Merge pull request #10077 from bangerth/upload

Minor update to the section on uploading test results.

Merge pull request #10081 from nfehn/merge_triangulations

merge_triangulations(): reformulate documentation

merge_triangulations(): formulate documentation in a way that keeping the manifolds is the expected default behavior

Merge pull request #10069 from tamiko/fix_a_test_10

base/utilities_pack_unpack_07: Add a variant for clang-10/libc++

Merge pull request #10070 from tamiko/fix_a_test_11

arpack/step-36_ar_shift: use solver_within_range macro

Merge pull request #10071 from tamiko/fix_a_test_12

adolc/helper_tape_index_01: Increase tolerance

Merge pull request #10068 from tamiko/fix_a_test_9

symengine/batch_optimizer: Add output variants

Merge pull request #10078 from bangerth/typo

Fix a grammar error.

Fix a grammar error.

Minor update to the section on uploading test results.

Merge pull request #10074 from drwells/double-word-typos-2

Merge pull request #10075 from drwells/run-codespell

Run codespell.

Remove double word typos.

adolc/helper_tape_index_01: Increase tolerance

arpack/step-36_ar_shift: use solver_within_range macro

Merge pull request #10046 from bangerth/vec

Augment the documentation of operator<< for Vector.

Merge pull request #10047 from bangerth/cxx

Better document C++11/14/17/20.

Merge pull request #10062 from kronbichler/fix_read_dof_values_plain

Fix bug in FEFaceEvaluation::read_dof_values_plain

Merge pull request #10066 from jppelteret/sd-llvm_patch_01

Disable a fallback option in the BatchOptimizer

base/utilities_pack_unpack_07: Add a variant for clang-10/libc++

Unfortunately, the compression level changes significantly for
clang-10/libc++. Add an output variant

symengine/batch_optimizer: Add output variants

Depending on architecture these tests produce slightly different results
with a relative error of just above 1e-6. Fix this by providing output
variants for clang-10 with libc++

Disable a fallback option in the BatchOptimizer

This is what is promised in the documentation, and I forgot to change the behaviour everywhere.

Merge pull request #10056 from jppelteret/fevalues_dof_idx_rbl-tuts

Merge pull request #10063 from jppelteret/sd-doc_04

Merge pull request #10050 from rezarastak/mark_lapack

Merge pull request #10053 from Rombur/overlap_comm

CUDA matrix-free: overlap communication and computation

Changelog

Test case

Convert step-44 to use FEValues range based loops

Improve documentation of a BatchOptimizer function

Some tests depend on lapack

Merge pull request #10059 from bangerth/changelog

Add a changelog entry.

Fix bug in FEFaceEvaluation::read_dof_values_plain

Merge pull request #9978 from mwichro/fix_FE_interface_for_mg

Fix FEInterface for MG support

Add changelog entry

Overlap communication and computation

Extend documentation

Add a changelog entry.

Merge pull request #10033 from rezarastak/remove_tol

The tolerance parameter is removed from project_tensor

Merge pull request #10051 from tamiko/fix_a_test_3

fe/memory_consumption_01: remove test

Merge pull request #10055 from tamiko/fix_a_test_6

rol/vector_adaptor_02: port to Trilinos 12.18.1

Merge pull request #10054 from tamiko/fix_a_test_5

serialization/fe_series_0?: Add test variants for libc++

Merge pull request #10052 from tamiko/fix_a_test_4

mpi/petsc_step-27*: add a test variant for petsc-3.13 and newer

Convert steps 3,4,5,6,8 to FEValues::dof_indices()Do some FeValues::quadrature_point_indices() conversions as well.

Merge pull request #10048 from tamiko/fix_a_test_2

base/utilities_pack_unpack_07: make test more robust

Merge pull request #9990 from jppelteret/fevalues_dof_idx_rbl

fe/memory_consumption - remove test

Remove a stray memory consumption test

rol/vector_adaptor_02: port to Trilinos 12.18.1

serialization/fe_series_0?: Add test variants for libc++

The order of the coefficients stored internally in FESeries::Fourier are
not stable wrt standard library. Just add a test variant.

mpi/petsc_step-27*: add a test variant for petsc-3.13 and newer

add a comment

Merge pull request #10028 from jppelteret/sd-batch_optimiser

Fix FEInterface for MG support

Indetation

Merge pull request #10036 from starki0815/hp_dof_handler_tria_base

Merge pull request #10042 from bangerth/formula

Merge pull request #10034 from starki0815/hanging_node_hp_instantiations

Add codim 1 instantiations of make_hanging_node_constraints()

Update physics tests to use cell DoF range based loop

Update physics tests to use QP range based loop

Add range based loops for DoF indices to FEValuesBase

Improve wording.

