Test for avoiding bug in FE_Q with arbitrary nodes: the hp line/quad identities need to be computed from support points, not equidistant points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in FE_Q with arbitrary nodes: the hp line/quad identities need to be computed from support points, not equidistant points. Also, the embedding matrices for arbitrary nodes do not need to be computed with FE_Tools. They can be generated in the usual case if we use the support points directly and not equidistant points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do operator= in parallel just as matrix-vector products. This gives considerably better speed of parallel mat-vecs on some NUMA systems where the first access to a memory location determines which memory bank will hold the data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

get_data cannot return null pointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new functions for setting face and subfaces without deleting matrices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace a quadratic algorithm by a linear one. This greatly accelerates a good number of the tests we have. For example, deal.II/grid_in and deal.II/grid_in_msh_version_2 speed up from several minutes to just a few seconds.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Accelerate the central part of the reordering algorithm by a factor of
four. This line
      std::transform(inquads.begin(),inquads.end(), std::back_inserter(mquads),
     std::bind2nd(MQuad::MakeQuad(),sides) );
takes up almost the entire time since the call to MakeQuad is linear in the
number of edges and is called a linear number of times -- making the whole
thing quadratic. This may not have been such a big deal when we used the
regular libstdc++ library, but since we now test with the debug version, it
takes positively forever. The patch changes the way we work in MakeQuad:
instead of calling lower_bound four times, we now do the equivalent work only
once and check for all four indices at the same time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Abort the program at the moment since it locks up and we don't have a way to
fix it at present.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Toss section on Trilinos versions prior to 10.0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add GridGenerator::quarter_hyper_shell. Only implemented in 2d for now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix example in documentation: control is no longer public.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not access the first element if the vector is empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not access the first element if the vector is empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust, not that count_dofs_per_component is available for a templated DoFHandler argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile also with MPI enabled.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename test and add a new one that verifies FECollection objects with more than one element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement DoFTools::count_dofs_per_component also for hp::DoFhandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Close the ConstraintMatrix before use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Temporarily increase timeout after using the libstdc++ debug mode. I don't
want to keep this bigger timeout long term but I'd like to see in the
testsuite runs which tests are genuine failures and which are just caused by
longer runtimes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Close the constraint matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion without which we probably compute garbage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start fixing FE_Face

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't access an element of an array if the array has size zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow calling join() on a thread object more than once.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid accessing element past the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the test that we produce an exception for invalid accesses. This can't be tested in any reasonable way since in the testsuite we continue running tests even after exceptions, which then triggers an out-of-bounds access and a failure of the test in the debug version of libstdc++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make work again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix non-sensical placement of a join_all statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure that a thread can indeed be joined. This doesn't always appear
to be the case, and a friendly assertion is better than a hard
exception that is thrown from the OS and doesn't contain much information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to module Integrators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23911 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Threads::Thread::valid.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23910 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Threads::Thread::valid.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23909 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23908 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't write stuff into a big file that we're never going to read again. It's also not safe in the presence of having the same tests run multiple times at the same time with parallel make, since multiple tests may write to the same file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after the change to computing no_normal_flux.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid accessing invalid elements of an array.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo last change and document why the code that looked dead was in fact useful.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid accessing elements past the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23902 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we access an element past the end of the array because we
call a function recursively and accidentally step on our own foot.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove unused variable

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace wrong loop bounds

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

OK, that didn't work :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a better way to copy stuff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only access elements of a vector if it is not empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not access the element-past-the-end of a vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more robust version of denoting the null pointer in this context.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more careful accessing the data array of a Table object if said Table
object is empty. Also add an assertion in one other place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compare iterators from the same container.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another such place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't compute stuff we never use. In particular, don't create variables then
access beyond their end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute the size of a std::vector without dereferencing the end iterator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only define preprocessor symbol if not already defined.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23888 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Verify that the output that changed with yesterday's fix is correct.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace two naked 'throw ExcInternalError()' by the corresponding AssertThrow so that we get location information printed in the output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper syntax in compile test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around an awkward problem: when using mappings of degree 4, we have enough roundoff accumulating that we get into trouble with constraints that are cyclic. Fix this by introducing a normalization step in the computation of normal vectors when sorting out normal fluxes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect common problem with Sacado_cmath.hpp and link to a solution.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23882 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better doxygen markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23881 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note to a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only the 3d case is affected.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce test to the minimum.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Auto-detect the Trilinos sub-libs we need to link with and their order.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove obsolete keyword

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Header

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation. Add a guarantee about the first shape function that is also tested in the new fe/dgp_01 testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around compiler warnings in boost library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix memory consumption of std::vector<T> with more than 4G.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Omit unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test ConstraintMatrix::merge() for constraint matrices localized by an IndexSet (same IndexSet on both CM).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement ConstraintMatrix::merge() for constraint matrices localized by an IndexSet (same IndexSet on both CM).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing testcase for no_normal_flux constraints in 3d with higher order mapping failing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test that currently fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test compile and run. It does abort now, though...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test works after all -- the deadlock was due to the fact that I called x.l2_norm() only for some processors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also set SERVER_BASED_SEARCH to NO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set TEMPLATE_RELATIONS to YES.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a new test. This one segfaults on my laptop, let's see what it does on the autotester.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove static_casts that are now no longer necessary since parallel::distributed::DoFHandler has been merged into the global ::DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use '-Wl,-rpath,' instead of '-Wl,-rpath ' (note the comma instead of the space). It's quite mysterious how this worked in the first place for so long.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make our lives a bit easier in counting how many variables we output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add more details to the Refinement During Timesteps section

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added instantiation of PETScWrappers::MPI:Vector in MappingQEulerian

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Experiment with adding a search engine to the doxygen pages. It
doesn't quite work on my local machine, so see how it comes out on the
server.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a number of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add something to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove wrong comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a master's thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove obsolete constructor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

undo erroneous commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test permutation in RelaxationBlock

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix order in SSOR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d