Add methods VectorizedArray::load and VectorizedArray store for vectorized read and write of unaligned memory addresses. This also fixes the step-48 test case problems

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove SparsityTools::size_type and replace it by the appropriate size_type of the sparsity pattern we use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split output files for 32 and 64 bit mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention change

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-6 uses the new way of dealing with constraints, i.e., applying them on the fly, so mention this in step-27 and step-16. In step-16, also avoid using deprecated interfaces to multigrid data structures

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start a tutorial using the Runge-Kutta methods implemented in TimeStepping.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-define one of the iterator typedefs to make it consistent with the
corresponding one in ::DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a grammar mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better document another batch of iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Limit concurrency for non-MPI tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify some of the function docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reshuffle and sort the contents of this file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation of a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix FE_DGQArbitraryNodes::has_support_on_face

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a mistake on the sign in the residual formular for time_stepping.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize ghost elements to zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be a bit less restrictive

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Limit concurrency of mpi tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup file fe_trace.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make two member variables private. Improve documentation of the enums that are used for these variables. Further improve documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify and correct documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Provide our own PACKAGE_HANDLE_STANDARD_ARGS

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Refactor Find modules

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Some minor cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minor editorial adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor text edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a boolean autopartition to
parallel::distributed::Triangulation<...>::load to control automatic
reparitioning behaviour of p4est

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Complete search for now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32830 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tweak to test script status message that confused me

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start work on bug 198 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=198) documenting the exact types we have for iterator typedefs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment the documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Fix a buffer overflow that makes clang unhappy in debug mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation somewhat.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the include guard to the name of the file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32822 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Expand on a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also update the 64-bit output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initial test to detect optimization bug for gcc-4.6

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix step-48 on tester by computing the value as in step-48b (with an unnecessary second computation for std::sin). This shows that we indeed look at a compiler bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Ensure that DIFF_EXECUTABLE is always valid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output only the first few lines of numdiff output if a test fails. Then output
the first 50 lines of regular diff since it's so much more readable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "CMake: Silence warning w654 with icc: "overloaded virtual function is only partially overriden" - I assume this is intended..."

No not intended and we schould fix it..

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32814 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Lazily fix a failing test for clang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Silence warning w654 with icc: "overloaded virtual function is only partially overriden" - I assume this is intended...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Hide a warning with clang: -Wno-unsupported-friend

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Fix one more test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Make solver_02 happy again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Remove old comparison files for gcc 4.1.2, try to make some tests more platform independent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfixes:
  Use DEAL_II_CXX_FLAGS for the top level library target
  Set the linker language to cxx

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert r32801 because we suppress boost version information now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make serialization tests independent of boost.serialize version number by writing them with 'no_header'

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Invert order of files to diff so that the output shows the changes with respect to the expected output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Try to normalize boost serialization output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use another way to compute the value to be submitted. This should fix the final norm (but not the test case) on the tester

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet better information for test case failure: It looks like the big expression containing std::sin is evaluated wrongly whereas when using only individual terms things get right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet better information for test case failure: It looks like the big expression containing std::sin is evaluated wrongly whereas when using only individual terms things get right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further simplification of test output. Update comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Next step in identifying the problem on the tester: Output the some of the values actually computed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify endl properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only run test when we have PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only run test when we have PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Many more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cosmetic changes

And yes, icc is happy again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend friendship more so that we can actually declare Accessor::Reference a friend of SparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by k3daevin: Add Reference class as a friend of sparse matrix to make
IBM xlC work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few issues with vectorization that might help simserv04 with Intel min-bundled configuration. Initial detection for AVX512 (but due to hardware not released yet I could not test it).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also compare correctness in release mode by replacing Assert by AssertThrow

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comparison when the numbers are denormals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add additional tests (simplied version of matrix_free/step-48) to see what is going on

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix race condition in test mpi/codim_01

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fully qualify some access to make MS Visual Studio happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the accidental part of commit 32777.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The name of the 'official' test machine has changed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in GridTools::find_active_cell_around_point() where we accidentally used tria.n_cells() instead of tria.n_active_cells().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix it right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo a commit from a couple of weeks ago that I thought might address
bug #197 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=197) but
in reality only made it worse since it now also makes
build_tests/step-49.{debug,release} fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust a number of test results for the new tester machine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid default arguments on template parameters for function templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust tolerance for the new 'tester' machine that produces errors on
the order of 1.5e-12.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve comment formatting script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address a number of warnings about unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust serialization output after switch from std::vector to AlignedVector in TableBase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorder output slightly so that the big whitespace block comes *after*, not
*before* the timing summary, thereby marking the summary to the *previous*,
not the *next* time step.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark up a comment in such a way that it appears as part of the code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Sort. Add a missing year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid default template argument for function template which requires c++11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a variable declaration that has been unused for a long time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d