Fix, and deprecate, a PETSc parallel vector copy constructor.

The former implementation of this copy constructor contained a subtle bug: since
VectorBase::operator= is implicitly defined, calling it simply copies (byte for
byte) the members of a VectorBase. This is erroneous because now two different
destructors will call VecDestroy on the underlying Vec.

The fix is simple: (nearly) preserve the current behavior by just deep copying
the vector.

Since one should never have an explicit instance of VectorBase (and there is no
reasonable way to copy a parallel vector and then enforce a possibly different
local_size) this constructor I also marked this constructor for deprecation: one
should use one of the concrete classes (Vector or MPI::Vector) in applications.

Reindent some sample code comments.

Merge pull request #3962 from masterleinad/restrict_test

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

Merge pull request #3960 from kronbichler/classify_tests_with_p4est

Mark tests that need p4est

Mark tests that need p4est

Merge pull request #3959 from masterleinad/fix_distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #3953 from tjhei/test_checksum

replace call to md5sum in tests

Merge pull request #3952 from tcclevenger/write_mesh_per_processor_as_vtu_fixed_bug

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Merge pull request #3955 from davydden/doc/submit_symmetric_gradient

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symme…

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symmetric_gradient

replace call to md5sum in tests

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Previous implementation did not account for non-distributed multilevel
hierarchy or active cells having different level_subdomain_id and
subdomain_id.

made requested changes

typo in changes. GridOut function, not GridTools

Merge pull request #3947 from jppelteret/trilinos_lin_ops-enable_deal_II_solver

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

Fix comment indentation

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

By making a distinction between an `inverse_payload` created for
Trilinos solvers/preconditioners and all other solver/preconditioner
types, we allow a `TrilinosPayload` to be created when the
solver/preconditioner is incompatible with `Epetra_Multivector`. In
turn, it is now possible to use the deal.II solvers (e.g.
`dealii::SolverCG<TrilinosWrappers::MPI::Vector>`) with `Trilinos`
`LinearOperator`s as such a call no longer results in a compiler error.

Merge pull request #3931 from jppelteret/fix_tests_03

Refactor schur_complement operator

Test: Make lac/schur_complement_05 a bit more robust

Do not output residuals and convergence numbers. We now only check
whether we do the right thing by comparing the difference of the result
to a reference computation.

Merge pull request #3951 from Rombur/step_18

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #3950 from dealii/revert-3914-fix_tests_3

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Merge pull request #3914 from tamiko/fix_tests_3

Tests: output variants for opencascade 6.9.1

Merge pull request #3946 from davydden/tests/fe_enriched_step_36

use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3940 from davydden/tests/parallel_block_vector_03

add extra output for parallel_block_vector_03

Merge pull request #3949 from masterleinad/reduce_fe_abf_02

Simplify fe/abf_02

Simplify fe/abf_02

tests: use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3945 from drwells/clang-warnings

Fix some simple clang warnings.

Remove some unused variables.

This was caught by clang 3.9.

Check if a preprocessor variable is defined before use.

Clang complains about this with -Wundef on.

Merge pull request #3936 from davydden/tests/memory_consumption_01

tests: extra output for memory_consumption_01

Merge pull request #3938 from davydden/tests/oce_step_create_write

extra output for OCE 0.18

Merge pull request #3943 from davydden/tests/no_flux_constraints_extra

extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed

Merge pull request #3941 from davydden/tests/fix_slepc_solve_04

fix slepc/solve_04

tests: extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed

tests: fix slepc/solve_04

Merge pull request #3937 from davydden/tests/metis_extra_output

extra output for METIS tests

tests: add extra output for parallel_blocK_vector_03

tests: extra output for OCE 0.18

tests: extra output for METIS tests

tests: extra output for memory_consumption_01

Merge pull request #3934 from tjhei/warn_unref

remove unused variable names

remove unused variable names

MSVC complains about this...

