Merge pull request #9250 from bangerth/3

Update the discussion of HDF5 and R scripting in step-3.

Merge pull request #9270 from krishnakumarg1984/step3_krishna_fix_9227

Step-3 results/extension documentation improvements and fixes. Closes #9227

Replaces the double-loop in step-3 results extension with just one loop

In step-3, replaces make_grid_and_dofs with just make_grid

In Step-3, removes reference to .gnuplot in subsection title in extensions (results)

In step-3, minor wording change to convey that the suggested boundary condition code is only slightly longer than before

trying to address a comment on indentation by reviewer of PR

adding a blank statement after the 'if' line to address reviewer's clarification

removes the extra line added in prev commit. Also, changes indentation of the loop code to 2 spaces

As per the request of a reviewer, reverts the change made to a sub-heading wherein the .gnuplot was removed

Merge pull request #9179 from agrayver/add_function_manifold_python

Add python interface for FunctionManifold

Merge pull request #9254 from bangerth/61

Convert step-61 to use face loops with cell->face_iterators().

Add python interface for FunctionManifold

Merge pull request #9258 from simonsticko/fe_values_3rd_deriv_updateflag

shape_3rd_derivative* checks for update_3rd_derivatives

Merge pull request #9265 from bangerth/move

Move some code.

Merge pull request #9267 from bangerth/doc-4

Minor updates to the consensus algorithm class documentation.

Minor updates to the consensus algorithm class documentation.

Merge pull request #9261 from simonsticko/typos_doc_fe_interface_values

Fix two typos in documentation of FEInterfaceValues.

Move some code.

The previous code was right but unnecessarily hard to read. A block of code could
only be executed if an 'if' condition was true but wasn't actually under the
condition. Shift things.

Fix two typos in documentation of FEInterfaceValues.

Merge pull request #9255 from bangerth/doc-3

Update documentation of class Partitioner.

Merge pull request #9262 from krishnakumarg1984/step5_krishna_fix1

In Step-5 tutorial, updates name of function being removed (make_grid _and_dofs -> make_grid)

Minor edits to the documentation of CommunicationPatternBase.

Update documentation of class Partitioner.

in step-5, updates another instance of make_grid_and_dofs to make_grid

In Step-5 tutorial, updates name of function being removed (make_grid_and_dofs -> make_grid)

Merge pull request #9257 from bangerth/inst

Simplify dof_tools.inst.in

Merge pull request #9253 from bangerth/test

Adjust precision with which we output results in hp/crash_17.

Merge pull request #9242 from rezarastak/replace_mutex

replace some instances of Threads::Mutex with std::mutex

Merge pull request #9235 from bangerth/doc

Augment the UMFPACK error message.

shape_3rd_derivative* checks for update_3rd_derivatives

The functions shape_3rd_derivative and shape_3rd_derivative_component
check that update_flags contains update_hessians, but they should check
that update_flags contain update_3rd_derivatives. Fix this.

Simplify the instantiations of DoFTools::get/count_dofs_on_patch().

Merge pull request #9256 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_3

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

Simplify the instantiations of DoFTools::extract_dofs().

Simplify the instantiations of DoFTools::count_dofs_per_block().

Further simplify instantiations of DoFTools::count_dofs_per_component().

Simplify the instantiations of DoFTools::extract_level_dofs().

Simplify the instantiations of DoFTools::count_dofs_per_component().

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

Merge pull request #9149 from bangerth/18

Fix a mistake in the introduction of step-18.

Merge pull request #9251 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_2

fixes a typo in step-4 incorrectly quoting the tutorial wherein the ZeroFunction as first introduced

Convert step-61 to use face loops with cell->face_iterators().

This functionality was previously implemented in e2d7a2ff171a111480307d97dce2aa4db063a953
by @masterleinad but had crossed paths with 3f96459cacd673c231357e87c15e95315857e749
(in #8999).

Merge pull request #9248 from bangerth/possibilities

Mark 'Possibilities for extensions' as <h3>.

Adjust precision with which we output results in hp/crash_17.

Merge pull request #9073 from luca-heltai/particle-generators-dofs

Generate particles on support or quadrature points on other grid

add mailmap entry

fixes a typo incorrectly quoting a section wherein the ZeroFunction was first introduced

Merge pull request #9206 from bangerth/tasks

Provide TaskGroup::size().

Merge pull request #9247 from bangerth/fix

Fix description of a test.

Update the discussion of HDF5 and R scripting in step-3.

This is a really nice introduction to what can be done by putting data into
hdf5 files and then postprocessing them in R. I'm really only updating
stylistic issues here.

Mark 'Possibilities for extensions' as <h3>.

