Merge pull request #13257 from bangerth/pex

PEX: Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv

Merge pull request #13219 from bangerth/nbx-2

Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv.

Merge pull request #13264 from marcfehling/references

Review of `references.bib`.

Merge pull request #13265 from bangerth/extrapolate-dev-2

Only keep track on the number of outstanding answers.

No longer store the ranks of the processes that we want to get something from.

Only deal with one answer at a time.

Don't specify where a message is coming from.

Rather, take all messages and keep processing them until we know that there
are no outstanding ones.

Move processing of a message to the first place where we know the message has arrived.

Keep track of which answers we have already received.

Query the size of the reply message from MPI.

This avoids requiring the user to do so by hand.

Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv.

Simplify code by using serialization functionality.

Review of `references.bib`.

Merge pull request #13255 from bangerth/tut

Use consistent grammar in the list of tutorial programs.

Merge pull request #13212 from bangerth/extrapolate-dev

Improve and fix FETools::extrapolate()

Merge pull request #13250 from marcfehling/fehling

Cleanup `references.bib`.

Merge pull request #13253 from peterrum/fe_eval_jacobian_gradients

Move jacobian_gradients into FEEvalData

Merge pull request #13258 from peterrum/feeval_is_reinitialized

FEEval: do not use cell as indication if reinit() was called

FEEval: do not use cell as indication if reinit() was called

Cleanup `references.bib`.

Merge pull request #13251 from peterrum/fe_eval_use_get_cell_ids

FEEval: use get_cell_ids() at more places

Merge pull request #13256 from bangerth/hotfix

Hotfix: Avoid warning about implicit conversion to bool.

Rename a variable and update the documentation.

Replace MPI_Irecv with MPI_Probe+MPI_Recv.

In PEX, do not compute sources but just the number of sources.

We don't actually need to know where we will get messages from, just how many messages
we will get. This is a question that at least in some contexts is cheaper to answer.

Avoid warning about implicit conversion to bool.

Merge pull request #13249 from marcfehling/richter

Added bibtex entry for `refine_and_coarsen_optimize` reference.

Use consistent grammar in the list of tutorial programs.

Merge pull request #13254 from tjhei/revert-tidy-bool-check

Revert "Add clang-tidy check"

Move jacobian_gradients into FEEvalData

Revert "Add clang-tidy check"

This reverts commit 6c47ac1bd1bb48437f01abe027590d5dbaaad8ba.

Merge pull request #13232 from bangerth/assertions-2

Validate correctness of input arguments.

FEEval: use get_cell_ids() at more places

Merge pull request #13247 from peterrum/mf_data_in

Rename variable

Added bibtex entry for `refine_and_coarsen_optimize` reference.

Merge pull request #13248 from rschoof/typo_correction

Typo correction

Rename variable

Refactor a lambda function into a free function.

Validate correctness of input arguments.

Merge pull request #13244 from kronbichler/remove_unnecessary_include

Remove unnecessary include file

Remove unnecessary include file

Merge pull request #13235 from bangerth/pex-x

Some updates to the PEX code

Merge pull request #13241 from bangerth/26

Make reference to SUNDIALS solvers in step-26.

Merge pull request #13240 from peterrum/fe_eval_const_gather

FEEval: do not cast const away during read_dof_values()

Merge pull request #12983 from gassmoeller/initialize_fepointevaluation_with_mappingdata

Allow reusing mapping data in FEPointEvaluation

Use the ConsensusAlgorithms::Selector class instead.

Keep a sorted vector instead of a std::set.

Use ConsensusAlgorithm in FETools::extrapolate().

Reorder things a bit to minimize the lifetime of objects.

Add a few comments.

Simplify a loop a bit.

Augment the documentation of a member variable.

Rename a function to better reflect what it does.

Small updates to the Serial documentation.

Small updates to the PEX documentation.

Make reference to SUNDIALS solvers in step-26.

FEEval: do not cast const away during read_dof_values()

Merge pull request #13237 from marcfehling/doc-minres

Added bibtex entry for SolverMinRes reference.

Merge pull request #13238 from marcfehling/doc-step-55

Reference book directly in step-55.

Reference book directly in step-55.

Added bibtex entry for SolverMinRes reference.

Merge pull request #13236 from tamiko/typos

fix some typos

Rename a couple of member variables to better reflect their purpose.

Rename a function.

While there, also use the correct data type for its argument.

Sort PEX member functions in the order in which they are called.

Merge pull request #13226 from peterrum/PreconditionRelaxation_refactoring_extansion2

Improve usability of PreconditionRelaxation

Merge pull request #13230 from bangerth/assertions

Add a couple of assertions.

Merge pull request #13231 from bangerth/mpi

Marginally accelerate compute_point_to_point_communication_pattern().

Merge pull request #13202 from gassmoeller/optimize_particle_sort

Faster and simpler search for lost particles

Fix lost signal

indent

Simplify code using std::adjacent_find.

Add a couple of assertions.

Marginally accelerate compute_point_to_point_communication_pattern().

Merge pull request #13227 from tamiko/fix_intel_detection

CMake: adjust tbb path glob to "lib/intel64/gcc*" layout

CMake: adjust tbb path glob to "lib/intel64/gcc*" layout

Merge pull request #13225 from marcfehling/tee-doc

Fix Y-pipe example in doc for `pipe_junction`.

Improve usability of PreconditionRelaxation

Fix examples in doc for `pipe_junction`.

Merge pull request #13179 from tamiko/add_changelog_3

OneAPI compatibility: enable oneAPI configuration in CMake, changelog

Merge pull request #13221 from drwells/fix-test-2

Merge pull request #13222 from drwells/boost-1.78-changelog

Add a changelog entry for #13165.

make define guards more robust

Add a changelog entry for #13165.

Fix a redefined variable error in a test.

052ab5dfbd combined some things into patches.h but didn't delete this one array.

Merge pull request #12265 from masterleinad/add_readability-implicit-bool-conversion

Add readability-implicit-bool-conversion

Merge pull request #13220 from marcfehling/tee-doc

disable threading in task_info.cc for oneAPI

TBB with oneAPI API has deprecated and removed the
<code>tbb::tasks</code> backend. With this it is no longer possible to
compile the following code that builds a directed acyclic graph (DAG) of
(thread parallel) tasks without a major porting effort. It turned out
that such a dynamic handling of dependencies and structures is not as
competitive as initially assumed. Consequently, this part of the matrix
free infrastructure has seen less attention than the rest over the last
years and is (presumably) rarely used.

So in case of detected oneAPI backend we simply disable threading in the
matrix free backend for now.

Fix formatting of table.

Hide template specialization from doxygen.

Fix some more

Add clang-tidy check

Merge pull request #13214 from bangerth/nbx

Merge pull request #13215 from bangerth/nbx-3

Merge pull request #13217 from kronbichler/adjust_variable_name

Fix some spurious variable names

Merge pull request #13028 from marcfehling/tee

Generator for `pipe_junction` geometries.

Generator for `pipe_junction` geometries.

Fix some spurious variable names