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Add option to skip prompts

Merge pull request #145 from tjhei/remove_nanoflann

remove nanoflann

Merge pull request #166 from tjhei/netcdf

add netcdf

Merge pull request #164 from koecher/guess-platform

Guess platform

Merge pull request #165 from tjhei/muparser

add muparser as separate package

add netcdf 4.7.4

add muparser as separate package

guess_platform: use major version for debian as well

removes opensuse unsupported platform files

guess_platform: find major os version

adds fedora29 platform file

candi.sh: new guess_platform: removes dependency from lsb_release

Merge pull request #158 from tjhei/ci_linux_blas

CI: add ubuntu 20.04 with openblas, rename and restructure OSX

Merge pull request #153 from tjhei/hdf5-1.10.7

hdf5: bump to 1.10.7

Merge pull request #161 from tjhei/openblas_fixes

openblas: update to 0.3.13 and fix OSX

Merge pull request #162 from tjhei/python3

handle python3 correctly

handle python3 correctly

If "python" does not exist in the environment, we set PYTHONVER to the
empty string, which makes configuration fail. Fix this.

Merge pull request #160 from tjhei/centos_cmake

take over #154 and #157 (centos cmake) to master branch

hdf5: bump to 1.10.7

fix openblas on OSX

update openblas to 0.3.13

I am getting compile errors with the old version on ubuntu 20.04:
getarch_2nd.c:12:35: error: ‘SGEMM_DEFAULT_UNROLL_M’ undeclared (first
use in this function); did you mean ‘XGEMM_DEFAULT_UNROLL_M’?

An update fixes this.

Addresses issue #155 old CentOS compilers

Addresses issue #154 CentOS cmake is too old

Merge pull request #152 from tjhei/ci_lapack

CI: fix OSX tester

debug build

use older cmake

output detailed.log

CI: add ubuntu 20.04 with openblas, rename and restructure OSX

CI: fix OSX build

- force cmake 3.18 as 9.2 does not support 3.19 (default in the VM)
- change the minimal build to use MPI as well (without it, blas is not
found for some reason). There is no good reason to test candi builds
without MPI.

Merge pull request #148 from rezarastak/remove_threads

remove WITH_THREADS

remove WITH_THREADS

Merge pull request #146 from rezarastak/deprecate_old_ubuntu

deprecate unsupported ubuntu platforms

Merge pull request #147 from rezarastak/required_ubuntu_packages

bc and python must be available on ubuntu

bc and python must be available on ubuntu

deprecate unsupported ubuntu platforms

remove nanoflann

nanoflann is deprecated in deal.II and removed in 9.3.0-pre

Merge pull request #144 from tjhei/master-9.2.0

switch master branch to v9.2.0

switch master branch to v9.2.0

Merge pull request #141 from tjhei/petsc_slepc_update

Petsc/slepc update

Merge pull request #137 from tjhei/adolc-v2.7.2

update adol-c to 2.7.2

Merge pull request #136 from tjhei/arch_manjaro

basic working version for arch/manjaro

Merge pull request #140 from tjhei/ubuntu2004

support ubuntu 20.04

update slepc/petsc version to 3.13.x

This is required as our old version only supports Python 2.x, which is
end-of-life now.

support ubuntu 20.04

bump version number on master branch

update adol-c to 2.7.2

Merge pull request #138 from tjhei/ci_checkoutv2

CI: switch to checkout v2

CI: switch to checkout v2

this might fix occasional reference is not a tree errors.

basic working version for arch/manjaro

Merge pull request #134 from tjhei/test_petsc_on_osx

add github action to include petsc on OSX

add github action to include petsc on OSX

Merge pull request #132 from tjhei/tjhei-osx-ci

simple continuous integration using github actions

use github actions for CI

use github actions for some simple build tests:
- ubuntu 18: MPI, gcc, p4est and deal.II
- OSX minimal: clang, serial, just deal.II
- OSX parallel: gcc9, MPI, p4est and deal.II

