Merge pull request #4911 from drwells/remove-have-sys-types

Remove the check for sys/types.h.

Merge pull request #4905 from drwells/timer-mpi-fixes

Timer mpi fixes

Merge pull request #4913 from masterleinad/explicit_tensor

Mark conversion constructors of SymmetricTensor and Tensor as 'explicit'

Give the MPI::MinMaxAvg members of Timer more descriptive names.

Changelog entry

Improve error message for odd rank SymmetricTensor

Mark conversion constructors of SymmetricTensor and Tensor as 'explicit'

Merge pull request #4912 from masterleinad/fix_include_adolc

Fix include directories for ADOLC

Merge pull request #4676 from davydden/mg_block_transfer_simple

MGTransferBlockMatrixFree for LA::d::BlockVector (version 2)

Merge pull request #4909 from masterleinad/improve_fe_collection

Clean up hp::FECollection

Merge pull request #4910 from Rombur/fix_cuda

Fix a bug in CUDA matix-free when there is no constraint

Fix include directories for ADOLC

Add a changelog entry summarizing the removed #defines.

See also:

ac33ee15e72214783a6b3613c0e6cbbdf591cd4d
03fbd44b85d7a4671fa3acf27fb0e476e351eec5
846baab1096fcbb959e9c643718c3bacfa300738
e685824578583452a60df5633c2b3cef24a6a23f
c855d00809a6e2b4510f6021c53d526303674a6e
df68710ef257329aabd0c7eab57120a790a1384e
e5818a0071a5b1764b36293dff7be090030fc554

Remove the check for sys/types.h.

This was added in 7b34010c81d but apparently never used.

Merge pull request #4862 from masterleinad/nothrow_exception

Make noexcept for AssertNoThrow more explicit

Fix a bug in CUDA matix-free when there is no constraint

Add changelog entry

Improve hp::FECollection

Merge pull request #4906 from drwells/actually-remove-explicit-constructor-bug

Actually remove DEAL_II_EXPLICIT_CONSTRUCTOR_BUG.

Merge pull request #4907 from drwells/remove-wreturn-type-const-qualifier-bug

Remove DEAL_II_WRETURN_TYPE_CONST_QUALIFIER_BUG.

Remove DEAL_II_WRETURN_TYPE_CONST_QUALIFIER_BUG.

This was a workaround for a bug in gcc 4.3 that has long since been fixed.

Actually remove DEAL_II_EXPLICIT_CONSTRUCTOR_BUG.

Follow-up to ac33ee15e72.

Merge pull request #4904 from masterleinad/fix_mpi_tests

Fix failing MPI tests

Fix failing MPI tests

Write an '#error' message with a string.

This looks nicer in my editor.

Avoid mentioning a deprecated function in the docs.

Clean things up with a delegating constructor call.

Enable MPI timer features when MPI is not present.

All of the relevant functions have redefinitions in the case that MPI is not
available.

Merge pull request #4903 from masterleinad/fix_number_type

Fix Assert with the correct number type

More vertex_dof_offset fixes

Fix Assert with the correct number type

Merge pull request #4900 from davydden/mf_operator_fix

fix a minor bug in MatrixFreeOperators::Base::vmult_interface_down()

Merge pull request #4901 from davydden/la_parallel_vector/ghost_assertion2

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

add MGTransferBlockMatrixFree

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

fix a minor bug in MatrixFreeOperators::Base::vmult_interface_down()

Merge pull request #4892 from drwells/rename-timer-variables

Rename timer variables

Merge pull request #4897 from Rombur/tensor

Fix a bug when using Tensor with CUDA.

Merge pull request #4896 from Rombur/dim3

Do not use dim3 for non-CUDA code

Fix a bug when using Tensor with CUDA.

Merge pull request #4895 from Rombur/underscores

Remove double underscores from include guards

Treat the nothrow exception handling special

Do not use dim3 for non-CUDA code

dim3 is an array of size 3 defined by CUDA. Remove non CUDA-related dim3
because it creates an error due to conflicting declaration.

Remove double underscores from include guards

Merge pull request #4870 from davydden/consecutive_control

minor fix of ConsecutiveControl

Merge pull request #4891 from tjhei/fix_distr_grid_tools_serialize

fix distributed GridTools::exchange_cell_data_to_ghost serialization …

fix distributed GridTools::exchange_cell_data_to_ghost serialization call

Merge pull request #4889 from masterleinad/fix_integrator_tests_fix

Follow up to #4888 fix regex substitution error

Rename some private Timer variables.

The new names are more descriptive, e.g., the CPU time variables did not mention
that they measured CPU time.

Improve some of the Timer documentation.

This commit fixes a few small things:
1. The example at the top of the Timer class used a deprecated function; this
   example now uses the replacement function.
2. The MPI communicator documentation was written for a different variable.
3. A few sentences have been rewritten to improve clarity.

Follow up to #4888 fix regex substitution error

Merge pull request #4888 from masterleinad/fix_integrator_tests

Fix test output for integrators tests

Fix test output for integrators tests

Merge pull request #4887 from kronbichler/fix_tensor_product_matrix_test_02

Fix tensor product matrix test case in float mode.

