Tweaked documentation of step-36

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testcase for fixing up faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the fix-up procedure also for faces. It isn't tested right
now, a testcase is going to be next.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust function name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Other minor re-organizations. Mainly move an if(...) statement that
was located on exactly the wrong loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the fix_up_cell function and helpers a bit more generic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a function a bit more abstract by doing away with concrete
template parameters and deducing them from other template arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a few static member variables public. This allows for some more
opportunities to do generic programming.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And get parentheses right this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent one place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the implementation of the alternating form more elegant by using
the wedge product.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement and test the alternating form for faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an acknowledgement error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

straighten documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize jacobian_determinants_at_vertices to alternating_form_a_vertices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the forgotten output operator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a Tensor<0,dim> template specialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The meshes we create here are distorted. Right now we can't fix it,
but at least catch the exception that was thrown.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split out main algorithm into a function of its own.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Point out that the problem doesn't actually happen in 2d if only one side of
the quad is at the boundary, as pointed out by Tobias.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove files not needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for the preceding bug fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an obvious bug in recursively_set_material_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent a couple functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish writing documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add default pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the description how the center point is computed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the correct iterator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also test the case where a cell is not fixable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement one way to fix up cells with distorted children.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo found by Jean Marie.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same off-by-one error in 2d a second time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New to the SLEPcWrappers: A shortcut for the (unlikely?) case where the mass matrix is the identity matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an off-by-one error in 2d meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert arrays that contain logical integers to integer arrays.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a bunch of warnings when compiling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we compile everything in debug mode (the file suffixes were wrong).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a buffer overflow.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave @sect{...} comments on a single line, even if too long.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Skeleton introduction to step-36

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19062 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw an exception if we create cells that are distorted during mesh refinement. Explain the whole situation in much greater detail in the glossary. Add a new testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a check in 3d that cells have positive volume. We later catch
these cases and throw a (catchable) exception if we find any such cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem with whitespace at the end of lines -- apparently we can't put back characters that are not exactly in the same order in which we read them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple assertions in good places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The TBB can not be built in static mode (or at least I don't know how)
so always link with it as a shared lib, regardless of whether the rest
is built as static or shared libs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Alphabetize list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documented private members in point_value_history.h and added myself to authors list in authors.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check in forgotten file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent in the way we usually do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent. Declare a function in its own namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:eol-style and svn:keywords on all files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:eol-style and svn:keywords on all files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:eol-style and svn:keywords on all files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add svn tags.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent things the way we usually have them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tweak docs in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adding point_value_history class to numerics and compute_projection_from_face_quadrature_points_matrix to FETools

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix mistaken markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the rest.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document half of the program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cross-reference a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ack, one more place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up some markup doxygen is unhappy about.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a point to the list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove markup with which doxygen is unhappy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comments about the structure of the program to the intro.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take input from step-36 as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove reliance on DEAL_II_METIS_INC_DIR.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention changes to METIS and the workaround.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a stupid mistake with a missing semicolon.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment on how Metis has to be modified once built. This goes with
the recent change to sparsity_tools.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forward declare Metis stuff ourselves due to Metis header file stupidity. See
the long comment at the top of this file for a detailed explanation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose a more interesting potential.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to writing VTK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the correct potential. Do not scale the eigenvalue in the output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make refinement level a parameter. Set potential temporarily to zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make refinement level a parameter. Remove factor 1/2, make domain [-1,1]^d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make use of variables generic in one other place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent a line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make use of variables generic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleaned the code. Added output of the sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a bug in the matrix.init ()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simple correction of contributors name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure the destructor of a derived class is no loser than that of the base class in the exceptions it throws. This otherwise trips off ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Toby Young's contributions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d