Merge pull request #131 from tjhei/osx-support

OSX 10.14 and 10.15 support

OSX 10.14 and 10.15 support

- add platform detection
- update homebrew instructions

Merge pull request #128 from tjhei/osx-update

OSX  doc update

Merge pull request #92 from tjhei/update_trilinos_12_12

update trilinos

Merge pull request #129 from tjhei/openblas_update

update openblas to 0.3.7

disable tpetra is using MKL

update openblas to 0.3.7

this fixes compilation on intel compilers

update OSX documentation

update trilinos version

disable ifpack2 to make it compile

update to 12.14.1

fix inst

add unoffical master build

update trilinos to 12.12

- update to 12.12
- enable complex support
- require tpetra and add instantiations (fixes problems in
https://github.com/dealii/dealii/pull/7180 )
- disable boost (not needed and causes build to fail)

Merge pull request #127 from tjhei/checksum_alternatives

allow checksum alternatives to fix trilinos download

allow checksum alternatives to fix trilinos download

- allow alternative checksums to be specified
- add a second checksum for trilinos as the original file changed

Merge pull request #124 from tjhei/ubuntu19

add ubuntu19 support

Merge pull request #123 from tjhei/ubuntu_zlib

add zlib as ubuntu dependency

add ubuntu19 support

add zlib as ubuntu dependency

Merge pull request #121 from tjhei/update_petsc

update petsc

Merge pull request #120 from tjhei/update_hdf5

update hdf5 to 1.10.5

update slepc

update petsc

this old version does not compile with newer MPI 3.0:
```
/home/heister/shared-dealii/dealii-v9.1.1/tmp/build/petsc-
lite-3.7.6/src/sys/objects/init.c:412:40: error: ‘MPI_Handler_function’
undeclared
```

update hdf5 to 1.10.5

Required to link with a newer version of MPI:
/home/heister/shared-
dealii/dealii-v9.1.1/tmp/unpack/hdf5-1.10.1/testpar/t_cache.c:1222:27:
error: call to ‘MPI_Address’ declared with attribute error: MPI_Address
was removed in MPI-3.0.  Use MPI_Get_address instead.

This should go into 9.1 as well.

Merge pull request #113 from tjhei/p4est_to_2.2

update p4est to 2.2

Merge pull request #116 from tjhei/update_master

update master version

update master

Merge pull request #115 from tjhei/optimized_bash_fix

#111 and fix bash multiline on master

fix bash multiline

update p4est to 2.2

Merge pull request #111 from tjhei/native_opt

add optimization option

add optimization option

Introduce a new settings to allow native optimizations. This currently
affects PETSc and deal.II (basically setting march=native).

Merge pull request #110 from tjhei/opencascade_gmsh

gmsh: use opencascade using CASROOT, fix linking

opencascade and gmsh: export CASROOT, fix libs

- opencascade support inside gmsh is needed for deal.II.
- gmsh finds opencascade using the CASROOT env variable, so export it
when we install opencascade.
- set rpath in gmsh installation to be able to find libs
- disable petsc/slepc in gmsh (not needed)

Merge pull request #109 from tjhei/gmsh-fix

fix gmsh

fix gmsh

Merge pull request #108 from tjhei/gmsh

add Gmsh

Merge pull request #107 from tjhei/fix_path_directives

fix path directive in cmake package

add gmsh

this is a dependency starting with deal.II 9.0.

This needs to also go on the dealii-9.0 branch

fix path directive in cmake package

otherwise $PATH will be expanded in the config file

Update README.md

add VERSION

Merge pull request #106 from tjhei/opensuse_fixes2

opensuse fixes

opensuse fixes

- switch to mpich (fewer runtime warnings)
- install ld gold (avoids slow linking)

Merge pull request #105 from tjhei/fix_scalapack_dir

fix SCALAPACK_DIR