Properly guard a mutable variable in the MappingQEulerian class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor cleanup: Make a couple of variables const and move initialization appropriately.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of functions in a second version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a single space character rather than a string with a single space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do fail last

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on two recent changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add get_function_laplacians() methods in FEValues class, improve performance of get_function_xxx in views, use new functions in step-31 and step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In get/set_dof_values, make use of the cache of DoF indices for non-hp DoFHandlers to avoid memory allocation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a statement to the correct place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Toby's accidental change of AC_INIT which also had the unfortunate consequence of breaking a bunch of tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the same changes here as we did for step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document new FEValuesViews features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hopefully make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors of function values to only get at velocities rather than all components.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also provide ways to extract symmetric gradients and divergences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also optimize get_function_gradients/hessians.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimize the get_function_values function in Vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors to access only the velocity values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test pass.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First version of get_function_* for Vector extractors. The code is not optimized and fe_values_view_14 currently still fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the declaration of a few member classes to the .cc file -- they are not used anywhere outside the implementation of this class and so their definition doesn't need to be seen to everyone who uses the header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hand-optimize a case in the hot path of the symmetric_gradient function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a cast to make a conversion valid in code that's dead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard an explicit specialization to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark a bunch of explicit specializations as inline to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard two explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally copied files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the ability to query for the values/gradients/... of a single component of a vector valued finite element function at the quadrature points of a FEValues object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document FEValuesViews changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the previous change: it actually proved counter productive: Compilers are better at CSE than one can apparently do in source code...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do some common subexpression elimination by hand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the way we store data to keep thing accessed at the same time together in memory. Also reduce the number of indirections through this scheme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a field no longer needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add specializations for symmetrize for the various dimensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cache even more data to make the case of primitive elements more efficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify the FEValuesViews classes so that they compute a bunch of things already at construction time. This should make them much faster when you use them to evaluate stuff. On the other hand, it makes construction much more expensive and so the previous approach of creating them on the fly every time someone wrote fe_values[velocities] doesn't work any more. Rather, create all possible views objects at construction time of the FEValues object and simply return a reference to one of them when a view is requested.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also move the functions that deal with vertex dofs to the accessor implementation rather than keeping them in the DoFHandlers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There was another error in the new get_function_*.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected one mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The previous implementation of FEValues::get_function_values/gradients/hessians() was rather inefficient. The submitted version is more than twice as fast for get_function_values and 20% faster for get_function_hessians. Changed the order of the loops, read FEValues data using pointers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we overwrite things we've figured out before when TRILINOS_DIR is given through an environment variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a bunch more functions from the DoFHandler classes to the DoFAccessor Implementation class. This is, after all, the only location where these functions are called.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid one problem with missing references by moving functions around a bit. This also avoids one gratuitous indirection for each call of get/set_dof_index. Several other similar functions remain to be treated, however.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a few function stubs that are never called but that older compilers want to have a reference to (they're referenced from dead code and gcc 4.0 doesn't seem to eliminate it whereas newer versions of gcc appear to do).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the problem that gcc4.0 doesn't make member classes (and their respective members) friends in the same way as members. The problem is described a bit more in the comment to the Implementation class in tria.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document interfaces to Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the codimension one changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up an entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move new boost version into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove boost 1.36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import boost 1.37.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a couple of missing spacedims

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated function parser version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a couple of entries atfer the merge.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some stuff from the branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new testcases from the branch that wouldn't let themselves be copied.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an oversight in the number of iterations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the codim_one tests. For some reason, svn doesn't let me merge this directory so I explicitly check it out here and add it; unfortunately, this destroys the history, but that can be gotten from the branch archive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do most of the merge from branch_codimension_one. A few bits are still missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch_codimension_one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

corrected a weird comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slighty re-write one entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added function DoFTools::make_zero_boundary_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated output for new settings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplified the temperature rhs assembly. Use IC preconditioner for temperature system instead of SSOR. Could skip two parameters in artificial viscosity call.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use IC preconditioner for temperature system.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in one point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an obvious error in time step calculation. Need to think about efficiency, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved the function that adds a Trilinos sparse matrix to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove svn:mergeinfo property.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the usual format of reporting problems when a test fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say what we are doing. This gives a better feedback of what's actually happening in particular if one uses 'make -jX'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Made the collective add and set functions a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When running in multithreading mode, the lock is changed in a const function. Made it mutable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() uses now collective add operations into sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight update in SparseMatrix collective add/set functions. Add some more documentation about the residual computation for the Bicgstab solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in collective add function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put entry into the right section. Rewrite a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SLEPc Log file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Autodetect SLEPc based on the PETSc config

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The deal.II SparseMatrix class can now set a FullMatrix of data at once, as can all block matrices derived from BlockMatrixBase. Other arrays can be set at once as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use row-wise addition into matrices also for PETSc wrappers matrix. When building a parallel PETSc matrix from a sparsity pattern, set the option NO_NEW_ENTRIES.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Touch up in a few places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17750 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d