Merge pull request #6284 from tamiko/fix_cornercase

Tests: Always create a small 'detailed.log' file

Merge pull request #6298 from tamiko/petsc_390

PETSc: Port to version 3.9.0

Doc: Update latest known version to 3.9.0

Merge pull request #6287 from drwells/update-gridgenerator-examples-1

Update basic Manifold usage in the examples.

Update basic Manifold usage in the examples.

Merge pull request #6281 from masterleinad/hp_dh

Store a copy of the FECollection object in hp::DoFHandler

add a changes entry

PETSc: Port to version 3.9.0

In version 3.9.0 *SolverPackage was renamed to *SolverType. Guard the
two instances where we call such functions.

Merge pull request #6293 from tjhei/harden_deprecated_check

harden cmake deprecation check

harden cmake deprecation check

It turns out MSVC 2015 passes the CXX14 check for the deprecated
attribute, but then complains when it is used in a constructor:
E:\jenkins\workspace\workspace\dealii-windows-
compile\CC\msvc2015\label\win\include\deal.II/base/table_indices.h(129):
error C2416: attribute 'deprecated' cannot be applied in this context

Fix this.

Merge pull request #6289 from BenBrands/rm_scalapack_15_b

Remove failing ScaLAPACK tests

Remove failing ScaLAPACK tests

Merge pull request #6288 from masterleinad/householder_base

Don't derive Householder from FullMatrix

Don't derive Householder from FullMatrix

Merge pull request #6286 from masterleinad/fix_msvc_comparison

Fix MSVC warning regarding comparison of signed and unsigned numbers

Merge pull request #6185 from drwells/remove-more-Boundary-references

Remove more boundary references

Fix MSVC warning regarding comparison of signed and unsigned numbers

Tests: Always create a small 'detailed.log' file

This ensures that scripts like `run_testsuite.cmake` always have the
correct compiler versions at hand.

Merge pull request #5990 from tjhei/step-37-print-vec-info

step-37: print vectorization info

Merge pull request #6282 from bangerth/more-2

Use a std::map instead of a std::list of std::pair.

Changelog entry

Store a copy of the FECollection object in hp::DoFHandler

Merge pull request #6283 from bangerth/doc-update

Avoid using 'info' as a word.

Avoid using 'info' as a word.

Use 'information' instead, or if it refers to a variable then at least mark it up.

Merge pull request #6272 from tjhei/document_example_dof_points

add doc for write_gnuplot_dof_support_point_info

add doc for write_gnuplot_dof_support_point_info

the code is complicated enough that an example is useful

changelog

step-37: print vectorization info

Use a std::map instead of a std::list of std::pair.

The only relevant change is that where previously, when we unpacked one
data set in p::d::Triangulation::notify_ready_to_unpack(), we just dropped
*one* data set but not necessarily the one that had been detached. Now we
actually drop the *correct* one by searching for the key and dropping
that element of the map.

Merge pull request #6280 from bangerth/more

Group all variables in p::d::Tria for data attachment into one structure.

Merge pull request #6210 from kkormann/issue_5667_face_info

Face initialization for matrix-free DG.

Merge pull request #6269 from Rombur/cuda_handle

Encapsulate all the cuda handles in a structure

Merge pull request #6278 from tjhei/bump_bundled_boost_msvc_ver

updated bundled boost msvc version

Rename some variables and clean up code.

Update the step-32 results.

Use a lovely coffee color scheme for the new plots to emphasize the
color gradient.

Fix some examples in the manifold module.

The second to last example was wrong: it set manifold ids on the
interior, but should not have. Otherwise, this commit:
1. uses a consistent initialization order
2. refers to SphericalManifold as 'manifold'
3. uses the relatively new Triangulation::set_all_manifold_ids function
4. explicitly remove the manifolds attached to the Triangulations so
that the effect of each manifold is clear.

to tidy things up.

Use '%' to avoid some doxygen links to Boundary.

Explicitly deprecate the Boundary module.

Remove HyperShellBoundary from step-32.

As of ff7cc4c8075 this functionality is also in Manifold, so we do not
need to use a Boundary object here.

Redo some documentation to use manifolds.

We should describe things in terms of the Manifold classes since the
Boundary classes are deprecated.

Group all variables in p::d::Tria for data attachment into one structure.

Avoid tria_boundary_lib.h and tria_boundary.h.

These headers only contain only deprecated declarations.

Explicitly deprecate get_boundary.

Add internal function for identification of faces.

Add methods to compute the face data in MappingInfo.

Face initialization for matrix-free DG.

Merge pull request #6276 from bangerth/fix-test-2

Fix a test by increasing the precision of output.

Merge pull request #6275 from bangerth/fix-test

Fix test for GCC 4.8.4 by doing a conversion explicitly.

