Link to another paper on best practices, as well as the video lectures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few statements on running stuff in parallel with MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable and explain it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add last name of contributor Mihai.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Start refactoring of REGISTER_FEATURE

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Refactor detailed and summary log creation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-1: add some text output to the screen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Refactor list deduplication into a macro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Do not copy CMakeCache.txt and CMakeFiles for build tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix indentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32328 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an if() in optimized mode by writing the Assert in a more clever way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32327 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also list where results show up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix obvious oversights in the previous commit...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document running the testsuite for coverage information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a couple of constructors that are never called but for which
we apparently need definitions when running the testsuite for
coverage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave a note on how to start step-32

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32320 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling certain functions that have to do with active_fe_index on cells that are not in fact active. Fix the various places where we used to do so (and which probably produced something that made not much sense).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling certain functions that have to do with active_fe_index on cells that are not in fact active. Fix the various places where we used to do so (and which probably produced something that made not much sense).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a forgotten case with FENothing (thanks to a testcase by Krzysztof Bzowski).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32316 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Strip leading and trailing whitespace from linker flags in
order to not confuse cmake-2.8.8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32315 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve error message for invalid user provided CXX and LD flags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More cleanups in SolutionTransfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Set a compiler option for the correct build type

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up a good amount of code. In particular, do not try to access fe_indices of cells that are not active, since no finite element space is associated with them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid directly accessing the active_fe_index of a cell that is at this
point no longer active.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a hunk of code that was forgotten in r32297.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add script to check doxygen formatting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

put deprecated functions into own doxygen group, fix doxygen formatting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix doxygen grouping tags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove unused variable in quicktest

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix quick_test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix use of freed memory: Change when to reset the vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix invalid memory access in gridin::read_vtk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32299 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve error checks and comments for parallel::distributed::Triangulation::load/save

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling DoFAccessor::set_active_fe_index on non-active cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust a few tests to not call set_active_fe_index() on non-active cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32296 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Martin's change from a couple of days ago.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32295 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cleanup: Remove obsolete macro, unify naming of internal macros

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32294 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32293 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix test case with 64 bits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32292 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed typo in step-2 tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32291 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Clear compile variables prior to populating

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix invalid memory access caused by undefined order of construction of static members (found with ASAN)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more from Winnifred.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Martin Steigemann: Handle the case of zero error indicators better when finding the threshold for mesh refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-4: write constants as doubles

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove obsolete scripts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update p4est instructions, remove some outdated stuff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not set active_fe_index values on non-active cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix broken PETScWrappers::MPI::Vector::print() in parallel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix another place where we should use MPI_Allreduce instead of MPI_Reduce

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test extract_row_copy, fix two bugs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clear active_fe_index flags on non-active cells since they have no meaning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a comment to clarify things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same problem again in another location.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32270 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a recently introduced problem with SolutionTransfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Mihai: Also extend the ability to deal with explicit FE spaces to set_dof_values_by_interpolation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add extract_row_copy method to chunk sparse matrix since iterators are very slow

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow use of AssertDimension without 'using namespace dealii'

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32266 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly extend full matrix interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify exchange of data in Trilinos sparse matrix reinit: Can use the nonlocal_graph directly. Apparently, I would need another entry point into distribute_sparsity_pattern to fix the deal.II transfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify exchange of data in Trilinos sparse matrix reinit: Can use the nonlocal_graph directly. Apparently, I would need another entry point into distribute_sparsity_pattern to fix the deal.II transfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to add a few more entries to non-local part of sparsity pattern for MeshWorker assembly. Now the reason for failing MG tests is a wrong prolongation matrix where some non-local rows get lost

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix failure of multigrid on some OpenMPI versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to fix some tests by adding more elements to sparsity pattern over processor boundaries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not create non-local graph when there are no ghost rows specified.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix 64 bit bug

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow constant modes for FE_RaviartThomas and FE_Nedelec.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix extract_constant_modes for FE_DGP etc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix at least one issue with my commit: The flux sparsity pattern needs to include other-other coupling when using MeshWorker

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement more functionality for get_interpolated_dof_values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use thread-safe path for Trilinos matrix assembly also when initializing with a CompressedSimpleSparsityPattern

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for all_zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix all_zero() for PETSc vectors. add documentation for Trilinos as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling some functions in the hp context on non-active cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32240 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow calling some functions in the hp context on non-active cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32239 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Capitalize 'stokes'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize Trilinos parallel matrices with additional relevant set in order to allow for multiple threads to write into the matrix (even though we don't use this functionality right now).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix quadratic complexity in number of ranges in two methods. Do not directly insert into an IndexSet with MGTools::extract_inner_interface_dofs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make it more clear the hyper_L works in 2d and 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix tests/fe/crash_01.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fully qualify a name to make MS VC++ happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try not to confuse MS VC by having this:

estimate (...,
          const Function<spacedim>                   */*coefficient*/,
          ...)

where MSVC gets tripped up by the */ thinking it closes a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also import the DataOutBase::Patch name into DataOutInterface to make MS VC
happy.

Fix a couple of minor editorial warts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fully qualify a namespace to make MS VC++ happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use double instead of float in one place to avoid a MS VC++ warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d