Merge pull request #10187 from tamiko/pr_10178

[9.2] Take over #10178

Merge pull request #10186 from tamiko/pr_10176

[9.2] Take over #10176

doxygen: Strip full @CMAKE_SOURCE_DIR@ and @CMAKE_BINARY_DIR@

The current configuration fails to strip the repository path from source
directories, e.g., on the homepage we have for example:

"""
The documentation for this struct was generated from the following files:

    deal.II/lac/petsc_precondition.h
    /home/dealii/dealii/source/lac/petsc_precondition.cc
"""

With this change this now reads:

"""
The documentation for this struct was generated from the following files:

    include/deal.II/lac/petsc_precondition.h
    source/lac/petsc_precondition.cc
"""

Silence deprecation warnings

Fix comment

Remove unusable variable

Use sensible default parameter

Fix test after some sadd and equ functions have been removed

Merge pull request #10185 from tamiko/pr_10179

[9.2] Take over #10179: contrib/utilities/makeofflinedoc.sh: Also install jpg

contrib/utilities/makeofflinedoc.sh: Also install jpg

Merge pull request #10184 from masterleinad/fix_braces_47

[9.2] Take over #10183: Fix missing closing braces.

Fix missing closing braces.

Merge pull request #10177 from masterleinad/take_over_10161

 [9.2] Take over #10161: Removed two variables which were not used in particles/utilities.h

update VERSION for release

Removed two variables which were not used in particles/utilities.h

Merge pull request #10159 from tjhei/jenkins_ci_branches

[9.2] Take over #10173: Jenkins: also test release branches

Merge pull request #10169 from tamiko/pr_10168

Merge pull request #10172 from tamiko/pr_10171

Merge pull request #10170 from tamiko/remove_test

[9.2] remove test mpi/p4est_bug

update fe_series tests again to latest changes

Merge pull request #10167 from tamiko/pr_10166

remove test mpi/p4est_bug

This test will actually make it past the expect=run stage if p4est is
not compiled with debug asserts. This is unfortunately independent of
whether deal.II is in release or debug mode.

do not print mesh in opencascade/stl_* tests

These tests create a mesh (with our opencascade) interface.
Unfortunately, the result pretty much depends on the mesher being used
(which changes between opencascade and oce versions), the standard
library version (libstdc++ versus libc++) and the CPU architecture.

I initially thought that the test result would not depend on the machine
this test is running on and created the output alternatives
(*.output.opencascade7.4.0) on my laptop. Evidently this did not fix
this test on our main tester. Let's simply remove the output and just
check that the code path runs without throwing an error.

examples/step-69: fix texttt formulas

Jenknis: also test release branches

update AUTHORS

update VERSION

Merge pull request #10157 from tamiko/update_version

Release step 5: update VERSION

Merge pull request #10156 from tamiko/update-tag-file

Release step 1a: Update tag list

Merge pull request #10154 from tamiko/update-changes-file

Release step 1: Update changelog file

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update doc/news/9.1.1-vs-9.2.0.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

add dummy entries to make travis happy

fix year range

Merge pull request #10155 from masterleinad/instantiate_opencascade

Instantiate OpenCASCADE

update VERSION

Release step 1a: Update tag list

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Instantiate OpenCASCADE

Merge pull request #7513 from marcfehling/smoothness-estimator-2

Introduced SmoothnessEstimator.

Merge pull request #10152 from marcfehling/prediction-extension

Updated doc for hp::Refinement::predict_error().

Update include/deal.II/hp/refinement.h

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

fix compilation

Address typos brought up in review comments

Update include/deal.II/hp/fe_collection.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h
Update include/deal.II/numerics/smoothness_estimator.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Added SmoothnessEstimator::default_fe_series() functions returning default FESeries objects.

Removed default constructor and initialize() functions for FESeries objects.

SmoothnessEstimator: Enhancements regarding applicability.

SmoothnessEstimator: Implementation with dedicated coefficient decay functions for both Fourier and Legendre series expansions individually.

SmoothnessEstimator: Initial implementation with FESeries template.

No more restriction on isotropic refinement for hp::Refinement::predict_error().

Updated doc for hp::Refinement::predict_error().

