Merge pull request #1362 from bangerth/further-FEValues-cleanups-16

General doc updates.

General doc updates.

This provides a good number of general doc updates for the Mapping
base class. No functional changes of any sort.

Merge pull request #1361 from bangerth/further-FEValues-cleanups-15

Remove Mapping::update_once/each().

Remove Mapping::update_once/each().

These two functions computed something that, in essence, is only important
for the internal implementation of the mapping classes. It should thus
not be part of the public interface of these classes. Consequently,
remove them and replace them by the only thing that is of interest,
namely to compute transitive closure of the set of flags one needs to
compute -- as now done using the requires_update_flags() function.

Merge pull request #1363 from bangerth/fix-warnings-3

Fix warnings introduced by #212.

Fix warnings introduced by #212.

This fixes a few warnings introduced by the merge of #212
(the parallel::shared::Triangulation).

Merge pull request #1373 from kronbichler/master

Add missing includes to fix compilation after #1371

Add missing includes to fix compilation after #1371

Merge pull request #1371 from bangerth/fix-testcase

Fix testcase.

Merge pull request #1372 from bangerth/fix-non-mpi-compiles

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

This fixes other fallout from #212.

Fix testcase.

The all-headers/distributed/tria_base.h.debug testcase failed because the
compiler is missing a forward declaration of parallel::Triangulation. Provide
this.

Merge pull request #1370 from mrak1990/patch-1

Small misprint in tutorial/step-4

Update results.dox

Invalid domain

Merge pull request #212 from davydden/branch_sharedtria

Branch sharedtria

Merge pull request #1360 from bangerth/fix-broken-merge-1343-2

Fix another aspect of #1343.

Merge pull request #1359 from thingishness/mapping_project_fix

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Fix another aspect of #1343.

This is another necessary fix for #1343, adding a missing #include.
It fixes 23 more tests that currently fail.

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Merge pull request #1341 from bangerth/fix-test-8

Update test output.

modified Step 18 to use parallel::shared::Triangulation

Introduce parallel::shared::Triangulation

It encapsulates ditribution of cells among processors and in the majority of cases behaves like
distributed triangulation counterpart.

Merge pull request #1358 from bangerth/fix-broken-merge-1343

Fix #1343.

Fix #1343.

#1343 copied an *old* version of the code in .cc and .templates.h
files into the .h files, thereby undoing a significant portion of
the work of Hamed Maien in #1322. This restores this by using the
correct code and should thereby fix the ~700 testsuite failures that
#1343 introduced.

Merge pull request #1352 from bangerth/deprecate-more-vector-functions

Deprecate more vector functions.

Merge pull request #1354 from bangerth/work-around-msvc

Work around MS Visual Studio.

Work around MS Visual Studio.

This should fix #1350 by using a std::function object instead of
calling Threads::new_task() with a bunch of arguments.

Merge pull request #1353 from bangerth/further-FEValues-cleanups-13

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

Merge pull request #1339 from bangerth/further-FEValues-cleanups-12

Make MappingFEField use only update_each.

Merge pull request #1355 from bangerth/fix-warnings-2

Make compile. Fix a few warnings.

Merge pull request #1356 from bangerth/also-doxygenize-source-files

Also run doxygen on source files.

Also run doxygen on source files.

For each function recognized in a .cc file, this yields a nice
'Definition in line 1234 of file abcd.cc' mark with the documentation
of the function, both line and file being clickable so that people can
follow the link and actually see the source code.

Make compile. Fix a few warnings.

#1343 did not compile for me, which is easily fixed by #including another
header file. Also fix a whole bunch of warnings that were introduced by #1343.

Finally, mark a comment in a way so that it doesn't get picked up by doxygen.

Merge pull request #1343 from l-korous/msvc-fixes-20150812

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions dire…

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

This truly makes the Mapping::InternalDataBase objects stateless: we no
longer need to worry about whether we are on the first cell or not.

Add comments regarding the MSVC fixes.

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions directly to places where declared.

Merge pull request #1345 from bangerth/further-FEValues-cleanups-14

Improve Mapping documentation.

Improve Mapping documentation.

Add some documentation. Put functions and classes in grouped
environments.

Deprecate more vector functions.

These are a bit obscure and of questionable value. In particular,
these are functions that can't quite decide whether they would
belong into the VectorWithElementAccess category, or into the
VectorSpaceVector category. Thus, nuke them.

Merge pull request #1347 from QiaoLei-88/docUpdateOfSparseMatrixEZ

remove a piece of inconsistent document of  SparseMatrixEZ.copy_from()

Improve documentation to function copy_from() of class BlockMatrixBase, chunkSparseMatrix, sparseMatrixEz and sparseMatrix

Merge pull request #1321 from l-korous/msvc-debug

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1344 from drwells/use-std-abs

Remove a custom implementation of abs.

Remove a custom implementation of abs.
The std::abs function suffices.

Update test output.

Make MappingFEField use only update_each.

This is the exact equivalent to #1337 (commit 04430b5) but
for MappingFEField. The logic there seems to simply have been
copied from MappingQ1, so this was easy (and passes the testsuite).

Merge pull request #1340 from kronbichler/master

Remove unused variable

Remove unused variable

Merge pull request #1331 from bangerth/further-FEValues-cleanups-10

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

Merge pull request #1326 from bangerth/fe-face-poly-cleanup

Delete unimplemented functions.

