Work on some asserts in MatrixFree

Merge pull request #11095 from peterrum/simplex_module_reference_cells

Document reference cells in simplex module page

Merge pull request #11219 from marcfehling/deprecate-dataoutstack

Deprecated DoFHandlerType in DataOutStack.

Document reference cells in simplex module page

Merge pull request #11050 from dangars/hdf5_documentation

Add documentation for HDF5 and exceptions

Merge pull request #11210 from marcfehling/literature-feenriched

Cleaned up literature references in FE Enriched.

Merge pull request #11225 from peterrum/mixed_mesh_data_out

Enable DataOut for mixed meshes

Enable DataOut for mixed meshes

Merge pull request #11223 from peterrum/mf_remove_name

Remove a name

Merge pull request #11207 from peterrum/matrixfree_initialize_cell_range_hp

Use hp::MappingCollection initialize_cell_range

Remove a name

Deprecated DoFHandlerType in DataOutStack.

Use hp::MappingCollection initialize_cell_range

Merge pull request #11212 from peterrum/feevaluation_active_fe_index

FEEvaluation: make active_fe_index and active_quad_index an optional …

Merge pull request #11209 from peterrum/matrixfree_hp_mapping_collection

Introduce MappingCollection in MatrixFree

Introduce MappingCollection in MatrixFree

Add test

FEEvaluation: make active_fe_index and active_quad_index an optional input argument

Merge pull request #11213 from peterrum/FEEvaluationBaseData_bug_fix

Fix bug in constructor of FEEvaluationBaseData

Fix bug in constructor of FEEvaluationBaseData

Merge pull request #11191 from bangerth/affine

Improve the documentation of a couple of AffineConstraints functions.

Merge pull request #11208 from kronbichler/fix_interpolate_to_mg_tests

Fix tests with MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg

Cleaned up literature references in FE Enriched.

Fix tests with MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg

Merge pull request #11197 from tjhei/dox_simplify_mesh_loop

doxygen: simplify mesh_loop arguments

Remove an outdated comment.

Improve the documentation of a couple of AffineConstraints functions.

Specifically, improve the naming of the arguments to better reflect what they refer to.
While there also use better doxygen markup.

Merge pull request #11205 from masterleinad/avoid_printing_osx_ci_gcc

Avoid printing gcc information in OSX CI

Merge pull request #11203 from drwells/mf-simplex-permitted-list

Add simplex elements to the MF permitted list.

Merge pull request #11202 from kronbichler/improve_interpolate_to_mg

Improve MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg

Merge pull request #11199 from lethe-cfd/particle_update_optimization

Add particle update data function to overwrite particle information

Improve MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg

In particular, we should use the vector partitioners already in the MG transfer class.

Add particle update data function to overwrite particle information without recreating the particle
Added documentation and fixed indentation
Added out to documentation

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Avoid printing gcc information in OSX CI

Add simplex elements to the MF permitted list.

Merge pull request #11200 from luca-heltai/fix-github

[CI] OSX tester: change to gcc-10.

Change to gcc-10.

Merge pull request #11196 from peterrum/use_shape_info_simplex

Actually use ShapeInfo for Simplex::FE_P and Simplex::QGauss

Actually use ShapeInfo for Simplex::FE_P and Simplex::QGauss

Merge pull request #11194 from bangerth/fe-values-2

Better document some FEValues functions.

Merge pull request #11160 from marcfehling/deprecate_dofhandler_init

Deprecate DoFHandler initialization interface.

doxygen: simplify mesh_loop arguments

The documentation of mesh_loop() has terrible readability. Fix this:

- introduce "using" for the std::function types
- when running doxygen, remove the std::identity<> wrappers

Merge pull request #11189 from marcfehling/deprecate-ci-getset_cell

Deprecate DataPostprocessorInputs::CommonInputs::{get|set}_cell.

Avoid using deprecated DoFHandler functions in examples.

Avoid using deprecated DoFHandler functions in source.

Slim interface for DoFHandler initialization.

Merge pull request #11188 from peterrum/FEEvaluationImpl_tensor_none

Make FEEvaluationImpl work for ElementType::tensor_none

Deprecate DataPostprocessorInputs::CommonInputs::{get|set}_cell.

Merge pull request #11186 from peterrum/shape_info_simplex

Make ShapeInfo compatible with Simplex::FE_P and Simplex::QGauss

Merge pull request #11193 from bangerth/fe-values

Better document a bunch of functions.

Make FEEvaluationImpl work for ElementType::tensor_none

Make ShapeInfo compatible with Simplex::FE_P and Simplex::QGauss

Merge pull request #11177 from peterrum/feevaluation_assert_verbose

Make assert more verbose in FEEvaluation

Merge pull request #11192 from bangerth/notation

Use upper-case letters for vectors in the documentation.