Merge pull request #6279 from tjhei/file_permissions

fix a file permission

fix a file permission

updated bundled boost msvc version

Fix a test by increasing the precision of output.

The test outputs 6 digits, so if there is a difference in the 7th digit that
leads to different 6-digit-rounding, then that produces a difference that is
exactly at the numdiff threshold and the test fails.

Fix this by outputting 7 digits. The difference between the current output
and the stored output is then at most one half of the numdiff tolerance,
and the test succeeds.

Fix test for GCC 4.8.4 by doing a conversion explicitly.

Merge pull request #6233 from luca-heltai/disentangle-manifold-and-boundary

Separate manifold_id from boundary_id

Merge pull request #6273 from bangerth/doc-update

Clarify the documentation of DoFTools::extract_dofs().

Clarify the documentation of DoFTools::extract_dofs().

Merge pull request #6267 from adamqc/hp-dh-default-constructor

Add default constructor for hp::DoFHandler.

Add changelog.

Merge pull request #6271 from bangerth/doc-update

Further clarify something about p::d::Triangulation and attached data.

Also change the naming of function arguments in the implementation.

Further clarify something about p::d::Triangulation and attached data.

Previously, we said that a particular value is an offset, but this is not
important to a user -- it's just a way to exchange data from one place
to another, but the user does not need to know what this information
corresponds to. Say this, and remove the description of what the data
actually means.

Merge pull request #6268 from kronbichler/fix_task_info_warning

Fix compiler warning in task info scheme detection

Add default constructor for hp::DoFHandler.

Fix two minor bugs in thread graph computation that were accidentally not tested.

Fix warning in task info scheme detection.

Merge pull request #6261 from kronbichler/shape_info_hermite_test

Slightly relax Hermite detection in MatrixFree::ShapeInfo

Merge pull request #6266 from bangerth/doc-update

Clarify documentation of p::d::Tria::notify_ready_to_unpack().

Minor improvements to some code in p::d::Triangulation.

Clarify documentation of p::d::Tria::notify_ready_to_unpack().

Merge pull request #6264 from bangerth/doc-update-79

Update documentation of class Householder.

Merge pull request #6246 from marcfehling/pack-append

Allow Utilities::pack to append data to existing buffer.

Merge pull request #6234 from kronbichler/mf_shape_info_improve

Slightly relax condition for even-odd tensor product value path

Merge pull request #6262 from masterleinad/fix_unused_zoltan

Avoid warning regarding unused parameter

Update documentation of class Householder.

Encapsulate all the cuda handles in a struct

Remove useless space change.

Merge pull request #6218 from kkormann/issue_5667_task_info

Rework task info. Enables tasks for DG.

Avoid warning regarding unused parameter

Slightly relax Hermite detection; add a test for Hermite type.

Merge pull request #6258 from kronbichler/add_gather_evaluate

Add FEEvaluation::gather_evaluate and integrate_scatter

Merge pull request #6253 from jppelteret/metis-cell_weighting

Pass cell weighting to Metis partitioner

Add FEEvaluation::gather_evaluate and integrate_scatter.

Fix a test by using two new manifold descriptions.

Since we shift the location of the inner circle we need to use a new
inner boundary manifold description and no manifold descriptions can be
easily extended into the volume.

Modify a test to use the original output.

The original version of this test relied on there not being a set
manifold on the interior. Since the point of this test is to check for a
particular crash its okay to ignore the curved geometry part.

Modify a test to use the original output.

Allow Utilities::pack to append data to existing buffer.

Allow Utitilities::unpack to read from iterator range. Add test utilities_pack_unpack_05.

Fix a failing test.

This test gives the wrong results on master since, in that case, the
exterior boundary is curved. This verifies that we really have removed
this piece of Boundary-Manifold compatibility.

Rework task info.

Merge pull request #6256 from bangerth/doc-update

Clarify a comment for Utilities::generate_normal_random_number().

Pass cell weighting to Metis partitioner

Merge pull request #6257 from drwells/gitignore-examples

Ignore files generated by the example programs.

Ignore files generated by the example programs.

Clarify a comment for Utilities::generate_normal_random_number().

Merge pull request #6251 from GivAlz/DistributedCpt2

Change GridTools::distributed_compute_ptloc to use global description

Changelog.

Fix tests.

Co-authored-by: David Wells <drwells@vt.edu>
Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>
Co-authored-by: Daniel Arndt <daniel.arndt@iwr.uni-heidelberg.de>

Have all GridGenerator functions attach curved manifolds.

Co-authored-by: David Wells <drwells@vt.edu>

Disentagle Manifold and Boundary ids.

Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>

Merge pull request #6225 from bangerth/doc-update-87

Provide better documentation to p::d::Triangulation::register_data_attach().

Adjust to common coding styles.