Fix tensor product matrix test case in float mode.

Merge pull request #4884 from drwells/remove-timer-child-measurement

Remove unused child (process) resource usage checks.

Merge pull request #4885 from tamiko/lalala

CMake: Bugfix: Use correct cmake variable in external projects

Add a test

CMake: Bugfix: Use correct cmake variable in external projects

In macros for external projects we have to use
  DEAL_II_USER_DEFINITIONS
instead of
  DEAL_II_DEFINITIONS

Remove unused child (process) resource usage checks.

The option RUSAGE_CHILDREN (see man 2 getrusage) returns resource usage
statistics for terminated children of the current process. Since we don't use
this type of multiprocessing these values are always zero and we never needed to
measure them.

Reverts 5592e89cfa8.

Merge pull request #4874 from tamiko/fix_cuda_configuration

CMake: Second round of CUDA fixes

Merge pull request #4882 from masterleinad/fix_boost_1_64_serialize_array

Include correct headers for serialization of std::array

Include correct headers for serialization of std::array

Merge pull request #4877 from tjhei/cmake_support_intel

cmake: fix intel compiler detection

Merge pull request #4876 from bangerth/doc-update

Fix formula in step-33.

cmake: fix intel compiler detection

Merge pull request #4873 from bangerth/branch-7

Exchange active_fe_index information for p::d::Triangulation.

Fix formula in step-33.

Merge pull request #4875 from tamiko/add_lapack_guards

Tests: Guard a couple of tests with with_lapack=true

Tests: Guard a couple of tests with with_lapack=true

Exchange active_fe_index information for p::d::Triangulation.

CMake: mark a variable as advanced

add a changelog entry

CMake: Make CUDA detection more robust

CMake: Disable CUDA for incompatible C++ standards

Merge pull request #4872 from bangerth/branch-6

Use optional exchange of ghost data in DoFHandler::distribute_dofs()

minor fix of ConsecutiveControl

Allow for an optional exchange of ghost data.

Specifically, avoid it if possible.

Merge pull request #4855 from bangerth/fix-5

Express the ghost exchange of DoF indices using GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts().

Merge pull request #4869 from bangerth/doc-update

Update documentation.

Merge pull request #4866 from tjhei/fix_epetra_to_indexset

Fix incorrect size in overlapping EPetra_Map to IndexSet

Merge pull request #4846 from tamiko/fix_cuda_configuration

CMake: Refactor and fix CUDA configuration

Merge pull request #4868 from drwells/fix-timer-1

Fix some #ifdef logic in the Timer class.

Update documentation.

Merge pull request #4861 from bangerth/branch-3

Update documentation of p::s::Triangulation.

Add a test.

Update documentation in a couple of places.

Fix incorrect size in overlapping EPetra_Map to IndexSet

Fix some #ifdef logic in the Timer class.

This fixes a bug due to rewritting an else statement where the 'else' was in an
'ifdef' and the body of the else statement (one line) was outside of it. This
caused, after a rewrite, the body of the former else statement to be executed
twice.

Before 9ef67983fd the end of this function was:

#ifdef DEAL_II_WITH_MPI
      if (sync_wall_time && Utilities::MPI::job_supports_mpi())
        {
          this->mpi_data
            = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_time, mpi_communicator);
          last_lap_time = this->mpi_data.max;
          cumulative_wall_time += last_lap_time;
        }
      else
#endif
        cumulative_wall_time += last_lap_time;
    }
  return cumulative_time;

where the 'else' statement was run unconditionally if MPI was not present. The
previous (prior to this patch) version was:

#ifdef DEAL_II_WITH_MPI
      this->mpi_data = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_time,
                                                    mpi_communicator);
      if (sync_wall_time && Utilities::MPI::job_supports_mpi())
        {
          last_lap_time = this->mpi_data.max;
          last_lap_cpu_time = Utilities::MPI::min_max_avg (last_lap_cpu_time,
                                                           mpi_communicator).max;
        }
      cumulative_wall_time += last_lap_time;
      cumulative_time += last_lap_cpu_time;
      this->mpi_total_data = Utilities::MPI::min_max_avg (cumulative_wall_time,
                                                          mpi_communicator);
#endif
      cumulative_wall_time += last_lap_time;
      cumulative_time += last_lap_cpu_time;
    }
  return cumulative_time;

which will, if MPI is available, double count both the cumulative wall time and
cummulative time.

Express the ghost exchange of DoF indices using GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts().

Merge pull request #4858 from bangerth/branch-1

Generalize GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts()

Merge pull request #4860 from bangerth/branch-2

Add an assertion.

respect nvcc flags

bugfix

Merge pull request #4856 from masterleinad/fixup_cuda

Clean up CUDA related files

Merge pull request #4863 from bangerth/fix-tests

Use the documented way to partition a p::s::Triangulation by hand.

Merge pull request #4864 from bangerth/doc-update

Update documentation to mention a published article.

Update documentation to mention a published article.

Use the documented way to partition a p::s::Triangulation by hand.

Add an assertion.