds a check to ensure that calling diff or numdiff does not hang
forever: if it does hang (or cannot be run at all) then we cannot run the test
suite, so bail out.

removed requirement of MPI support to compile with SLEPC

fix for read_write_vector.templates.h to compile under Windows

Merge pull request #4004 from bangerth/declare-specializations

Forward declare two explicit specializations.

Forward declare two explicit specializations.

Improve formatting of figures.

The previous way had the top of the second picture run into the bottom
of the first one. Since both are meshes, it was hard to see what was
going on.

Merge pull request #4001 from masterleinad/rm_explicit_instant

Remove redundant explicit instantiation

Merge pull request #4000 from jppelteret/changelog_01

Add changelog entry for a new code gallery example.

Add changelog entry for a new code gallery example.

This adds a news item for the new code gallery example titled
"Quasi-Static Finite-Strain Quasi-incompressible Visco-elasticity".

Merge pull request #3999 from masterleinad/fix_linear_operator_intel

Fix linear_operator_08 for Intel-17

Remove redundant explicit instantiation

Fix linear_operator_08

Merge pull request #3998 from masterleinad/fix_boost_intel17

Fix bundled boost for Intel-17

Fix bundled boost for Intel-17

change MatrixFreeOperators from Number to VectorType template

Merge pull request #3994 from kronbichler/documentation_matrix_free_tutorial

Improve description of matrix-free tutorials

Improve description of matrix-free tutorials

Merge pull request #3984 from davydden/laplace_transform_incremental

make GridTools::laplace_transform() to actually solve for displacement field

make GridTools::laplace_transform() internally solve for displacement by default

while there, adjust grid_transform_02 to produce a better
looking mesh.

Merge pull request #3993 from kronbichler/fix_aligned_vector_push_back

Fix AlignedVector::push_back for types without default constructor.

Fix AlignedVector::push_back for types without default constructor.

Merge pull request #3992 from kronbichler/fix_transfer_matrix_free

Make sure to clear all variables in MGTransferMatrixFree.

Make sure to clear all variables in MGTransferMatrixFree.

Merge pull request #3991 from drwells/old-petsc-fixes

Old PETSc version fixes

Merge pull request #3975 from drwells/add-missing-dof-accessor-instantiations

Add missing instantiations for DoFAccessor<0 ...>.

Merge pull request #3980 from kronbichler/fe_evaluation_no_template_path

Equip FEEvaluation with code path without template on polynomial degree

Do not destroy a PETSc matrix twice.

Add a check for a PETSc 3.2 feature.

Add picture of performance

Add missing DoFAccessor<0, ..> member functions.

Move some function definitions around.

These match the declaration order.

Clarify documentation in DoFAccessor<0, ...>.

Merge pull request #3988 from kronbichler/cleanup_fe_evaluation_vector_access

Cleanup fe evaluation vector access

More tests

Test accessing block vectors with a component offset.

Simplify vector access in FEEvaluation.

Merge pull request #3987 from kronbichler/step-37_doc_fix

Fix documentation in step-37

Fix documentation in step-37

Merge pull request #3982 from jppelteret/update_deriv_approx_func

Change template arguments in DerivativeApproximation::approximate_derivative_tensor

Rename original numerics/derivative_approximation tests for consistency

Change template arguments in
DerivativeApproximation::approximate_derivative_tensor

Fixes #3979

Add test for mg transfer

Use non-templated evaluator also in matrix-free MG transfer

Simplify project function in VectorTools, non-templated FEEvaluation

Add test case for large polynomial degree

Augment documentation

Add changelog

Tests for FEEvaluation without template on polynomial degree

Add code path without template on FEEvaluation

Merge pull request #3981 from masterleinad/fix_symmetric_tensor_39

Fix symmetric_tensor_39.cc for non C++11 compilers

Fix symmetric_tensor_39.cc for non C++11 compilers

Merge pull request #3967 from MathiasMen/Vectorization_SymmetricTensor

Vectorization of SymmetricTensor

Merge pull request #3978 from masterleinad/c++_symmetric

Use C++11 instead of boost in base/symmetric_tensor_36

Use C++11 instead of boost in base/symmetric_tensor_36

Merge pull request #3977 from masterleinad/fix_fe_enriched_test

Fix fe/fe_enriched_step-36b for 64bit indices

Fix fe/fe_enriched_step-36b for 64bit indices

Merge pull request #3976 from davydden/tests/disable_petsc_complex

disable tests which are not meant for complex-valued PETSc