Merge pull request #4866 from tjhei/fix_epetra_to_indexset

Fix incorrect size in overlapping EPetra_Map to IndexSet

Merge pull request #4846 from tamiko/fix_cuda_configuration

CMake: Refactor and fix CUDA configuration

Merge pull request #4868 from drwells/fix-timer-1

Fix some #ifdef logic in the Timer class.

Merge pull request #4861 from bangerth/branch-3

Update documentation of p::s::Triangulation.

Add a test.

Update documentation in a couple of places.

Fix incorrect size in overlapping EPetra_Map to IndexSet

Fix some #ifdef logic in the Timer class.

This fixes a bug due to rewritting an else statement where the 'else' was in an
'ifdef' and the body of the else statement (one line) was outside of it. This
caused, after a rewrite, the body of the former else statement to be executed
twice.

Before 9ef67983fd the end of this function was:

#ifdef DEAL_II_WITH_MPI
      if (sync_wall_time && Utilities::MPI::job_supports_mpi())
        {
          this->mpi_data
            = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_time, mpi_communicator);
          last_lap_time = this->mpi_data.max;
          cumulative_wall_time += last_lap_time;
        }
      else
#endif
        cumulative_wall_time += last_lap_time;
    }
  return cumulative_time;

where the 'else' statement was run unconditionally if MPI was not present. The
previous (prior to this patch) version was:

#ifdef DEAL_II_WITH_MPI
      this->mpi_data = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_time,
                                                    mpi_communicator);
      if (sync_wall_time && Utilities::MPI::job_supports_mpi())
        {
          last_lap_time = this->mpi_data.max;
          last_lap_cpu_time = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_cpu_time,
                                                           mpi_communicator).max;
        }
      cumulative_wall_time += last_lap_time;
      cumulative_time += last_lap_cpu_time;
      this->mpi_total_data = Utilities::MPI::min_max_avg (cumulative_wall_time,
                                                          mpi_communicator);
#endif
      cumulative_wall_time += last_lap_time;
      cumulative_time += last_lap_cpu_time;
    }
  return cumulative_time;

which will, if MPI is available, double count both the cumulative wall time and
cummulative time.

Merge pull request #4858 from bangerth/branch-1

Generalize GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts()

Merge pull request #4860 from bangerth/branch-2

Add an assertion.

respect nvcc flags

bugfix

Merge pull request #4856 from masterleinad/fixup_cuda

Clean up CUDA related files

Merge pull request #4863 from bangerth/fix-tests

Use the documented way to partition a p::s::Triangulation by hand.

Merge pull request #4864 from bangerth/doc-update

Update documentation to mention a published article.

Update documentation to mention a published article.

Use the documented way to partition a p::s::Triangulation by hand.

Add an assertion.

Add a new test.

Make the exchange in GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts() boost::optional.

Clean up CUDA related files

Merge pull request #4853 from jppelteret/move_sacado_header_tests

Moved Sacado product type header and Sacado tests

Merge pull request #4785 from jppelteret/tensor_ad_compatibility

SymmetricTensor and Tensor class AD number compatibility

Add more comprehensive test for symmetric tensor operator+= and friends

Add comprehensive test for symmetric tensor constructor and initializer

Update the documentation of some SymmetricTensor operations.

Make the Tensor class more compatible with generic numbers.

All stored number initialisation is explicitly performed, and their
values are set to a safe default. Scalar values are passed by reference
instead of by copy, preventing expensive and unnecessary overhead for AD
numbers due to the creation of a temporary.

Explicitly initialise tensor contraction results to zero.

Added operator== for VectorizedArray

Make the SymmetricTensor class more compatible with generic numbers.

All stored number initialisation is explicitly performed, and their
values are set to a safe default. More operations are templated on a
second number type, adding further compatibility between tensors of
differing number types.

Moved Sacado product type header and Sacado tests

Merge pull request #4854 from davydden/full_mat_docu_minor

minor extension of FullMatrix::cholesky documentation

Merge pull request #4828 from drwells/remove-double-underscores

Remove double underscores from include guards.

minor extension of FullMatrix::cholesky documentation

Add CUDA setup to DEAL_II_INITIALIZE_CACHED_VARIABLES

bugfix

CMake: Update internal CUDA setup, remove obsolete code

Update internal CUDA setup to use native language features. If the
current CMake version is too old, fall back to the old behavior.

Further, remove obsolete CUDA configuration from tests.

CMake: Restructure CUDA detection

This commit restructures the CUDA detection into its own FindCUDA.cmake
module. Further, CUDA support now requires CMake version 3.9 for proper
cmake-internal language support.

