Merge pull request #6583 from drwells/rename-opencascade-manifolds

Rename the opencascade Manifold classes.

Merge pull request #6605 from bangerth/doc-update-4

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.

Merge pull request #6611 from masterleinad/fix_mg_distributed_dofs

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6615 from masterleinad/set_default_mpi

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Switch a few OC tests to use new manifold names.

The old versions of these classes are implemented by inheriting from
their replacements, so if tests pass with old names then they should
pass with new names. To be sure, though, convert a few of the tests to
use the new names.

Add a new test that checks manifold clones.

We want to be sure that we can clone all of the renamed opencascade
manifolds and end up with an object that really has the original type:
put another way, we want to be sure that these are not implemented as
aliases but as their own classes.

Rename the opencascade Manifold classes.

Manifolds have names ending in 'Manifold': now that Boundary is gone these names
do not make sense.

For backwards compatibility, the old classes now simply inherit from the
correctly-named Manifold versions. This requires marking some things that were
private now as protected.

Merge pull request #6613 from tamiko/rename_scripts

Contrib: rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

Contrib: Rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

add an entry to .gitignore

Merge pull request #6582 from drwells/remove-boundary

Remove all remaining usages of Boundary.

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler<dim, spacedim>::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6606 from bangerth/doc-update-5

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Merge pull request #6598 from bangerth/indent

Make some formatting more consistent.

Merge pull request #6604 from bangerth/doc-update-3

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Merge pull request #6603 from bangerth/doc-update-2

Fix wrong doxygen markup.

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Fix wrong doxygen markup.

Merge pull request #6585 from davydden/feature/accessor_global_index

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6596 from bangerth/minor-cleanup

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

Make some formatting more consistent.

test Accessor::global_index()

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

update documentation

Merge pull request #6472 from marcfehling/handles

Triangulation manages offsets. Data attaching classes take handles.

Merge pull request #6590 from davydden/bugfix/quicktest_scalapack

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

Merge pull request #6578 from masterleinad/fix_cuda_solver_02

Fix CUDA test cuda/solver_02

Remove an obsolete test.

The purpose of this test was to check the old 'use boundary_ids as manifold_ids'
code path: if the Boundary classes are completely removed then this test is
nearly identical to extract_boundary_mesh_11 and extract_boundary_mesh_12, so it
can be removed.

Convert '%Boundary' to 'Boundary'.

Since this class is gone we no longer need to escape it when generating
documentation.

Remove all remaining usages of the Boundary class.

Requiescat in pace

March 4, 1998 (commit 8: 184639502b4) - May 12, 2018 (41,058 commits and
counting).

Manifold has not gone too far from that original design: in the beginning we had
the in_between function:

template <int dim>
class Boundary {
  public:
     /**
      *  Typedef an array of the needed number
      *  of old points.
      */
    typedef const Point<dim>* PointArray[1<<(dim-1)];

     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const = 0;
};

/**
    Specialisation of \Ref{Boundary}<dim>, which places the new point right
    into the middle of the given points. The middle is defined as the
    arithmetic mean of the points.
    */
template <int dim>
class StraightBoundary : public Boundary<dim> {
  public:
     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const {
      Point<dim> p;
      for (int i=0; i<(1<<(dim-1)); ++i)
p += *neighbors[i];
      p /= (1<<(dim-1))*1.0;
      return p;
    };
};

which is essentially Manifold::get_intermediate_point without the weight.

Merge pull request #6587 from tamiko/fix_gitattributes

Fix .gitattributes

Fix .gitattributes

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6584 from masterleinad/remove_deprecated_header

Remove deprecated header files and typedefs

Remove deprecated header file

Fix CUDA test

Merge pull request #6567 from luca-heltai/fix-tutorial-doxygen-generation

Make sure program2doxygen does not change code blocks

Merge pull request #6577 from kronbichler/fix_matrix_vector_faces_05

Disable a test of a functionality that is currently experimental

Merge pull request #6576 from masterleinad/fix_docu_htl

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Disable a test of a functionality that is currently experimental.

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Fixed perl regex.

Merge pull request #6574 from drwells/update-porting

Update the porting document.

Update the porting document.

Merge pull request #6573 from drwells/update-navbar

Update some navbar links.

Update some navbar links.

Fixed WB comment. Removed temporaryly the random new style.

Merge pull request #6566 from bangerth/semicolon

semicolon

Added div around inlined code.

Merge pull request #6568 from tamiko/make_aspect_happy

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Merge pull request #6569 from luca-heltai/doc-fixes

Doc fixes

Don't use tables in results.dox (copied from step 18)

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Make sure program2doxygen does not change code blocks

semicolon

Fixed some issues with step-60 doc.

Merge pull request #6564 from jppelteret/doc_fix_03

Small doc fixes to the AD module

Small doc fixes to the AD module

Merge pull request #6550 from bangerth/array

Simplify a function that returns an array.

Merge pull request #6562 from masterleinad/avoid_std_bind1st

Avoid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6542 from jppelteret/ad-documentation

Add documentation for AD module

Aboid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6559 from masterleinad/fix_override

 Make sure to use override where appropriate

Add compiler flag -Wsuggest-override

Use override in the bundled boost where possible

Make sure to use override where appropriate

Fix DA's comments

Merge pull request #6556 from masterleinad/fix_nedelec_sz_non_rect_2d

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Merge pull request #6554 from bangerth/patch-1

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Fix FE_Nedelec_SZ

Fix DD's comments; other documentation improvements

Merge pull request #6553 from kronbichler/improve_gmres_eigenvalues

Improve test lac/gmres_eigenvalues

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Double-brace an initializer list, as required by some compilers.

Merge pull request #6555 from jppelteret/doc-step-18

Fix results image table for step 18

Correct whitespace in doxygen code section

Reformat table of images in step-18 results section

Add CSS environment for three column layout

Merge pull request #2240 from rosskynch/NedelecSZ

New Nedelec finite element: FE_NedelecSZ

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Merge pull request #6546 from masterleinad/fix_mpi_tag

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Merge pull request #6529 from bangerth/patch-5

Utilize the C++11 constructors of std::[io]stream taking a std::string.

Merge pull request #6530 from bangerth/patch-4

Do not convert a std::string to char* just to convert it back.

Merge pull request #6526 from bangerth/patch-7

Simplify a resize statement.

Merge pull request #6527 from bangerth/patch-8

Align function arguments as we usually do.

Merge pull request #6528 from bangerth/patch-3

Use the appropriate type to state a zero.

Improve test lac/gmres_eigenvalues.

Add a changelog entry.

Simplify a function that returns an array.

Previously, it used a reference to an array as an output argument. Now, we can just
return a std::array<...,dim>.

Merge pull request #6531 from bangerth/patch-2

Use the appropriate type to state a constant.

Merge pull request #6545 from bangerth/doc-update

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Merge pull request #6544 from bangerth/doc-update-81

Further clarify readme.html

Merge pull request #6543 from bangerth/doc-update-80

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6537 from drwells/attach-torus-manifold

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6539 from tjhei/doxygen_add_bdm_to_fe

add FE_BDM to doxygen FE group

Leave a note in the documentation of class ArrayView.