Clarify what this class actually computes.

Improve the formatting of a formula in a .h file.

This doesn't change the output, just whether or not it's readable in the
source file. It isn't right now :-)

Better document C++11/14/17/20.

Merge pull request #10049 from nfehn/print_parameters

clarify documentation of print_parameters()

Allow hp::DoFHandler with parallel::DistributedTriangulationBase

This allows the distribution of dofs for an hp::DoFHandler combined with a triangulation class derived from parallel::DistributedTriangulationBase other than parallel::distributed::Triangulation.
This makes it possible to handle the triangulation without p4est (e.g. manual partitioning).

clarify documentation of print_parameters()

Add codim 1 instantiations of make_hanging_node_constraints()

base/utilities_pack_unpack_07: make test more robust

Augment the documentation of operator<< for Vector.

Merge pull request #10039 from bangerth/vector-op

Merge pull request #10044 from rezarastak/prefer_discrete_time

DiscreteTime is preferred over TimestepControl

Merge pull request #10045 from tjhei/add_missing_override

Merge pull request #10035 from starki0815/mesh_refinement_codim_1

Merge pull request #9930 from tjhei/ci_tidy_clang10

add missing override in MatrixFree LaplaceOperator

Use transfinite interpolation for codim 1 refinement

For a Triangulation<2,3>, the middle vertices are now determined by transfinite interpolation. This makes the refinement behavior of the triangulation consistent with Triangulation<3,3> (where the middle vertices during quad refinement are determined by transfinite interpolation)

Merge pull request #10041 from bangerth/ref

Move a reference to references.bib.

Merge pull request #9997 from jppelteret/mesh_loop_01

Remove MeshWorker::CopyData::operator=(double)

DiscreteTime is prefered over TimestepControl

Fix meshworker tests

Merge pull request #10030 from bangerth/tut

Add a reference to the code gallery.

Merge pull request #10038 from drwells/remove-nonascii-math

Remove some non-ascii characters.

Merge pull request #9076 from luca-heltai/particle-interpolation-sparsity-matrix

Particle interpolation sparsity matrix

Mark constructor for CopyData as explicit

Remove MeshWorker::CopyData::operator=(double)

Augment documentation of mesh_loop()

Add another test for mesh_loop

Merge pull request #10040 from drwells/more-doxygen-fixes

Fix some more doxygen issues.

Fix some more doxygen issues.

1. I now get a warning about paper sizes with doxygen 1.8.18:

warning: argument 'a4wide' for option PAPER_TYPE is not a valid enum value
Using the default: a4!

   Get around this by just using a4.

2. My LaTeX distribution already defines vcentcolon, so rename our own version
   to dealvcentcolon to preserve compatibility with older tex distributions.

3. Use mathrm instead of text to get underscores to work correctly with
   backslashes with both MathJax and LaTeX. This is the solution we use
   elsewhere in the library.

Add SD tests: Batch optimiser

Add SD tests: Common subexpression elimination

Update AD/SD module documentation

Add BatchOptimizer for symbolic expressions

Remove some non-ascii characters.

My copy of pdflatex does not like (i.e., I cannot compile the doxygen-generated
file _formulas.tex) math statements with unicode MINUS SIGN instead of the old
ASCII HYPHEN-MINUS. While here I also switched out RIGHT SINGLE QUOTATION MARK
for (also ASCII) APOSTROPHE and made a few other small changes.

We should be, in general, able to use unicode in our documentation outside of
math mode so I didn't change those usages unless they seemed gramatically
incorrect to me (like using the right quotation mark instead of an apostrophe).

Fixed review comments.

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Add a changelog file.

Update tests and test outputs.