Merge pull request #4178 from jppelteret/r_8_5-pr_4145

[8.5] take over #4145: add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

Merge pull request #4177 from tjhei/r_8_5_pr4173

[8.5] take over #4173: change MathJax CDN

change MathJax CDN

https://cdn.mathjax.org is shutting down, so switch to the recommended alternative CDN.

Fixes #4169

Merge pull request #4159 from tamiko/pr_4157-8.5

[8.5] CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

Merge pull request #4166 from masterleinad/restrict_parallel_petsc_8_5

[8.5] take over #4165: Restrict tests requiring a parallel PETSc

Restrict tests requiring a parallel PETSc

CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

In case of a sequential build without mpi support and sequential petsc a
dummy mpi.h file installed by petsc must be reachable in from our final
set of include directories.

Normally this is not an issue - petsc exports such information in the
file "petscvariables" that we parse. But some distributions have chosen
to not install this file...

Closes #4157

Merge pull request #4164 from masterleinad/take_over_4156

[8.5] take over #4156: fix cmake regex for finding MPI version

fix cmake regex for finding MPI version

cmake regex is greedy, which means that the old regex
MPI_VERSION.*([0-9]+)
would only put the last digit of the version into the group \1 because
.* consumes the others. Fix this.

Merge pull request #4161 from tamiko/pr_4160-8.5

[8.5] Examples: Require MPI for step-18

Merge pull request #4154 from tjhei/r_8_5_pr4152

[8.5] take over #4152: fix step-55

Examples: Require MPI for step-18

fix step-55

This causes crashes with PETSc and solver convergence issues with
Trilinos with more than one rank.

Merge pull request #4148 from tamiko/cmake_2.8.8_compatibility

CMake: Compatibility with 2.8.8, do not build examples per default

CMake: Default to not building examples

CMake: Bugfix: Ensure compatibility with cmake-2.8.8

Merge pull request #4144 from kronbichler/take_over_documentation

[8.5] Take over #4138: Update documentation of FEEvaluation

Update documentation of FEEvaluation

Merge pull request #4137 from drwells/fix-double-angle-bracket

Convert a template '>>' to a '> >'.

Convert a template '>>' to a '> >'.

Merge pull request #4136 from masterleinad/takeover_astyle

[8.5] take over #4125: Update documentation on location of astyle.rc.

Merge pull request #4135 from masterleinad/takeover_abf_03

[8.5] take over #4134: Fix test on some platforms

Update documentation on location of astyle.rc.

Fix test on some platforms

Merge pull request #4132 from drwells/fix-quick-tests-8.5

[8.5] take over #4131: Remove tests.h dependency from the quick tests.

Remove tests.h dependency from the quick tests.

The release candidates ship without this file.

Merge pull request #4129 from drwells/add-user-version-flag

Always add the user version flag.

Merge pull request #4130 from tjhei/r_8_5_pr4127

[8.5] take over #4127: Fix bug in matrix-free evaluation kernel for degree 9 in 2D

Make the stack size selection a single parameter

Fix bug in matrix-free evaluation kernel for degree 9 in 2D

Always add the user version flag.

This gets around a bug where, if a user requests '-std=c++03' and is using a
compiler which defaults to C++11 or newer (e.g., GCC 6) then the library is
compiled with the default language flag (e.g., gnu++14) but
DEAL_II_WITH_CXX11=OFF: this causes compilation errors with boost::optional.

