Merge pull request #5660 from masterleinad/increase_precision_arpack_parpack

Increase precision in arpack/parpack_advection_diffusion_petsc

Merge pull request #5652 from drwells/lapack-size-type

Change LAPACKFullMatrix::size_type to unsigned int.

Merge pull request #5659 from davydden/feature/norm_sqr

add LA::d::BlockVector::norm_sqr() and LA::d::Vector::norm_sqr()

Merge pull request #5632 from ExtremOPS/multiplySparsityPattern

Multiply sparsity pattern

Increase precision in arpack/parpack_advection_diffusion_petsc

add LA::d::BlockVector::norm_sqr() and LA::d::Vector::norm_sqr()

added changelog entry

added two unit tests and its output for compute_mmult_pattern(..)

added DynamicSparsityPattern::compute_mmult_pattern(..)

Merge pull request #5654 from masterleinad/update_number_cache_periodicity

Update NumberCache after adding periodicity to a p::d::Triangulation

Change LAPACKFullMatrix::size_type to unsigned int.

This fixes compilation with 64 bit indices and also makes things more consistent
with base class functions (e.g., TransposeTable::n_rows() returns an unsigned
int).

Add comment why to call update_number_cache

Update NumberCache after adding periodicity to a p::d::Triangulation

Merge pull request #5651 from davydden/feature/lapack_remove

add a function to remove row and column from LAPACKFullMatrix

add a function to remove row and column from LAPACKFullMatrix

Merge pull request #5650 from davydden/doc/lapack_fix_bracket

doc: fix bracket in LATEX documentation

doc: fix bracket in LATEX documentation

Merge pull request #5634 from kronbichler/update_manifold_documentation_2

Further improve manifold documentation

Merge pull request #5631 from davydden/feature/increase_decrease_size

Extend LAPACKFullMatrix and Vector to keep the data upon resizing and add rank-1 update

Merge pull request #5638 from drwells/stop-overwriting-unity-files

Fix overwriting of unity files in reconfiguration.

Merge pull request #5620 from cpraveen/fixdoc

Fix documentation

do not capitalize proper names in Utilities::LinearAlgebra

various cleanups and improvements

add a link to LAPACK forums

factor out hyperbolic rotations into Utilities::LinearAlgebra::hyperbolic_rotation() and test

implement downdating of Cholesky factorization

implement rank-1 update for Cholesky factorization

adjust LAPACKFullMatrix::print_formatted() to output lower triangular part for Cholesky

add Utilities::LinearAlgebra::Givens_rotation()

add rank-1 update of LAPACKFullMatrix

add LAPACKFullMatrix::reinit_preserve() and Vector::reinit_preserve()
to (partly) keep the old values.

Merge pull request #5649 from tamiko/make_output_more_verbose

CMake: Also print GMSH_EXE in detailed.log

Merge pull request #5648 from davydden/fix/gmsh

use find_program to find GMSH

CMake: Also print GMSH_EXE in detailed.log

use find_program to find GMSH

Merge pull request #5646 from Rombur/reinit_after_move

Improve move constructor tests

Improve move constructor tests

Improve the move constructor tests of TrilinosWrappers::SparseMatrix and
TrilinosWrappers::SparsityPattern by checking the object whose data has been
stolen can be reinitialized

Merge pull request #5606 from luca-heltai/occ-2d

OpenCASCADE now works also in spacedim = 2

Merge pull request #5641 from tamiko/minor_cmake_fixes

CMake: cache TestBoostBug, clean up cached variables

remove redundant if

Merge pull request #5640 from Rombur/move_constructor

Add move constructors

Fix overwriting of unity files in reconfiguration.

One flaw in the unity build system is that it always generates the unity
inclusion files when the build system is (re)configured. This results in a lot
of extra compilation.

This patch fixes the issue by first writing to a temporary file and then
moving it only if it is not equal to the current unity file.

fix indenting

Merge pull request #5635 from masterleinad/stabilize_gmsh

Increase stability of gmsh/create_tria_01

CMake: correctly cache TestBoostBug, clean up cached variables

This commit ensures that the test result of TestBoostBug is correctly
cached (similarly to all other compilation checks).

Further, make sure that all cached variables for compatibility checks
for ADOLC and Boost are correctly unset again.

