Added a templated call to PETSc matrix initialization with SparsityPattern to allow different types of SparsityPatterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in Trilinos vector class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added an MPI_InitFinalize to the files, so that at least some tests work now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17484 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The Trilinos sparse matrix class can now insert elements using set(i,j) as long as compress() is not called.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17483 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use clear() to release memory, rather than doing it by hand in each of the derived classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17482 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prevent a memory leak in the block matrix base class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Print warning that the path to the trilinos libs needs to be added to DYLIB_LIBRARY_PATH. Do so only on Mac OS X because we should be able to take care of this on ELF systems through the use of -rpath.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17480 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use -dynamic -install_name instead of -dylib_install_name on Mac OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17478 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem in the GMSH reader with type-15 cells (nodes) where we failed to read the vertices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17477 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a missing endline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the corrected spelling GXX_VERSION.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17475 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed some more things to make the class more consistent with the deal.II block matrix class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17471 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce step-28.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17469 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When testing for -dylib_install_name, we need to link into a shared library, not an executable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a memory leak in the block matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17467 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after changes to DoFTools::get_subdomain_association.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17458 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Associate DoFs on interfaces between subdomains pseudo-randomly with the subdomains. This is done to better equilibrate the number of DoFs per subdomain even if the number of cells is already well equilibrated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17457 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to initialize the array with invalid values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17452 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now also compiles if we use METIS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ack, more stupid mistakes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up code some.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute reverse and inverse permutations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17431 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split out the function that does the actual Cuthill-McKee algorithm from DoFRenumbering into SparsityTools.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17429 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation. There's too much cruft in here, and it all reads like it was written by a German native speaker...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix syntax error introduced at the last minute.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split the generation of a connectivity pattern between cells into a separate function in GridTools.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split the SparsityPattern::partition function into a separate function in a new namespace SparsityTools.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure that the Trilinos and Petsc libs come after our own. Otherwise, linking with static libs fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Epetra depends on Teuchos, so move the latter towards the end of the library list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further cleanup after bothced commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove input files that aren't needed here (we get them from a different directory).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up after previously botched commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add simpler test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also output level wise information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Sort Trilinos libs by dependency. This is necessary for static linking.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove -static from the linker flags when using static libraries. The svn log doesn't give much of an indication as to why it was there (Ralf commented that it was necessary but not why), but from reading through the gcc documentation I believe it has a different purpose than for example -shared: -shared needs to be given on the command line if we link object files into a shared library. On the other hand, we link into a static library using 'ar', and when we link *with* a static library we simply list it on the command line. -static, on the other hand, when given on the command line, has the effect to that a flag like -lbase should refer to libbase.a even if libbase.so is available. Since we don't really care which system libraries are being used we really have no business specifying this flag at all.

The underlying reason for the change is that with the proliferation of libraries we link with there are cases where a system library is only available as a shared lib. The current case was that with MPI the compiler passes -lmpi_cxx to the linker but mpi_cxx only exists as libmpi_cxx.so and consequently the link fails. This is unnecessary since all we wanted to ensure is that the *deal.II* libraries are used in their static form.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use viscosity 2 eta instead of eta in Stokes system -- this is the usual way of writing the problem in engineering.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restructure the TrilinosTools a bit: Call it System::MPI_InitFinalize because that's what it does, after all. Take all functions that don't really rely on the state of this object out and make them global functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed some comment when interpolating the Stokes solution, since we need it for the extrapolation in the temperature equation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christian Cornelssen: Make links relative to allow moving install directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify things a bit: let all DataOut* classes use the same internal data structure for parallelization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17387 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Specify a few template arguments explicitly to help IBM's xlC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make things work with xlC

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

IBM's xlC is unhappy if we do -DBOOST_NO_SLIST on the command line and later do #define BOOST_NO_SLIST, claiming that the two have differing definitions. I assume that means that the former is equivalent to -DBOOST_NO_SLIST=1 whereas the latter sets it to ''. I'm relatively unsure about this, however. That said, the problem is easily solved by simply not redefining the symbol if it is already defined.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17383 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can run on AIX using gcc4.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17382 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add newline to end of file. Apparently this confuses sed on AIX...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do resize left hand side operand in BlockVector::operator=(BlockVector).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17380 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over some changes from step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17377 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write time step in a more standard format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up a number of other issues and finish reading through the document.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17375 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment the output strategy when using the new time stepping.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17368 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only create the memory leak when linking with Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now the Stokes solution is computed at the old time level with the old temperature, instead of the new one. This makes the discretization O(h^2) again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test results after the change to the .cc file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after the fix to GridOut in 17156.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Encode in the finite element name which quadrature formula was used.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added MatrixTools::apply_boundary_values for PETScWrappers::MPI::BlockSparseMatrix and added CompressedSimpleSparsityPattern in doc/news/changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further cleanups and documentation work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight changes in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after fix to GridOut in 17155.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after the changes to the Triangulation class in 17114.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on two more functions. Change choice of quadrature points both in step-31 and -32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New results after the change 17156 for the gnuplot output of GridOut.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christian Cornelssen: If on .so systems, use the form libxx.so.6.2.1 fo shared libraries. Otherwise use libxx.6.2.1.so.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christian Cornelssen: Fix an obvious misspelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one bug (weighting the Schur complement) and add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some small updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some comments, removed some unnecessary code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected one error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17333 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrote a TrilinosTools class that makes the use of Trilinos a bit easier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed some nonsens.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17331 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate template instantiations for all currently available vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget to also multiply the preconditioner term with eta.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17326 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now step-31 is fully commented. However, one should look them through once again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify constructors in Trilinos matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a function that allows to generate a sparse matrix only using m,n,n_nonzero_per_row, creating a local matrix. This allows to compile a bunch of testcases, but they abort right now. Will have to investigate later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix references to PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few references to non-existent classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We don't support Trilinos full matrix types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copyright dates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Always copy vector in equ.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update several tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The template functions that copied a deal.II vector to a Trilinos vector were there but not instantiated. Rewrite this to move the function into the base class and instantiate the template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a bunch of tests for Trilinos. Many of them fail right now, we'll work on that over time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Drop the 'petsc_' prefix from all filenames to make it simpler to adapt the tests to Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a publication of mine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Omit the constrained entries that will never be created anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change step-31 and step-32 according to the change in the reinit function for Trilinos sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trilinos sparse matrices can now also be reinitialized from the compressed sparsity pattern classes. Change step-31 and step-32 according to this change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d