Triangulation: implement global_*_cell_index_partitioner()

Merge pull request #14268 from drwells/missing-headers

Ensure that every header which uses numeric_limits includes limits.

Merge pull request #14267 from peterrum/formating_footer

Fix formatting

Ensure that every header which uses numeric_limits includes limits.

Presently only BoundingBox didn't compile - I added the rest while I'm at it as
we go through more header refactoring.

Fix formating

Merge pull request #14265 from peterrum/sparse_matrix_tools_unused_warning

Fix unused warning

Merge pull request #14264 from kronbichler/avoid_warning

Avoid warning about function that might not be inlinable

Merge pull request #14262 from mschreter/fix_deprecated_warning

`invalid_fe_index`: fix deprecated warning

Fix unsed warning

Merge pull request #14259 from peterrum/rpe_project

GT::distributed_compute_point_locations(): project reference points onto cell

Avoid warning about function that might be inlinable

Merge pull request #14261 from mschreter/fix_linking_error

Linking error: make `dealii::internal::SolverGMRESImplementation::solve_triangular()` inline

use numbers::fe_index

GT::distributed_compute_point_locations(): project reference points onto cell

make function inline

Merge pull request #14253 from kronbichler/avoid_aliasing

Copy scalars in vector operations to make compiler optimize more

Add additional comments regarding aliasing

Merge pull request #14250 from drwells/include-utilities-cleanup

cleanup some more header inclusions.

Merge pull request #14251 from kronbichler/gmres_batched

SolverGMRES: Add 'batched' mode for reduced overhead at small sizes

Merge pull request #14252 from kronbichler/overhead_vector

Provide inlined fast code path for Vector::reinit(Vector&)

Copy scalars in vector operations to make compiler optimize more

Provide inlined fast code path for Vector::reinit(Vector&)

SolverGMRES: Add 'batched' mode for reduced overhead at small sizes

Clean up inclusions of map and set headers.

Cleanup mapping.h inclusions.

Forward declare ParameterHandler.

Clean up lac/ header inclusions.

Forward declare a usage of LA::d::V.

Clean up some grid/ inclusions.

Remove unnecessary inclusions of utilities.h.

Add some missing headers.

Merge pull request #14096 from peterrum/sparse_matrix_tools

Function to restrict matrices

Merge pull request #14249 from kronbichler/fix_warning2

Fix another warning about an unused variable

Merge pull request #14248 from kronbichler/address_warning

Fix warning regarding unused variables

Fix another warning about an unused variable

Fix warning regarding unused variables

Merge pull request #14245 from peterrum/relaxation_pre_post_a_p

PreconditionRelaxation: add specialization

Merge pull request #14244 from peterrum/diagonal_ladv

DiagonalMatrix: specialize for LA:d:V

Merge pull request #14237 from peterrum/even_odd_apply

Specialize EvaluatorTensorProduct<evaluate_evenodd> for non-templated execution

PreconditionRelaxation: add specialization

DiagonalMatrix: specialize for LA:d:V

Merge pull request #14242 from peterrum/cheby_w

PreconditionChebyshev: reduce number of writes by one

PreconditionChebyshev: reduce number of writes by one

Merge pull request #14241 from kronbichler/fix_warning

Fix a warning

Fix a warning

Merge pull request #14238 from peterrum/PreconditionRelaxation_precond_specialization

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Merge pull request #14240 from kronbichler/improve_jacobian

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_XXX

Merge pull request #14239 from kronbichler/fix_inaccurate_assertion

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_gradient

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

Merge pull request #14221 from kronbichler/simplify_loops

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening

Merge pull request #14121 from peterrum/birth_and_death_mf

Add MatrixFreeTools::ElementBirthAndDeathMatrixFree

Merge pull request #14228 from peterrum/TensorProductMatrixSymmetricSum_precompile

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Merge pull request #14232 from peterrum/idr_block_vectors

Enable SolverIDR for block vectors

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Add functions to restrict a matrix

Merge pull request #14226 from kronbichler/test_case

MatrixFree laplace operator: Restructure computation of diagonal

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Specialize EvaluatorTensorProduct<evaluate_evenodd> for non-templated execution

Enable SolverIDR for block vectors

Add MatrixFreeTools::ElementActivationAndDeactivationMatrixFree

Merge pull request #14235 from tjhei/step-50-petsc-include

fix: step-50 PETSc

fix: step-50 PETSc

add a missing include

Merge pull request #12759 from Rombur/field_transfer_fe_nothing

Add FieldTransfer for the transfer of field with FE_Nothing

Merge pull request #14231 from bangerth/doc-1

Doc update in GridTools.

Doc update in GridTools.

Merge pull request #13820 from drwells/refactor-grid-fixup-functions

Merge pull request #14215 from drwells/fix-petsc-version-detection

Fix PETSc version detection.

Merge pull request #14229 from bangerth/doc-3

Clarify a comment for one of the particle generators.

Merge pull request #14230 from bangerth/doc-2

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14122 from peterrum/fe_face_eval_boundary

Add FEFaceEvaluation::at_boundary() and boundary_id()

Clarify a comment for one of the particle generators.

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14211 from drwells/update-ad-checks

Extend comment

Add test case

Restructure computation of diagonal

Merge pull request #14216 from peterrum/PreconditionChebyshev_precond_specialization

Add specializations of PreconditionChebyshev functions

Handle a test which fails under GCC 5.4

Update checks for AD-types.

At some point these stopped working and something like

#include <deal.II/lac/vector.h>
#include <deal.II/lac/vector.templates.h>

#include <adolc/adouble.h>

int
main()
{
  using namespace dealii;

  Vector<adouble> vec;
}

managed to compile (but compiling Vector<adouble>::l2_norm() fails).

In practice we don't support any type here which we cannot call std::abs() on,
so lets just switch to a simpler check for these types.

Clean up side effect

Fix PETSc version detection.

New versions of PETSc now define PETSC_VERSION_LT etc. in one line, so
our detection of PETSC_VERSION_MAJOR will now also pick up that
usage. Get around this by making the regex more correct.

Merge pull request #14167 from zjiaqi2018/normal_flux_constraints_on_level

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening

Merge pull request #14220 from kronbichler/tria_merge_loops

Merge pull request #14227 from drwells/omp-fix

Set another OMP environment variable.

Add specialization of PreconditionChebyshev functions

Merge two loops in setup of triangulation

Refactor the way we apply grid fixup functions.

This exposes a few issues with the ExodusII test grids.

Add pyramids and wedges to invert_cells_with_negative_measure().

Add some more output to the ExodusII test.

Move up the check with ExcGridHasInvalidCell.

We can do better than an internal error in the GridTools function.

Set another OMP environment variable.

Both of these environment variables control the number of threads - if we set
one we should set the other.

In my shell I always set OMP_THREAD_LIMIT=1 since I don't want to use OpenMP.
For whatever reason stopped working recently, resulting in OpenBLAS trying to
yield execution to nonexistent other threads since some functions expect one
thread to exist and others expect two.

Merge pull request #14224 from kronbichler/fix_bug

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Merge pull request #14212 from marcfehling/feindex-type-1

Move invalid_fe_index to numbers.

Merge pull request #14223 from peterrum/rpe_update_output

Update output

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Update output

Merge pull request #14222 from kronbichler/fix_test

Fix test case with clang compiler

Merge pull request #14213 from bangerth/doc

Clarify comments about get_generalized_support_points().