CMake: TestBoostBug: Remove workaround

The workaround of renaming a list separator then passing a string
unquoted can be avoided by quoting the full option:

  "-DBOOST_LIBRARIES=${BOOST_LIBRARIES}"

Merge pull request #5637 from drwells/remove-more-cxx11-checks

Remove some more DEAL_II_WITH_CXX11 references.

Merge pull request #5572 from masterleinad/detect_boost_bug

Detect BOOST bug while configuring

Merge pull request #5636 from Rombur/cxx11

Remove DEAL_II_WITH_CXX11 guards

Add entry in changelog

Add move constructor to TrilinosWrappers::SparsityPattern

Add move constructor for TrilinosWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #5639 from bangerth/add-comment

Add a comment and PETSc KSP and PC objects.

Add a comment and PETSc KSP and PC objects.

Remove some more DEAL_II_WITH_CXX11 references.

Remove DEAL_II_WITH_CXX11 guards

Assert to check spacedim >= 2 in OpenCASCADE::NURBSPatchManifold

Fix failing tests.

Merge pull request #5610 from Rombur/notebook

Add Jupyter Notebook

Further improve manifold documentation text.

Increase stability of gmsh/create_tria_01

Merge pull request #5633 from bangerth/doc-updates

Some grammar improvements.

Some grammar improvements.

Merge pull request #5626 from kronbichler/update_manifold_documentation

Update manifold documentation in a few places.

Merge pull request #5630 from drwells/add-move-constructor

Add a move constructor for VectorMemory::Pointer.

Merge pull request #5628 from drwells/avoid-memory-consumption-method

Let GrowingVectorMemory work with std::vector.

Merge pull request #5629 from masterleinad/fix_fe_field_function_03

Fix fe_field_function_03

Add a test for VectorMemory<std::vector<T>>.

Remove a badly worded part of changelog.

Extend discussion on what happens if manifolds are blended in a bad way.

Update manifold documentation in a few places.

Improve some method descriptions.

Add a move constructor for VectorMemory::Pointer.

This lets us write things like

std::vector<typename VectorMemory<VectorType>::Pointer> vec;

Fix fe_field_function_03

Let GrowingVectorMemory work with std::vector.

The VectorType class in

std::pair<bool, std::unique_ptr<VectorType>>

may not have a memory_consumption() member function (e.g.,
std::vector). Get around this by just using the free function instead.

Merge pull request #5625 from masterleinad/fix_shared_tria_tests

Fix some failing tests

Fix shared::Triangulation tests

Merge pull request #5618 from kronbichler/robustness_write_gnuplot_dof_support_point_info

Make write_gnuplot_dof_support_point_info more robust

Fix corner case in comparison. Add test.

Fix documentation

In FE_RaviartThomas, the cell quadrature is wrt QGauss(k+1).

Fix some mistakes in mapping, everything on right side is wrt \hat{x}.

Merge pull request #5619 from tjhei/document_petsc_one_to_one

document PETScWrappers::Vector constructors better

Merge pull request #5616 from davydden/doc/improve_pd_SolTrans

improve documentation of p::d::SolutionTransfer when used with LA::d:…

address comment

document PETScWrappers::Vector constructors better

Merge pull request #5612 from masterleinad/fix_periodic_moved_vertices

Fix treatment of periodic faces in communicate_locally_moved_vertices

Make write_gnuplot_dof_support_point_info more robust by lexicographic indices with roundoff tolerance.

improve documentation of p::d::SolutionTransfer when used with LA::d::Vector

Merge pull request #5386 from kronbichler/change_laplace_mesh_smoothing

Replace broken mesh smoothing with Laplacian

Merge pull request #5614 from davydden/doc/pum_reference

update FE_Enriched reference paper

Fix treatment of periodic faces in communicate_locally_moved_vertices

update FE_Enriched reference paper

Test 2d triangulation.

Merge pull request #5613 from agrayver/fix_shared_tria

Get rid of coin flip strategy in p::s::Tria

OpenCASCADE classes and utilities now work also in spacedim=2

Significantly extend module on the manifold.

The new section describes the mesh smoothing algorithm in deal.II

Add changelog.

Update documentation.

Replace all names mentioning the Laplace vector by the new approach of interpolating. Also update the description of how to ensure good convergence with the mapping, given that it was the Laplace smoothing in the old implementation that destroyed convergence rates.

Remove old changelog that is no longer applicable.

Adjust periodicity test.

Fix opencascade test.