Fixed a problem with Trilinos sparse matrix and vector in distribute_local_to_global.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18493 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly indent one line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18492 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make VectorReference a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18491 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the code a bit easier to read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18490 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I changed too much in my previous update of the Cuthill_McKee algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18489 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final update of local_to_global functions in ConstraintMatrix, making the sparsity pattern creation even faster. One possibly could improve things further by pre-ordering the indices to be added, if our other functions were smart enough to handle that. Right now, that doesn't really help, and all I get from ordering is some additional overhead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18488 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simultaneous addition with CSetSP can easily be improved.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18487 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the local_to_global functions in the ConstraintMatrix class a bit smarter (could still do better,though). Use CSimpleSP in Cuthill_McKee DoFRenumbering instead of CompressedSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added better comments to step-34, created interpolate function. It seems to work in 2d. Not completely tested in 3d yet. It does not yet work for higher order approximations. Only for dgp(0).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18484 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

check in untested automatic vector memory pointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18482 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added QGaussLogR class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for QGaussLogR in codim_one

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18480 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the tolerances for when considering a cell a translation of the previous one in the CellSimilarity concept. The old tolerance was not really achievable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18479 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly escape commands.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18477 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use \emph but <i>...</i>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add functions interpolate_boundary_values and project_boundary_values for a ConstraintMatrix argument by using inhomogeneous constraints instead of std::map<unsigned int,double>. There is a lot of duplicated code in vectors.templates.h right now, need to fix that later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18474 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a problem with a system of FE_RT when using CellSimilarity. Changed the calling of CellSimilarity slightly. Now all the regression tests pass (except rounding differences).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18473 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more thing needed to be done in order to make that work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18472 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move some tests that only involve a ConstraintMatrix but not any dimension-dependent code into lac. Tidy up in two other functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18471 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added step-34 to the tutorial list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18470 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few updates of the CellSimilarity concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18469 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the new CellSimilarity capability of FEValues in order to speed up assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved some details in CellSimilarity concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18467 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can distribute matrix and vector at once in Stokes assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18465 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the FEValues::reinit functions (much) more efficient in case we repeatedly work on the same cell - in such a case, the derivatives will not change and need to be regenerated. Introduce a new enum CellSimilarity for doing that and pass it down to the respective functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18464 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in the swap_row/swap_col functions of FullMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18463 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set the tolerances for the Newton iteration at run time in a way that they are not optimized away by the compiler. This makes sure that emulating long doubles as doubles as done e.g. by valgrind does not lead to problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18462 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Turn some dynamic_cast operations into static_cast (while still asserting the correctness of the cast at run-time). This improves performance of the reinit methods that are called very often.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18457 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I introduced an error in the copy_from function that appeared only when running with MPI. This is now fixed again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18456 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Things changed in the Trilinos class. To make the test pass, need to copy the matrix at the first place, not just reinit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18454 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two issues with copy operation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18453 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compiler warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18452 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another output with gcc-4.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18451 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also update all the tests that use the ConstraintMatrix to the new file name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18450 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-introduce the old file with a reference to the new one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the ConstraintMatrix class to the lac subdirectory (that's where it belongs to, since it is completely algebraic). Adapt all code that depends on it. Reintroduce a dummy for keeping the inclusion via dofs/dof_constraints.h in one minute.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce collective add_entries() functions to sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify upper/lower case in headings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ameliorated parameter selection, and assembly of the system matrix. Now it is slightly more readable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enanced comments for step-34, rewrote assembly routine, added external parameter file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't need to list things twice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Victor Prosolin: Add support for units in the FunctionParser class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write out some better information in case of error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change a few things in the Trilinos wrapper classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to use only one dummy vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Skip test for -rdynamic on Mac OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the Epetra objects in the TrilinosWrapper classes private. We can still handle the situation with the help of some access functions. Hopefully, I didn't forget to set any plain usage of the Trilinos objects...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18430 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Name the capability of handling inhomogeneous constraints on the new page.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to set the deallog output to 0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one index in distribute_local_to_global_function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a final test for inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test for inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18424 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to update the Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for inhomogeneous constraints. This tests the symmetric case. Still need to write a test for non-symmetric matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18422 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed some more issues with inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do more instantiations automatically.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When making hanging node constraints, take inhomogeneities into account - we need to set them to zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18418 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now the ConstraintMatrix seems to work also for inhomogeneous constraints, at least when using the distribute_local_to_global function. Still need to check the correctness of the other functions, which I will do some other time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18417 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also instantiate functions for SparseMatrixEZ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18416 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the other add() functions needed in the ConstraintMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I thought I had gotten the combination of hanging nodes and inhomogeneous constraints coming from inhomogeneous Dirichlet conditions. That's not the case however, and inhomogeneous constraints only work when there are no interferences from other constraints. Need to think about that a bit later. Besides that, duplicated code has been removed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added preliminary version of step-34. BEM.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with the Intel icc 10.1 compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix initialization of unsigned integers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary friend declaration altogether.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a stray empty line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the warning message to the bottom of the output. Improve wording a tiny bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one instantiation of make_zero_boundary_constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Complete the implementation of inhomogeneous constraints in the ConstraintMatrix class. Need to write a function in VectorTools in order to enable the direct use with Dirichlet b.c.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

How stupid of me to check in something that didn't even compile :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend the number of meeting cells in max_couplings_per_cells for 2d (patch by milk klim <karamazv@rambler.ru>).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When Trilinos matrices are based on the same sparsity pattern, they can share the SP data if we initialize them correctly. This has been applied to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix documentation and make GridRefinement a namespace

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace a lot of ExcInternalError by more meaningful ExcDimensionMismatch

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace links to test data pages by a more persistent link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add inhomogeneity to the ConstraintMatrix class. Still need to write some new functions that can properly modify vectors when condensing inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mailing list link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new directories

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If using Trilinos, link with it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the dependence on Trilinos into the base libs (from the lac libs) since we reference some Trilinos symbols from libbase.so. (This came to the fore because the detached_ma27 program only links against libbase.so, not liblac.so.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust to older compilers in which declaring
  friend class SparsityPatternIterators::const_iterator;
does not automatically also make
  SparsityPatternIterators::const_iterator::Accessor
a friend.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Refer to member function as
  const_iterator::Accessor::visit_present_row ()
not
  SparsityPattern::const_iterator::Accessor::visit_present_row ()

(This worked because we had
  struct SparsityPattern
  {
      typedef SparsityPatternIterators::const_iterator const_iterator;
  };
).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List trilinos before blas on the command line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'entries.back()' instead of '*--entries.end()' which is not only easier to
read but also compiles with the SGI compiler.

Re-indent inline functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include <sstream> instead of <ostream> and hope that it provides the right
declarations. The old way failed with the SGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move DEAL_II_NAMESPACE_OPEN to where it belongs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't let doxygen see some inline functions since it complains that it doesn't know which declaration they belong to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DETAILS_AT_TOP has become obsolete with doxygen 1.5.7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d