Merge pull request #11827 from bangerth/doc-89

Minor doc update.

Merge pull request #11825 from bangerth/kinsol

Merge pull request #11819 from peterrum/simplex_get_restriction_matrix

Implement FE_SimplexPoly::get_restriction_matrix()

Merge pull request #11820 from peterrum/mgtwoleveltransfer_identity

MGTwoLevelTransfer: do not store identity matrix

Merge pull request #11831 from peterrum/gc_if

MGTwoLevelTransfer::restrict_and_add(): remove erroneous if-statement

Reorder the include files.

No longer support SUNDIALS versions before 3.0.

MGTwoLevelTransfer::restrict_and_add(): remove erroneous if-statement

MGTwoLevelTransfer: do not store identity matrix

Implement FE_SimplexPoly::get_restriction_matrix()

Merge pull request #11821 from peterrum/MGTransferGlobalCoarsening_print_remove

Remove MGTransferGlobalCoarsening::print()

Merge pull request #11818 from bangerth/7-2

Adapt the order of factors in an integral.

Merge pull request #11824 from bangerth/doc-88

Minor updates to the KINSOL documentation.

Merge pull request #11823 from bangerth/test

Remove a commented-out part of code.

Minor doc update.

Merge pull request #11759 from peterrum/mpi_reduce

Introduce Utilities::MPI::all_reduce()

Minor updates to the KINSOL documentation.

Remove a commented-out part of code.

Remove MGTransferGlobalCoarsening::print()

Merge pull request #11816 from bangerth/15

Make sure we live what we preach.

Adapt the order of factors in an integral.

Introduce Utilities::MPI::allreduce

Merge pull request #11814 from peterrum/DataAccessOnFaces_values_simplex

Fix DataAccessOnFaces::values for meshes containing non-hypercube cells

Make sure we live what we preach.

Merge pull request #11802 from peterrum/ComputeDiagonalHelper

Modularized MatrixFreeTools::compute_diagonal()

Merge pull request #11805 from peterrum/create_geometric_coarsening_sequence_single_level

Simplify code of create_geometric_coarsening_sequence()

Merge pull request #11813 from peterrum/simplex_renaming_2

Rename further simplex-related files

Fix DataAccessOnFaces::values for meshes containing non-hypercube cells

Rename further simplex-related files

Modularized MatrixFreeTools::compute_diagonal()

Merge pull request #11775 from bangerth/particles

Rename the write/update particle functions.

Merge pull request #11741 from marcfehling/shared-toggle

New class TemporarilyRestoreSubdomainIds.

Merge pull request #11809 from peterrum/remove_simplex_namespace

Remove Simplex namespace

Merge pull request #11808 from bangerth/ref-cell-32

Mark GeometryInfo as deprecated in favor of ReferenceCell.

Merge pull request #11803 from peterrum/fe_eval_functions

Introduce three new FEEvaluation functions

Introduce three new FEEvaluation functions

Simplify code of create_geometric_coarsening_sequence()

Remove Simplex namespace

Merge pull request #11806 from tamiko/step-69-fix

examples/step-69: Fix mesh generation

Merge pull request #11807 from bangerth/ref-cell-31

Rename variables to make their names more standard.

Mark GeometryInfo as deprecated in favor of ReferenceCell.

Merge pull request #11801 from marcfehling/dh-clear-fails

Attach DoFHandler::clear() to Triangulation::Signals::clear.

Rename variables to make their names more standard.

examples/step-69: Fix mesh generation

It turns out that this piece of code only ever worked for a precise
ratio of height and disk ratio of 4. If this ratio was violated the
merge_triangulations() call would fail to properly glue the mesh
together due to unmatched vertices.

New class TemporarilyRestoreSubdomainIds.

Temporarily changes subdomain IDs of cells on p:s:T to their true owner.

Attach DoFHandler::clear() to Triangulation::Signals::clear.

Merge pull request #11744 from peterrum/simplex_move

Remove simplex folders

Merge pull request #11793 from marcfehling/hierarchy-sequence

Added hp::FECollection::get_hierarchy_sequence().

Merge pull request #11797 from bangerth/hdf5

Provide compile-time error messages if we don't handle a type.

Merge pull request #11800 from marcfehling/double-negation

Remove double negation from exception message.

Remove simplex folders

Added hp::FECollection::get_hierarchy_sequence().

Remove double negation from exception message.