Merge pull request #1337 from bangerth/further-FEValues-cleanups-11

Make MappingQ1 use only update_each.

Merge pull request #1328 from bangerth/further-FEValues-cleanups-9

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1330 from bangerth/doc-update-33

Improve error messages about ghosted vectors.

Merge pull request #1336 from bangerth/doc-update-34

Fix up a formula.

Merge pull request #1297 from masterleinad/branch_fe_bubbles_commit

Add FE_Q_Bubbles

Make MappingQ1 use only update_each.

There is not really a need for MappingQ1 to do anything special on the
first cell -- it can already compute everything that would be update_once
at the time of calling get_data(). Do this, and then only use the
update_each flags in fill_fe_values.

Fix up a formula.

Add tests for FE_Q_Bubbles

Implement FE_Q_Bubbles that is based on TensorProductPolynomialsBubbles

Implement a tensor product polynomial space enriched by bubble polynomials

Merge pull request #1319 from kronbichler/master

Also implement Jacobians for MappingFEField.

Merge pull request #1332 from bangerth/mapping-bug-fix

Fix a loop.

Merge pull request #1318 from bangerth/further-FEValues-cleanups-8

Parallelize FESystem::get_*_data().

Merge pull request #1327 from maieneuro/optimize_fe_poly_tensor

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients early

Fix a loop.

The comment in front provides the correct logic, but is not up to date
with the actual code. Bring the code in compliance and update the comment.

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

This is the first step towards addressing #1305: MappingCartesian doesn't
actually pre-compute anything at all (update_once is empty), so what
current_update_flags() returns is always equal to update_each. I want to
move to a place where we never use current_update_flags() and in the
fill_fe_*_values() functions only reference update_each. This is simple
for this class, because the two are the same. So replace all occurrences of
current_update_flags() by update_each.

Improve error messages about ghosted vectors.

The TrilinosWrappers::VectorBase class declared its own version of
ExcGhostsPresent that hid the class we already declare globally in
exceptions.h, and thereby led to a situation where we output less
information than is available. This also led to some confusion as
evidenced by a recent mail on the mailing list.

Fix this by removing the extraneous class. Also augment the error
message of the existing class.

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

It turns out that all of the non-is_first_cell/clear_first_cell() member
variables of Mapping::InternalDataBase are only referenced in Mapping
member functions that are unused throughout the rest of the library.
While they were public, they took an internal object as argument, so
were almost certainly not used anywhere by anyone. Consequently,
zap the fields and the functions that use them.

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients in get_data.

Added entry to doc/news/changes.h reflecting analytical hessian computations

Delete unimplemented functions.

FE_PolyFace had a lot of functions in the header file that are
declared in the base class and implemented in some of the derived
finite element classes, but commented out in the current one.
Remove those -- there is no value leaving cruft in the header
file.

Merge pull request #1324 from thingishness/doc_update

Added change to changes.h

Used proper doxygen syntax for cross-link

Added change to changes.h

Parallelize FESystem::get_*_data().

These functions call the respective functions in the base class. This
may as well be done in parallel.

Merge pull request #1322 from maieneuro/modify_hessian_to_analytical

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

replaced test reference output with more accurate values

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1320 from bangerth/doc-update-25

Update documentation of CellAccessor::active_cell_index().

Update documentation of CellAccessor::active_cell_index().

Also implement Jacobians for MappingFEField.

Merge pull request #1285 from thingishness/master

New function for mapping to project transformed point to face

Merge pull request #1316 from bangerth/further-FEValues-cleanups-7

Remove is_first_cell().

Remove is_first_cell().

The InternalDataBase::is_first_cell() function is now no longer used
(though the value it returns is still internally used in
current_update_flags()). Remove the function.

Merge pull request #1315 from bangerth/further-FEValues-cleanups-6

Do initialization early.

Do initialization early.

Previously, FESystem delayed initializing the base element's data
objects until we first visited fill_fe_values(). Do this earlier:
when the base element's data objects are first created.

This involves a change in the update flags being used. I think that
there is some confusion about update flags anyway, since we should
always be using update_each. The change made here passes the testsuite,
so I believe it is correct. It is likely also easier to understand
than what the old code did.

Merge pull request #1313 from QiaoLei-88/RemoveExtraRef

remove an extra @ref in document of AssertThrow

Merge pull request #1311 from kronbichler/master

Also compute gradients of Jacobians on faces

Merge pull request #1281 from bangerth/doxygen-updates

Fix a variety of doxygen problems.

remove an extra @ref in documentation of AssertThrow

Also compute gradients of Jacobians on faces

Merge pull request #1307 from bangerth/further-FEValues-cleanups-5

Don't derive FE::InternalDataBase from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1304 from drwells/update-step-14

Update step 14

Exclude a particular directory if it doesn't exist.

Fix latex problems.

Fix invalid references.

Remove a comment that is now outdated.

No longer derive InternalDataBase from Subscriptor.

This is no longer necessary now that we store unique_ptrs to them.

Use a std_cxx11::unique_ptr in FEValues.

Specifically, use it for the internal data objects of mapping and
finite element. These pointers are internally created and used in the
FEValues class. They are not shared by any external interface. Using
a unique_ptr ensures no memory leaks.