Otherwise, our scripts don't pick these headings up and it won't show
in the table of contents.

Fix description of a test.

Merge pull request #9245 from bangerth/readme

Document out of memory issues with 'make -jN'.

Document out of memory issues with 'make -jN'.

Merge pull request #9244 from tjhei/jenkins-osx-increase-timeout

jenkins: increase OSX timeout

jenkins: increase OSX timeout

It turns out that builds take longer after updating the machine to a
newer xcode and we regularly encounter a timeout.

Augment the UMFPACK error message.

Generate particles on support or quadrature points on other grid

Functions that generates particles at the location of the support points of a
possibly non-matching grid or at the quadrature points of a possibly non-matching grid

The total number of particles that is added to the particle_handler
object is the number of dofs of the DoFHandler that is passed that are
within the triangulation and whose components are within the
ComponentMask.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>
Co-authored-by: Luca Heltai <luca.heltai@sissa.it>

Merge pull request #9238 from bangerth/ia64

Remove reference to the IA64 architecture.

Merge pull request #9239 from tjhei/config_h_p4est_old

config.h: remove old p4est version logic

Merge pull request #9241 from bangerth/doftools

Mark some input arguments as 'const'.

replace some instances of Threads::Mutex with std::mutex

Add a changelog entry.

Fix a mistake in the introduction of step-18.

The description of the problem is due to Ming Yang <ykevin09@gmail.com>.

Mark some input arguments as 'const'.

This requires to also make a 'std::vector' argument a reference. Incidentally,
this also matches our usual style.

config.h: remove old p4est version logic

Remove reference to the IA64 architecture.

IA64 was an interesting historical experiment that I enjoyed working on
and even more thinking about. But the architecture has not been updated
since 2012, and so there is no real danger in removing a piece of
code related to it from actually breaking anything for anyone.

Add a changelog entry.

Add a test.

Provide TaskGroup::size().

Merge pull request #9204 from rezarastak/mu_parser_random

mu_parser functions modified to use std random number generators

Merge pull request #9236 from bangerth/doc-2

Augment the documentation of GridGenerator::simplex().

Augment the documentation of GridGenerator::simplex().

Merge pull request #9234 from tjhei/doc_grid_gen_simplex

doc: minor GridGenerator changes

doc: minor GridGenerator changes

Merge pull request #9229 from masterleinad/return_correct_indentation_error_code

Return error code from indent-all in check_indentation.sh

Return error code from indent-all in check_indentation.sh

tests updated to be independent of RNG details

Merge pull request #9233 from masterleinad/remove_cryptic_comment

Remove cryptic comment

Remove cryptic comment

Merge pull request #9106 from peterrum/pft_without_p4est

Make pft independent of p4est

Merge pull request #9230 from kronbichler/fix_mf_code

Fix two bugs in matrix-free code

Make pft tests independent of p4est

Merge pull request #9219 from tjhei/output_table_deprecate

deprecate members in TimerOutput

Fix two bugs in matrix-free code

Merge pull request #9224 from peterrum/dofhandlerpolicy_p4estfree_macros

Replace some DEAL_II_WITH_P4EST with DEAL_II_WITH_MPI

Replace some DEAL_II_WITH_P4EST with DEAL_II_WITH_MPI

Merge pull request #9223 from peterrum/ecl-mapping-fix

Bug fix in PR #9155

Merge pull request #9225 from tjhei/doxygen_fix_citation

fix a doxygen citation

Merge pull request #9190 from bangerth/doc

Annotate a few function arguments in doxygen.

fix a doxygen citation

might be related to #9222

Fix check of neigboring cells

Merge pull request #9218 from peterrum/get_projection_matrix_for_float

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Merge pull request #9215 from peterrum/dofhandlerpolicy_p4estfree

Make DoFHandlerPolicy independent of p4est

Merge pull request #9155 from peterrum/ecl-mapping

ECL: make mapping of neighbor available

Use CellId::binary_type for communication

Fix labels

Fix serial compilation

Make internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed independent from p4est

Merge pull request #9214 from peterrum/cellid_ancestorof

Add CellId::is_ancestor_of

deprecate members in TimerOutput

It looks like these identical functions have been around for a long
time. While I prefer enter/exit_section(), we use the others in most
places.

Merge pull request #9217 from peterrum/fix_date

Fix date in header

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Fix date in header

Add CellId::is_ancestor_of

Merge pull request #9211 from bangerth/instantiate

Instantiate DoFTools::map_dofs_to_support_points() also for <1,3>.

Merge pull request #9209 from drwells/fix-using-namespace-links

Keep the 'dealii::' in 'using namespace dealii::'.