format comments in step-6 using emacs so that they are not all over the place

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-6 now uses ConstraintMatrix::distribute_local_to_global()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27325 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a couple of warnings about past-the-end accesses.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27319 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct an indexing mistake that would have bitten us in the
spacedim > dim case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

corrected misspellings in trilions_precondition documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix output of test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27292 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an inconsistency where after calling DoFHandler::clear() it still reported n_dofs()>0 etc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27291 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test showing bug in NumberCache after clear()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a workaround for --why?-- yet another old compiler problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a workaround for yet another old compiler problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a workaround for another old compiler problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a workaround for another old compiler problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a workaround for an old compiler problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some old workarounds from the time when we still compiled every file multiple times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some piece of code that could only be enabled using a ./configure switch and that almost certainly hasn't been used in a very long time. Clean this up to make Matthias's life a bit simpler in the cmake conversion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a #ifdef that was introduced in r20239 when we still had multiple libraries. The conditional was to work around a problem on Mac OS X where RTTI doesn't work across shared libraries. The code in question should work now without the workaround simply because at least in this part we no longer do RTTI across shared libs. The problem may still exist at the interface between the deal.II shared libs and user code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent HTML pages.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bunch of typos and improve mark-up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

set all contraints to zero for solve

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

plot for adaptive contact

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

plot for strong scaling

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r27234, 27235, 27237. It was a nice idea but it doesn't work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem introduced by adding the assertions a couple patches back.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where DoFTools::make_flux_sparsity_pattern wasn't prepared to deal with adaptively refined meshes in 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually make it so that it compiles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a bunch of assertions to kill invalid behavior as early as possible (currently we get some really weird follow-up errors deep down in the machinery.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

put link to benchmarks into documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename section

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test (this test used to print nan/-nan on different compilers, now TimerOutput is fixed to just print 0.0)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

avoid printing NaN in TimerOutput.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add VectorInfo class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Catch adding NaN into a Trilinos SparseMatrix in all cases (in debug mode).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo introduced with r27140

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable symmetry mode and pick data from the PETSc environment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix Trilinos tests for Trilinos 11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more fixes for Trilinos 11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixes for trilinos 11. EPetra now supports long and int which causes ambiguous calls when using unsigned int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word the supported platforms list. Update mailing list address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word the supported platforms list. Update mailing list address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a paragraph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Produce an error for an operation that doesn't make any sense in 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix warning (thanks Uwe)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misleading sentence in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misleading sentence in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update publication 2013.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a couple of outdated comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over 26990 from branch_cmake as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also check for sys/resource.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over most of what's in patches r26981:26988 on branch_cmake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for availability of <sys/time.h>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests from configure.in that had previously been removed from aclocal.m4 and have since been giving us errors onto the console.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental merge of this file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintegrate branch_eliminate_iterator_functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove references to merged branched from mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few markup problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

hopefully make numbering less depending on roundoff errors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write glossary entries for user flags and user data. Link to it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly instantiate a few static variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make interface similar to the one for UMFPACK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated bench.sh to output results from 3 tests per revision

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning about a potentially uninitialized variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated get_times.cc to collect minimum times of multiple tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

speed up test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compile issue with clang++-v3.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually instantiate SparseDirectMumps::initialize to make gcc-4.7 happy

Also fixup some unsigned int* -> int* type conversions gcc-4.7 barks about very
loudly because they are not permitted by ISO C++ (ISO C++ 11)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat lucky breakdown in GMRES and FGMRES

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

also test fgmres for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test result.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat tke lucky breakdown, otherwise we had devision by zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Really go through all neighbors of a vertex.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment to SCALAPACK section.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem in GridTools::find_cells_adjacent_to_vertex with anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r26920 since that appears to have led to numerous testsuite failures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about unused argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New, failing test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Edited plot.sh to use test parameter

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated bench.sh to extract names

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Define
   DEAL_II_PETSC_LIBDIR     = $(DEAL_II_PETSC_DIR)/$(DEAL_II_PETSC_ARCH)/lib
since this variable is used in source/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over patches 26839 to 26844 from Matthias' branch for cmake conversion. These patches clean up compiler bug tests that are from the gcc 2.95 and 3.x era and almost certainly no longer apply to the current crop of compilers we have.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some old parts of the code dealing with PETSc versions prior to 2.3. Add some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d