Merge pull request #4124 from tjhei/r_8_5_pr4122

[8.5] take over #4122: Avoid multiple deprecation warnings in steps

fix step-41 warning

Avoid multigrid deprecation warnings in step-16/39

Merge pull request #4121 from tjhei/p8.5-doxygen

[8.5] fix doxygen errors

fix doxygen errors

Merge pull request #4118 from tamiko/remove_cuda

[8.5] CMake: Remove CUDA feature

CMake: Remove CUDA feature

Merge pull request #4116 from bangerth/fix-abf-02

Fix FE_ABF::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values

Fix FE_ABF::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values

removed unfinished steps (release tasks step 8).

add AUTHORS

Merge pull request #4112 from tjhei/r85_pr4108

[for 8.5] take over #4108: Make sure to clean all data before filling MG transfer data fields

Make sure to clean all data before filling MG transfer data fields

update VERSION

Merge pull request #4099 from tjhei/doxygen_fixes

8.5 task: doxygen formatting fixes

Merge pull request #4100 from tjhei/tag_filename

8.5 task: update TAG file URL

address comment

Merge pull request #4098 from bangerth/update-changes-file

Replace individual files by one changelog for the whole release.

Adjust for the upcoming release.

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Merge pull request #4101 from bangerth/update-copyright

Update copyright years.

Update copyright years.

8.5 task: update TAG file URL

Merge pull request #4097 from masterleinad/check_cell_loop

Check array access in MatrixFree::cell_loop

doxygen formatting fixes

- wrong indentation
- code blocks not marked correctly
- some @ref fixes

Check array access in MatrixFree::cell_loop

Merge pull request #4096 from kronbichler/fix_clang_warning_mapping

Fix warning with clang compiler

Merge pull request #4064 from bangerth/replace-FE_interpolate

Replace FE::interpolate() by FE::convert_support_point_values_to_nodal_values().

Add warning with clang compiler

Merge pull request #3886 from kronbichler/master

Fix support points on quad for MappingQGeneric and StraightBoundary.

Merge pull request #4094 from masterleinad/fix_indexset_asc_etc

Refactor and fix IndexSet::is_ascending_and_one_to_one

Merge pull request #4095 from masterleinad/fix_sparsity_compress

Check access in SparsityPatter::compress()

Merge pull request #4091 from tamiko/opencascade_compatibility

Opencascade 7 fixes

Work on review comments

Performance improvements. Augment documentation.

Fixed closest_point_to_shape.

Fixed circle_normal_projection.

Check access in SparsityPatter::compress()

Refactor and fix IndexSet::is_ascending_ad_one_to_one

CMake: Add TKSTEP209 to the opencascade link interface

tests/opencascade: Fix two tests

Add a changes.h entry

CMake: Extract opencascade version in a more robust manner

Opencascade: Add an include for version 7 compatibility

Opencascade: Bugfix. Call Handle macro in a compatible fashion

Opencascade: Fix includes for version 7

CMake: Add include/opencascade to include path alternatives

Merge pull request #4086 from bangerth/improve-exception

Improve the wording of an exception.

Merge pull request #4087 from bangerth/update-reference

Update the reference to a paper that has been accepted.

Update the reference to a paper that has been accepted.

Improve the wording of an exception.

Rename variables in a function.

Match variable names at a calling site to the ones used in the called function.

Use FE::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values().

Implement the new FiniteElement::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values interface.

This is easily done by copying the implementation of the
existing FiniteElement::interpolate() functions in the
various derived classes, removing the 'offset' argument,
and reordering+renaming the other two arguments.

Introduce FiniteElement::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values.

Merge pull request #4082 from masterleinad/restrict_lapackfmprint

Restrict LAPACKFullMatrix::print_formatted to matrix states

Restrict LAPACKFullMatrix::print_formatted to matrix states

Merge pull request #4080 from tjhei/fe_field_func_parallel

Fix FEFieldFunction behavior for nonlocal cells

Merge pull request #4083 from drwells/other-coverity-fixes

Other coverity fixes

Add new test

Add changelog

Unify interpolation from surrounding points.
Query multiple points from mapping.

Merge pull request #4084 from drwells/to-to-fixes

To to fixes

Fix a typo.

Clarify some sentences containing 'to to'.

Remove an unnecessary destructor implementation.

The default is equal to this.

Check that we successfully created a directory.