Merge pull request #4848 from bangerth/improve-error

Improve a couple of error messages that weren't quite clear.

Remove double underscores from include guards.

Symbols with '__' in them are reserved by the standard.

Merge pull request #4847 from luca-heltai/sundials-detection

Sundials detection.

Merge pull request #4849 from bangerth/doc-update

Fix a markup problem.

CMake: Stylistic fixes

Fix a markup problem.

HTML doesn't know that  equals opening quotes. Avoid this.

Improve a couple of error messages that weren't quite clear.

Sundials detection mechanism.

Merge pull request #4833 from masterleinad/avoid_warning

Avoid warnings related to the deprecation of types_are_equal

Merge pull request #4829 from tjhei/mesh_loop_mg

add mesh_loop GMG test

Merge pull request #4794 from luca-heltai/new-find-active-cells-around-points

New find active cells around point.

Merge pull request #4844 from luca-heltai/enable-nanoflann-doc

Add NANOFLANN to doxygen.

Merge pull request #4842 from tjhei/enable_doxygen_for_cuda

enable CUDA in doxygen

Added DEAL_II_WITH_NANOFLANN to doxygen.

enable CUDA in doxygen

Merge pull request #4841 from tamiko/kdtree_fixup

Bugfix: Make library compile with -DWITH_NANOFLANN=ON

Bugfix: Make library compile with -DWITH_NANOFLANN=ON

We were missing a mandatory include in numerics/kdtree.h

New find active cell around point.

Vertex to cells center directions.

Get closest vertex to cell.

Merge pull request #4831 from tamiko/remove_obsolete_check

CMake: Bugfix: Remove SuiteSparse_config PIC test

Merge pull request #4837 from masterleinad/changelog_4834

Changelog entry for #4834

Merge pull request #4821 from bangerth/fix-3

Reverse template arguments to parallel::GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts()

Avoid warnings related to deprecation of types_are_equal

Changelog entry for #4834

add mesh_loop GMG test

Merge pull request #4834 from masterleinad/deprecate_constraint_and_return_value

Deprecate constraint_and_return_value in favor of std::enable_if

Merge pull request #4830 from tamiko/guard_nanoflann_tests

Bugfix: Only run kdtree tests if nanoflann is configured

Deprecate constraint_and_return_value in favor of std::enable_if

CMake: Bugfix: Remove SuiteSparse_config PIC test

This is a 5 year old workaround for a very old Debian distribution.
Unfortunately, we run into problems with this PIC test - so simply
remove it.

Only run kdtree tests if nanoflann is configured

Merge pull request #4820 from tamiko/clean_up_logstream-3

LogStream: Remove timestamp machinery and memory_consumption

Merge pull request #4825 from luca-heltai/kdtree

KDTree class.

Removed reference to deal3lkit, fixed KDTree names.

Addressed comments, renamed classes, externalized implementation

Merge pull request #4827 from drwells/skip-arrayview-test-old-boost

Skip a type checking test on older boost versions.

Merge pull request #4826 from masterleinad/fix_trilinos_prec

Make trilinos/precondition more robust

Make trilinos/precondition more robust

Merge pull request #4824 from tjhei/mesh_loop_test

Add mesh_loop parallel test and improve MPILogInitAll

Skip a type checking test on older boost versions.

Boost 1.57 does not correctly implement static_vector::const_iterator,
but newer versions of boost fix this problem.

Fixed indentation.

Changed output arguments and added 3 tests.

Add KDTreeDistance implementation

Merge pull request #4819 from drwells/deprecate-types-are-equal

Deprecate types_are_equal.

Merge pull request #4812 from davydden/test_fix

fix parpack unit test

Merge pull request #4816 from masterleinad/revert_4762

Document the default argument for the coefficient in the create_* functions

Document the default argument for the coefficient

Merge pull request #4822 from bangerth/fix-4

Better document what the ghost DoF index exchange does.

Merge pull request #4823 from tjhei/mesh_loop_test_fix

fix tests/meshworker/mesh_loop_*

fix tests/meshworker/mesh_loop_

add parallel mesh_loop test

Reverse template arguments to parallel::GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts().

Update changelog

tests: Update to latest changes

LogStream: Do not default to std::cerr, but std::cout

allow MPILogInitAll to be used more than once

Merge pull request #4775 from luca-heltai/meshloop

Mesh Loop.

remove backticks

reset the CopyData object

address comments

Better document what the ghost DoF index exchange does.

While there, also tighten up the logic of what user flags we set, clear, and
when.

LogStream: Remove timestamp machinery and memory_consumption