Better document some FEValues functions.

While there, mark some input arguments as 'const'.

Better document a bunch of functions.

Use upper-case letters for vectors in the documentation.

Specifically, here use 'F' instead of 'f' as that is also the letters used in the
detailed documentation of the function we're referring to.

Merge pull request #11171 from marcfehling/deprecate-hpdofhandler

Deprecate hp::DoFHandler.

Prefer basic DoFHandler over deprecated hp::DoFHandler.

Deprecate hp::DoFHandler.

Added missing deprecate flags in matrix_free.h.

Added DEAL_II_*_EXTRA_DIAGNOSTICS pragmas in matrix_free.h
to avoid deprecation warnings during CI.

Merge pull request #11187 from peterrum/step-67-typo

Fix typo in step 67

Fix typo in step 67

Make assert more verbose in FEEvaluation

Merge pull request #11184 from kronbichler/clean_up_macro_cell

Avoid name macro_cell in matrix-free implementation

Merge pull request #11182 from marcfehling/rm-dhtype-dataentry

Remove DoFHandlerType from internal::DataOutImplementation::{DataEntryBase|DataEntry|MGDataEntry}.

Add documentation for HDF5 and exceptions

Avoid name macro_cell in matrix-free implementation

Merge pull request #11183 from tjhei/mf_deprecate_macro_cells

MatrixFree: deprecate n_macro_cells

Merge pull request #11181 from marcfehling/deprecate-mf-get_dof_handler

Deprecate MatrixFree::get_dof_handler.

Deprecate MatrixFree::get_dof_handler.

Removing the instantiation will throw an error if someone writes
matrix_free.template get_dof_handler<DoFHandler<dim>>();
which will probably never happen as the default template is way more convenient.

MatrixFree: deprecate n_macro_cells

For the longest time we had n_macro_cells() and n_cell_batches() return
the same thing.
While n_cell_batches() has fewer uses (27 vs 136), I find the term
"macro cell" confusing and incorrect.

Remove DoFHandlerType from internal::DataOutImplementation::{DataEntryBase|DataEntry|MGDataEntry}.

Merge pull request #11180 from peterrum/mpicomm_missing_reference

Add missing const MPI_Comm &

Merge pull request #11128 from jppelteret/ad_helper_bug_fix_01

ADHelpers: Fix indexing for symm tensor extractor

Add missing const MPI_Comm &

Merge pull request #11168 from peterrum/mf_quadrature_dim

Make MatrixFree compile for arbitrary dim quadrature rules

Merge pull request #11176 from peterrum/qcollection_1D

QCollection<dim> accept Quadrature<1>

Merge pull request #11169 from peterrum/mf_reinit_mapping_default_mapping

Deprecate MatrixFree::reinit() functions with default Mapping argument

Deprecate MatrixFree::reinit() functions with default Mapping argument

Make MatrixFree compile for arbitrary dim quadrature rules

Merge pull request #11179 from peterrum/step37-update-docu

Step-37: small update to the documentation

Merge pull request #11159 from mathsen/mg_parallel_Cuthill_Mc_Kee

parallel running version of multigrid Cuthill McKee reordering

Merge pull request #11163 from peterrum/particles_partitioner

Move GhostParticlePartitioner

Step-37: small update to the documentation

Added a changelog

Merge pull request #11175 from peterrum/fix_type_pdt

Fix typo

QCollection<dim> accept Quadrature<1>

Fix typo

Move GhostParticlePartitioner

Merge pull request #11170 from marcfehling/deprecate-feoperator

Deprecated FiniteElement::operator[].

Deprecated FiniteElement::operator[].

Merge pull request #11164 from peterrum/DEAL_II_MPI_VERSION_GTE

Define DEAL_II_MPI_VERSION_GTE also for serial compilation

Merge pull request #11165 from mschreter/fe_evaluation_fix_comment

Fix typo in class documentation of "FEEvaluation"

fix typo in class documentation of FEEvaluation

Define DEAL_II_MPI_VERSION_GTE also for serial compilation

Merge pull request #11161 from marcfehling/hp-refinement

Functions of hp::Refinement now only available for DoFHandler in hp mode.

Merge pull request #10899 from drwells/gridin-exodusii

Support ExodusII with GridIn

Merge pull request #11162 from peterrum/step67-skew-ref

Add reference to skew-symmetric implementation in step-67

Added test for extract_locally_active_level_dofs and applied changes proposed by kronbichler

Merge pull request #11156 from peterrum/reset_ghost_values_impl

Improve VectorDataExchange::Full::reset_ghost_values