Merge pull request #2260 from bangerth/simplify-function

Simplify the implementation of a function.

Merge pull request #2264 from bangerth/remove-deprecated-functions-15

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

Merge pull request #2262 from drwells/fix-lapack-bindings-on-bsd

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

Rename an internal function to be consistent with the naming scheme elsewhere.

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

They had previously already been replaced by functions with name 'boundary_id', to
be consistent with the spelling for other attributes such as subdomain_id,
material_id, etc.

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

As was noted in issue #2261, the function boost::math::iround cannot be
used on some BSD variants due to the following compilation error:

In file included from /root/workspace/dealii/source/lac/lapack_full_matrix.cc:25:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/round.hpp:15:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/fpclassify.hpp:19:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/math_fwd.hpp:26:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/detail/round_fwd.hpp:12:
/usr/local/include/boost/math/tools/promotion.hpp:141:10: error: static_assert failed
"Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implemented."
         BOOST_STATIC_ASSERT_MSG((0 == ::boost::is_same<type, long
         double>::value),
         "Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implement ed.");
/usr/local/include/boost/static_assert.hpp:31:45: note: expanded from macro 'BOOST_STATIC_ASSERT_MSG'

Since we only use iround for clarity this is not hard to work around.

A note on the implementation: LAPACK functions can usually be run in two
different modes. In the first, they compute the optimal size of the work
array. In the second they actually execute the function. Therefore
all we need to do is make the work arrays one longer and we should still
get the same performance out of LAPACK without needing to worry about
any unforeseen roundoff issues.

Merge pull request #2259 from bangerth/extend-manifolds

Extend manifolds

Provide a default implementation of Manifold::get_tangent_vector().

Augment documentation.

Add tests.

Implement Manifold::get_direction_vector() in FlatManifold.

Add a member function Manifold::get_direction_vector().

Merge pull request #2250 from bangerth/doc-update-49

Extend documentation of the Manifold class.

Simplify the implementation of a function.

In particular, write an assertion with less code. Also remove some
alias variables.

Extend documentation of the Manifold class.

Merge pull request #2257 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_3

add a message why one should not use GridRefinement functions with co…

add a message why one should not use GridRefinement functions with complex-valued PETSc

Merge pull request #2258 from appiazzolla/master

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Merge pull request #2254 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_2

some bits towards complex-valued PETSc (part 2)

extend MatrixTools::create_boundary_mass_matrix() for complex algebra

Most of the modifications are change of the multiplication order from
double * std::complex<scalar> to std::complex<scalar> * double.
Instantiate create_mass_matrix() and create_boundary_mass_matrix()
for complex case.

adjust functions in ConstraintMatrix to compile with complex algebra

modified condense(), set_matrix_digonals() and resolve_vector_entry()
by swapping the order of multiplications.
Instantiate distribute_local_to_global() and condense() for complex
algebra.

instantiate DoFTools::make_boundary_sparsity_pattern() for complex scalars

Merge pull request #2249 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_1

some bits towards complex-valued PETSc

Merge pull request #2251 from drwells/update-triangulation-comment-style

Update triangulation comment style

minor fixes of auxiliary function in vector tools

Skip misleading links in tria.h.

Reformat example code in tria.h.

minor extension of  mass_assembler() in matrix tools for complex numbers

extend MatrixTools::apply_boundary_values() to complex numbers

move instantiation of MatrixTools::apply_boundary_values() to inst.in file

instantiate n_boundary_dofs() for COMPLEX_SCALARS

extend do_project() for complex numbers with ExcNotImplemented() for solver

extend do_project_boundary_values() to complex numbers with ExcNotImplemented for solver

fix apply_boundary_values() for PETSc

Merge pull request #2241 from davydden/branch_petscscalar_complex_vectortools2

finish templating VectorTools; introduce templates to MatrixTools and…

add an entry to changes.h

add a few blank lines and use different include to get PetscScalar

consolidate definitions of TrilinosScalar in base/types.h as a typedef

continue templating VectorTools; introduce templates to MatrixTools and DoFTools

(i) drop the typedef FunctionMap from (hp::)DoFHandler and template n_boundary_dofs().
 Fix a few places where it was used.
(ii) template make_boundary_sparsity_pattern(...,FunctionMap,...)
(iii) new templates in MatrixCreator::
  create_mass_matrix(), create_boundary_mass_matrix(),
  apply_boundary_values() and local_apply_boundary_values().
(iv) number templates in VectorTools::
  interpolate_boundary_values(), project_boundary_values(),
(v) instantiate ConstraintMatrix::distribute_local_to_global for SparseMatrix<long double>

Merge pull request #2245 from tjhei/blacklist_intel_1601

blacklist intel 16.0.1

Merge pull request #2243 from tjhei/bug_mpi_allgather_type

fix incorrect MPI_Allgather

blacklist intel 16.0.1

fix incorrect MPI_Allgather

MPI_Allgather in compute_local_to_global_vertex_index_map() was using
the wrong data type, which probably lead to wrong results or at least
illegal memory access.