Merge pull request #8603 from tjhei/add_p4est_fail_test

add failing p4est test

Merge pull request #9954 from marcfehling/prediction-extension

Reworked error prediction algorithm.

Merge pull request #10148 from tjhei/github-actions-windows

github actions: split windows build

Merge pull request #10149 from tamiko/fix_compilation_gcc_4.9.4

Fix compilation with gcc-4.9.4

Merge pull request #10147 from tjhei/doxy_grid_gen

doxygen: disable stuff in grid_generator.cc

Merge pull request #9807 from kronbichler/improved_shell

Add additional cell options for 3D hyper shell

Use 64bit toolset variant

Merge pull request #10150 from tamiko/fix_a_test_22

Merge pull request #10151 from tamiko/fix_a_test_23

Test mpi/hp_step-4 disable test for 64bit indices

Test petsc/reinit_preconditioner_0*: disable for 64bit indices

Test mpi/hp_step-4 disable test for 64bit indices

add failing p4est test

This is a simple way to trigger
https://github.com/dealii/dealii/issues/7428

Fix compilation with gcc-4.9.4

Closes: https://github.com/dealii/dealii/issues/10146

github actions: split windows build

- move windows build out of main.yml
- test VS 2017 and VS 2019

doxygen: disable stuff in grid_generator.cc

see  #9914

Merge pull request #10144 from tjhei/step-50-future

step-50: Possible extensions

Merge pull request #10145 from tamiko/fix_a_test_21

Test boost/extract_representative_set_02: add output variant, rename test

Address review comments (typos)

Update include/deal.II/hp/refinement.h
Update include/deal.II/numerics/adaptation_strategies.h
Update include/deal.II/numerics/adaptation_strategies.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Formula for hp-refinement: Adjusted doc to what we are actually doing in the code.

Reworked error prediction algorithm.

Refactored AdaptationStrategies namespace.

Test boost/extract_representative_set_02: add output variant

The actual final set of bounding boxes computed with boost depends on
the standard library being used. Funny enough the difference is only one
cell on one processor when switching from libc++ to libstc++. The output
seems to be stable with respect to standard library. I have not
investigated further, but I would bet that it boils down to an
(unstable) sort algorithm being used in the boost implementation.

For now, just provide an output variant. If this test fails again, we
might have to think about another alternative.

Tests: boost/extract_*: reorganize code and rename test (fix typo)

step-50: Possible extensions

Merge pull request #10143 from tamiko/fix_a_test_20

Merge pull request #10136 from drwells/step-44-doc

Merge pull request #10138 from drwells/remove-commented-code

Merge pull request #10142 from resetius/new-change-record

Changelog

Tests opencasacde/*: Add three output variants

All tests produce a visually correct output. The test fails due to

 - a different mesh generator used in opencascade 7.4.0 placing vertices
   slightly differently

 - a slightly different refinement behavior when linking against libc++
   versus libstdc++

For now, just be pragmatic and add an output variant for each. We might
have to find a smarter solution in the future

In reference to #10073
Closes #10086
See also: https://cdash.43-1.org/testSummary.php?project=1&name=opencascade%2Fstl_creation_single_patch.debug&date=2020-05-11
See also: https://cdash.43-1.org/testSummary.php?project=1&name=opencascade%2Fstl_creation_watertight.debug&date=2020-05-11
See also: https://cdash.43-1.org/testSummary.php?project=1&name=opencascade%2Fstl_refinement.debug&date=2020-05-11

Changelog

Merge pull request #10141 from tamiko/update_external_library_versions

doc: update supported version numbers of trilinos and petsc

Merge pull request #10140 from tamiko/update_mailmap

add a mailmap entry

doc: update supported version numbers of trilinos and petsc

add a mailmap entry

add a mailmap entry

Merge pull request #10134 from kronbichler/fix_images

Make new GridGenerator images appear in the online documentation

Merge pull request #10135 from drwells/remove-namespacing

Fix some small things in step-44's introduction.

Remove some commented code.

This is rendered in a weird way since its in an example.

Remove some "dealii::"s from code examples.

These are converted to "::" by our doxygen preprocessing script, which looks weird.

Make new GridGenerator images appear in the online documentation

Merge pull request #10133 from tamiko/fix_a_test_19

Test lac/gmres_reorthogonalize_04: Only output iteration count