Merge pull request #361 from tjhei/master-default

master branch: install deal.II 9.5.1 by default

Merge pull request #360 from tjhei/ubuntu-description

fix typo in ubuntu help

master branch: install deal.II 9.5.1 by default

We will switch the default branch of candi to master to simplify testing
and development

fix typo in ubuntu help

Merge pull request #359 from alarshi/updated_package

updated slepsc and petsc packages.

Update slepc.

Address comments from PR.

updated slepsc and petsc packages.

Merge pull request #343 from tjhei/ci-osx-python

[ci] check python versions

bump version

Merge pull request #353 from tjhei/nox-on

enable Trilinos NOX

Merge pull request #352 from tjhei/sundials-on

enable sundials by default

enable Trilinos NOX

explicitly enable NOX (even though it is active by default)

enable sundials by default

Merge pull request #334 from pengfej/Error-on-Trilinos

Error about building Trilinos 14.0.0 with candi

Merge pull request #349 from tjhei/fix_checksum

fix checksum

fix checksum

Merge pull request #339 from tjhei/osx_petcs_bump

PETSc/Slepc update to 3.19.0 to support M1

update slepc

PETSc update to 3.19.0 to support M1

Merge pull request #344 from tjhei/python3-default

switch to python3 by default

switch to python3 by default

check python versions

Merge pull request #340 from tjhei/bump_hdf5

hdf5: bump to support M1

Merge pull request #338 from tjhei/osx_trilinos

support trilinos and netcdf on M1

Correctly unset PETSc environment variables.

support trilinos and netcdf on M1

hdf5: bump to support M1

Merge pull request #341 from tjhei/ci-bfd

temporary fix for CI by using bfd

remove 18.04 runner

temporary fix for CI by using bfd

fixing

Only change I made

Merge pull request #330 from tjhei/seacas_no_x11

disable x11

Merge pull request #331 from tjhei/trilinos_no_explicit

trilinos without explicit instantiations

trilinos without explicit instantiations

It turns out explicit instantiations have the following problems:
- it confuses linkers like gold leading to missing instantiations
- breaks compilation on OSX ARM (symbols with wrong arch)
- it is likely related to a big bloat in library size

Disable them for now...

disable x11

Merge pull request #325 from tjhei/ci-macos-gcc11

CI: osx use gcc-11 to fix compilation

CI: osx use gcc-11 to fix compilation

test

a

a

f

Merge pull request #323 from tjhei/ci-2204

[CI] test 22.04

fix issue on undefined reference to gotoblas

Merge pull request #322 from tjhei/netcdf-folder

nicer name for netcdf config file

test 22.04

nicer name for hdf5 config file

Merge pull request #321 from tjhei/tril_seacas_netcdf_fix

fix SEACAS support

fix SEACAS support

- netcdf support in trilinos needs some help to find correct paths
- SEACAS depends on netcdf

Enable SEACAS in Trilinos to enable exodusII

move patch into file

remove REALTYPEWIDTH modification

fix bug on metis USE_64_BIT_INDICES

Merge pull request #311 from tjhei/openblas-0.3.21

OpenBLAS v0.3.21

OpenBLAS v0.3.21

Merge pull request #297 from tjhei/tril13-2

update Trilinos to 13.2

Merge pull request #308 from tjhei/osx-instr

update OSX instructions

update OSX instructions

Merge pull request #307 from tjhei/fix_petsc_opt

fix PETSc with optimization flags

fix PETSc with optimization flags

fixes #306

I tried various combinations of single/double quotes and
reglob-protecting ${CONFOPTS} when passing to ./configure but none of
the options worked (PETSc either only picks up -O3 or fails to configure
with '-O3).

Merge pull request #304 from tjhei/numdiff-m1

numdiff: make work on M1

numdiff: make work on M1

Not sure what "natural language support" is, but it doesn't seem to be
necessary and this makes numdiff work on an M1 mac.

Merge pull request #300 from tjhei/update_openblas

update openblas

Merge pull request #301 from tjhei/fix-cmake-path-master

Fix path to installed CMake files.

Fix path to installed CMake files.

Merge pull request #298 from tjhei/master-version

master: update version

update openblas

master: switch to 9.5.0-pre

Merge pull request #295 from tjhei/64bit-option

new global option: USE_64_BIT_INDICES

update Trilinos

Merge pull request #296 from gfcas/bump_checkout

Bump github actions/checkout@v3

Bump github actions/checkout@v3

fixes

new global option: USE_64_BIT_INDICES

Merge pull request #294 from koecher/takeover-267-289

ADOL-C: Add default options that are most useful/defensive for users

Add arch native flags to p4est and trilinos if native optimazations is on.

Merge pull request #284 from tjhei/native_o3

native optimizations: enable -O3

Merge pull request #288 from SJ2050cn/master

Fixed `BUILDDIR` spelling error.

native optimizations: enable -O3

We found out that -O3 makes a measurable difference in matrix-free
performance for recent gcc versions. Enable this when the user requests
native optimizations.

Merge pull request #281 from gfcas/concurrency

Concurrency

Add concurrency for main.yml

Indent main.yml

Merge pull request #278 from gfcas/update_package_petsc

Clean up PETSc and SLEPc

Merge pull request #279 from gfcas/update_package_p4est

Update p4est.package according to dealii

Merge pull request #280 from gfcas/symengine-v0.8.1

Symengine v0.8.1

Remove conflicting symengine options

Symengine v0.8.1 checksum

Bump symengine version 0.8.1

Indentation

Update p4est.package according to dealii

Merge pull request #260 from gfcas/update_package_hdf5

cleanup in package hdf5

Clean up PETSc and SLEPc

Merge pull request #276 from tjhei/opencascade-isfinite-patch

opencascade: fix isfinite error

Merge pull request #275 from tjhei/petsc_slepc_bump

update petsc and slepc

opencascade: fix isfinite error

On M1 opencascade fails to compile, fix by adding a patch.

update petsc and slepc

This is required to compile on M1 with clang.

HDF5 1.10.8 checksum

HDF5 v1.10.8

Update package hdf5

Merge pull request #270 from tjhei/cmake_generator

unset CMAKE_GENERATOR

unset CMAKE_GENERATOR

One can set the CMAKE_GENERATOR to set the default generator when cmake
is executed (I have set it to Ninja). This of course confuses candi, as
no makefiles will be generated.