Merge pull request #15216 from sebproell/sundials-remove-copy

Merge pull request #15199 from masterleinad/find_non_system_hdf5

Allow finding user-installed HDF5

Merge pull request #15205 from tamiko/create_compile_commands_symlink

SUNDIALS: remove outdated copy functionality

Merge pull request #15189 from bangerth/kinsol-3

Add a test with an irrecoverable failure of KINSOL.

Merge pull request #15194 from sebproell/kinsol-nvector-view

KINSOL: do not copy vectors internally

Merge pull request #15214 from sebproell/step-77-nox

Fix step-77 NOX test

Merge pull request #15207 from kronbichler/variable_type

Tensor product kernels: Use the right type in some templated functions

KINSOL: do not copy vectors internally

Add changelog entry for fixed step-77

Fix step-77 with NOX: zero out residual

Merge pull request #15212 from drwells/bundled-kokkos-gcc-13-fix

Fix Kokkos compilation with GCC 13.

Merge pull request #15211 from bergbauer/fe_point_consistent_template_arg

FEPointEvaluation: Use template argument consistently

Merge pull request #15208 from kronbichler/fix_documentation

Fix typo in documentation

Merge pull request #15210 from sebproell/step77-zero-residual

Fix step-77: zero out residual before assembly

Fix Kokkos compilation with GCC 13.

Use template argument consistently

Fix step-77: zero out residual before assembly

Fix typo in documentation

Tensor product kernels: Use the right type in some templated functions

Merge pull request #15196 from bangerth/import-3

Avoid variables named 'import', part 2.

Merge pull request #15191 from bangerth/import

Avoid variables named 'import'.

Merge pull request #15193 from bergbauer/reduce_overhead_fe_face_normal_eval

Remove overhead from AlignedVector in FEFaceNormalEvaluationImpl

add an entry to .gitignore for build directories of example steps

CMake: create a compile_commands.json symlink

Modern IDEs such as VSCode use a separate build directory for
configuring and compiling a project (such as our example steps).

Unfortunately, this sometimes confuses language servers such as clangd
that might fail to find the correct compile_commands.json in that build
directory. Let's work around this issue by simply creating a symlink
from the source directory pointing to the compile_commands.json file.

As a sanity check, if there is already a compile_commands.json file
present, or if the source and build directory are the same we simply do
nothing.

Merge pull request #15206 from masterleinad/fix_warnings_gcc_13_1

Fix warnings with gcc-13.1

Fix warnings with gcc-13.1

Allow finding user-installed HDF5

Merge pull request #15188 from bangerth/kinsol-2

Avoid variables named 'import', part 2.

Merge pull request #15187 from bangerth/kinsol-1

Reduce overhead of AlignedVector

Merge pull request #15141 from peterrum/MGTwoLevelTransferBase

Add two level transfer operator between non-nested levels

Merge pull request #15192 from bangerth/test

Fix compilation of a test.

Fix compilation of a test.

Avoid variables named 'import'.

first part of review

Add interface for non-nested two level transfer

Co-authored-by: peterrum <peterrmuench@gmail.com>

Add a test with an irrecoverable failure of KINSOL.

Clean up after ourselves.

Catch and rethrow *all* exceptions.

Merge pull request #15178 from bangerth/kinsol-exc

Let KINSOL callbacks conform to our new standard for callback errors.

Merge pull request #15182 from kronbichler/reduce_overhead2

Reduce overhead in calls to tensor product value function

Merge pull request #15159 from tjhei/mpi_comm_by_value

pass MPI_Comm by value

changelog

Add a changelog entry.

pass MPI_Comm by value

Merge pull request #15185 from kronbichler/avoid_load

Merge pull request #15132 from bangerth/concepts

Merge pull request #15183 from kronbichler/improve_poly

Weight kernel for multigrid: Simplify aliasing analysis for compiler

Merge pull request #15184 from bangerth/scope-exit

Reduce operation count in polynomial evaluation

Merge pull request #15154 from jh66637/reinit_rpe_with_distributed_compute_point_locations

make it possible to fill RPE with GT::DistributedComputePointLocation…

Remove another ArrayView

Reduce overhead in calls to tensor product value function

Merge pull request #15177 from bangerth/const

Make some variables in a few tests 'const'.

Merge pull request #15173 from bangerth/snes

Add the PETSc SNES version of step-77 as a test.

Merge pull request #15171 from bangerth/77-4

Let doxygen resolve a citation in step-77.

Merge pull request #15169 from bangerth/inline

Move a function out of line.

Merge pull request #15144 from bangerth/vec

Clarify the documentation of a reinit() function.

Merge pull request #15138 from bangerth/fiv

Implement alternative rules what quadrature/mapping object to use in FEInterfaceValues::reinit().

Merge pull request #15128 from bangerth/77-2

In step-77, also talk about the other nonlinear solver packages we support.

Mark constructor as 'explicit'.

Mark special functions as =deleted.

Add a changelog entry.

Add a test.

Add a ScopeExit function.

make it possible to fill RPE with GT::DistributedComputePointLocationsInternal

Merge pull request #15179 from bangerth/nox-test

Fix up the single NOX test

Merge pull request #15181 from kronbichler/fix_missing_symbol

Avoid missing symbols and use constexpr functions instead

Merge pull request #15180 from bangerth/more-nox-tests

More NOX tests

Avoid missing symbols by constexpr functions

Add the PETSc SNES version of step-77 as a test.

Move a function out of line.

Move functions into local lambdas, so that a member variable can be made non-public.

Document that the callbacks can throw exceptions.

Simplify code somewhat.

Convert step-77.

Convert tests.

Convert KINSOL callbacks to use exceptions.

Clarify the glossary entry.

Introduce an exception to be used by user callbacks.

Make some variables 'const'.

Add a version of step-77 solved with NOX.

Add another test.

Add a test.

Move some code to where it is actually used.

While there, just use '{...}' instead of 'if (true) {...}'.

Update documentation in a test.

Add necessary header files.

Merge pull request #15176 from bergbauer/fix_empty_quadrature_fe_point

Fix do_reinit of FEPointEvaluation for empty unit_points

Fix do_reinit of FEPointEvaluation for empty unit_points

Merge pull request #15175 from masterleinad/find_dealii_quiet

Don't try to find deal.II quietly in the examples

Don't try to find deal.II quietly in the examples

Merge pull request #15172 from bangerth/77-5

Add a test to check KINSOL's ability to deal with recoverable errors.

Let doxygen resolve a citation in step-77.

Merge pull request #15170 from bangerth/77-3

Add a test to check KINSOL's ability to deal with recoverable errors.

Do not reference a deprecated function.

Instead, reference its replacement.

Merge pull request #15167 from luca-heltai/fix_reinit_cells_mapping_info

Avoid empty quad in MappingInfo::reinit_cells()