Merge pull request #11796 from QiaoLei-88/fixIndentCommon

make remove_trailing_whitespace() works in both MAC OS and Linux system

Merge pull request #11799 from bangerth/7

Minor updates to the documentation of step-7.

Merge pull request #11788 from bangerth/ndarray

Use the new ndarray class instead of nested std::array.

Minor updates to the documentation of step-7.

Provide compile-time error messages if we don't handle a type.

make remove_trailing_whitespace() works in both MAC OS and Linux system

Use the new ndarray class instead of nested std::array.

Merge pull request #11785 from drwells/fix-fortran-mangling

Fix fortran mangling

Merge pull request #11714 from masterleinad/replace_const_std_unique_ptr_ref

Replace passing by const std::unique_ptr<T>& by const T&

Add changelog entry

Merge pull request #11787 from peterrum/non_conti_tag

Fix tags of NoncontiguousPartitioner

Minor CMake fixes

Use CMake's facility for determining correct Fortran mangling.

Merge pull request #11783 from bangerth/ref-cell-staging

Remove the internal::ReferenceCell::Base class and derived classes.

Adjust tests.

Merge pull request #11743 from tamiko/ndarray

add ndarray typedef

Fix tags of NoncontiguousPartitioner

Merge pull request #11782 from drwells/remove-deprecated-doxygen-feature

Remove a deprecated doxygen feature option.

Remove the internal::ReferenceCell::Base class and derived classes.

Merge pull request #11780 from Rombur/cuda_cell_filter

Add a version of CUDAWrappers::MatrixFree::reinit() that takes a predicate for cell_loop

Remove a deprecated doxygen feature option.

The layout generated at

https://www.dealii.org/current/doxygen/deal.II/classes.html

will always now have a single column (with or without the now-deprecated
option), which is much more legible anyway.

Merge pull request #11781 from tamiko/fix_compilation_2

Sundials: Mark function as inline

Merge pull request #11778 from bangerth/ref-cell-30

Rename variables.

add a test

add a changelog entry

Introduce an ndarray type alias

The ndarray type alias models an multidimensional array. It has a
variable number of template arguments denoting the size of each index
that get internally converted to stacked std::arrays. For example:

    dealii::ndarray<double, 1, 2, 3, 4> my_array

is an alias for the following construct:

    std::array<std::array<std::array<std::array<double, 4>, 3>, 2>, 1>

Sundials: Mark function as inline

These two functions have a complete definition in a header file that
gets including in multiple compilation units. In this case we have to
mark these functions as "inline" so that the compiler emits a so-called
"weak symbol". Otherwise linkage will fail due to multiply defined
symbols.

Merge pull request #11776 from bangerth/ref-cell-28

Also move combine_face_and_line_orientation() into ReferenceCell.

Add a version of CUDAWrappers::MatrixFree::reinit() that takes a predicate for cell_loop

Merge pull request #11777 from bangerth/ref-cell-29

Better name for a variables.

Rename the write/update particle functions.

Give these functions a more systematic name. While also adjust to a more widely
used idiom: A function that takes a pointer doesn't return the updated pointer
location via that argument, but instead as an explicit return value. This idiom
is in fact used just a couple of lines below the places where these functions
are currently used in particle_handler.cc.

Rename variables.

Better name variables.

Also move combine_face_and_line_orientation() into ReferenceCell.

Merge pull request #11770 from bangerth/ref-cell-27

Move the exodus conversion functions to RefereneCell.

Merge pull request #11772 from gassmoeller/move_particle_id

Move particle ids into PropertyPool

Merge pull request #11736 from sebproell/nvector-fix-comm-serial

N_Vector: get_communicator return nullptr in serial

Move particle ids into PropertyPool

Move the exodus conversion functions to RefereneCell.

Merge pull request #11767 from drwells/update-changelogs

Update changelogs

Add some missing changelog entries.

Fix a year in a changelog.

Merge pull request #11733 from marcfehling/soltrans-shared

::SolutionTransfer with p::s::Triangulation and artificial cells.

Merge pull request #11760 from peterrum/indent_all_sigle_newline

indent-all: ensure only a single newline at end of files

Merge pull request #11763 from drwells/noncontiguous-assertions

Add some assertions to the noncontiguous partitioner.

Merge pull request #11765 from peterrum/temporary_storage_size

Add NoncontiguousPartitioner::temporary_storage_size()

indent-all: ensure only a single newline at end of files