Merge pull request #2242 from Rombur/trilinos_sparsity_pattern

Fix a bug in make_trilinos_map()

Fix a bug in make_trilinos_map() where different processors would call different Epetra_Map constructor.

Merge pull request #2238 from tjhei/step-22-document-stokes-op

step-22: document symmetric gradient

step-22: document symmetric gradient

Merge pull request #2239 from drwells/fix-step-20-refactoring

Fix step-20 compilation.

Fix step-20 compilation.

76874a2160 did not correctly name a field of a class.

Merge pull request #2235 from davydden/fix_fe_field_function_vector_gradient

fixed a bug in FEFieldFunction::vector_gradient() introduced in 0dc4d47

fixed a bug in FEFieldFunction::vector_gradient() introduced in 0dc4d47

Merge pull request #2234 from davydden/fix_vector_tools_interpolate_mat_id

fixed a bug introduced to VectorTools::interpolate_based_on_material_…

fixed a bug introduced to VectorTools::interpolate_based_on_material_id() in 519d8b9

Merge pull request #2227 from davydden/missing_include_tria_h

add a missing include for std::accumulate()

Merge pull request #2226 from davydden/branch_petscscalar_complex_temporarymasking

temporary masking of few places for complex-valued PETSc

temporary avoid instantiations of PointValueHistory, DerivativeApproximation and DataOut-related classes for complex-valued PETSc

Merge pull request #2229 from davydden/fix_point_value_history

fix PointValueHistory to work with the updated VectorTools::point_val…

fix PointValueHistory to work with the updated VectorTools::point_value()

add a missing include for std::accumulate()

temporary mark max/min element in grid_refinement for complex-valued PETSc as NotImplemented

Merge pull request #2218 from davydden/branch_petscscalar_complex_error

extend error estimator to complex-valued PETSc

Merge pull request #2220 from davydden/branch_petscscalar_complex_fetools

minor change to fe_tools_interpolate to allow complex-valued vectors

Merge pull request #2217 from davydden/branch_petscscalar_complex_vectortools

extend VectorTools to complex-valued PETSc vector

extend VectorTools to complex-valued PETSc vector

Merge pull request #2222 from davydden/branch_petscscalar_complex_constraint

change instantiation of constraint matrix functions to allow complex-…

Merge pull request #2225 from davydden/branch_petscscalar_complex_mappingeulerian

do not instantiate mapping eulerian for complex-valued PETSc

Merge pull request #2223 from davydden/branch_petscscalar_complex_boomer

add extra ifndef to disable BoomerAMG for complex-valued PETSc

change instantiation of constraint matrix functions to allow complex-valued vectors

do not instantiate mapping eulerian for complex-valued PETSc

add extra ifndef to disable BoomerAMG for complex-valued PETSc

minor change to fe_tools_interpolate to allow complex-valued vectors

extend error estimator to complex-valued PETSc

Merge pull request #2221 from davydden/branch_petscscalar_complex_dofaccessor

change dof_accessor get/set instantiations to allow complex-valued ve…

Merge pull request #2219 from davydden/branch_petscscalar_complex_fefieldfunction

extend FEFieldFunction to complex-valued vectors

change dof_accessor get/set instantiations to allow complex-valued vectors

extend FEFieldFunction to complex-valued vectors

Merge pull request #2216 from davydden/branch_petscscalar_complex_block

minor adjustments to block matrix and vector to work with complex PETSc

minor adjustments to block matrix and vector to work with complex PETSc

Merge pull request #2215 from drwells/example-template-parameters-2

Prefer PreconditionerType to Preconditioner.

Prefer PreconditionerType to Preconditioner.

This commit updates the tutorials to use the same naming convention as
the rest of the library.

Merge pull request #2214 from bangerth/simplify-code-2

Simplify the code that accumulates the weights for cells during partitioning.

Simplify the code that accumulates the weights for cells during partitioning.

Merge pull request #2213 from drwells/example-template-parameters

Prefer MatrixType to Matrix in the tutorials.

Merge pull request #2211 from drwells/update-step-20

Update step 20

Prefer MatrixType to Matrix in the tutorials.

Relate versions of InverseMatrix in steps 20-22.

Do not label plain classes as templates.

Get rid of IterativeInverse in step-20.

IterativeInverse was marked as deprecated in April 2015 in favor of
LinearOperator. This puts this step in a strange place; we should not
use deprecated features in tutorials, but at the same time we cannot use
its replacement, which requires C++11 support. To resolve this, this
step just provides its own replacement for a special case of
IterativeInverse.

Remove some trailing whitespace.

Fix a typo in the step-20 introduction.

Change initialization to avoid a static variable.

m_inverse depends on inner_control, so initialize inner_control first
rather than making it static.

Prefer face_n to face_no.

Merge pull request #2207 from bangerth/avoid-includes

Avoid a bunch of #include files that turn out to be not necessary.

Avoid a bunch of #include files that turn out to be not necessary.

Merge pull request #2205 from jppelteret/step-44-dim_indep

Update step-44 to be dimension independent

Astyle... finally...

Added 2-d results and updated changelog

Merge pull request #2204 from bangerth/use-proper-code-gallery-name

Use proper code gallery name

Adjust comments.