Merge pull request #3928 from masterleinad/fix_filtered_iterator

Fix Initialization of FilteredIterator from base class

Add test for copying FilteredOperator

Merge pull request #3918 from koecher/deprecate_supports_distributed_data_static_member

deprecates static support_distributed_data member of vector declarations

adds DEAL_II_DEPRECATED to PREDEFINED of doc/doxygen/options.dox.in

Merge pull request #3930 from tjhei/intel_inline_warning

remove intel warning about always_inline

Merge pull request #3850 from bangerth/add-abf-test

Add a test for the ABF element in 3d.

remove intel warning about always_inline

disable the following incorrect warning:
```
include/deal.II/base/tensor.h(824): warning #3415: the "always_inline"
attribute is ignored on non-inline functions
inline DEAL_II_ALWAYS_INLINE
```

Refactor SchurComplement operator.

Subsequent to the implementation of Payloads for LinearOperators, it is
necessary that compound operations such as this one be expressed in
terms of overloaded operations (operator+,* etc.) instead of in a
low-level format, with the operator functions v_mult etc. expanded
manually. This is because the payload is not correctly configured in the
latter case, and the operations defined on the Payload-level would not
align with those being performed by the higher-level LinearOperator
interface. When operator+,* etc. are called, the equivalent operations
for the payload are automatically set up.

Fix Initialization of FilteredIterator from base class

Merge pull request #3925 from masterleinad/update_fe_project_test

Update fe/fe_project_2d

Update fe/fe_project_2d

Merge pull request #3903 from tjhei/rework_instantiations

cleanup template-arguments.in

Merge pull request #3924 from drwells/boost-serialization-macro-warning

Avoid using 'defined' inside a macro.

deprecates static support_distributed_data member of vector declarations

Avoid using 'define' inside a macro.

This is technically illegal and clang rightfully complains.

Patch from https://github.com/boostorg/serialization/pull/49

fix expand-instantiations

- remove trailing newlines in pattern values
- skip spaces and newlines before first pattern
- report errors if pattern is not found

Merge pull request #3923 from tjhei/undo_static_assert

Revert #3861 "add new macro for static asserts"

Merge pull request #3891 from tjhei/step-57-fixes

update step-57

Merge pull request #3916 from tamiko/do_not_use_as_needed_in_check

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

This works around a serious regression with ld.bfd in combination with
-Wl,--as-needed when compiling a simple

  int main () { return 0; }

and linking against a *huge* list of (entirely unused) libraries.

See #3686

Tests: output variants for opencascade 6.9.1

Revert "add new macro for static asserts"

This reverts commit c9283e795004308c570f356da95f97562f62d112.

Merge pull request #3919 from masterleinad/fix_get_fe_by_name_01

Adjust tolerance for FE_ABF

Adjust tolerance for FE_ABF

Merge pull request #3907 from masterleinad/simplify_back_interpolate

Unify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3921 from davydden/spherical_component

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3920 from davydden/workstream_hp

WorkStream: add a note on hp-FEM

Merge pull request #3910 from tamiko/fix_tests_1

Tests: Provide output variant

WorkStream: add a note on hp-FEM

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3912 from tamiko/fix_tests_2

Tests: Do not run to example steps in tests

Simplify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3917 from masterleinad/rm_output_file_name

Remove output_file_name variable from tests

Get rid off output_file_name in tests

Move definition for TrilinosPayload destructor

Tests: Do not run (only build) step-48 in build_tests

Tests: Do not run (only build) step-23 in build_tests

Tests: One more output variant for newer p4est

Tests: Provide output variant

p4est after 1.1 outputs slightly different vtk files:

      </PPoints>
        <PDataArray type="Int32" Name="treeid" format="ascii"/>
      </PCellData>
-     <PPointData>
-     </PPointData>
      <Piece Source="1_0000.vtu"/>
    </PUnstructuredGrid>
  </VTKFile>

Simply provide output alternatives that don't have this empty section.

Merge pull request #3890 from dealii/fix_PR_1783_02

Refactor identity_operator and null_operator for non-trivial payloads

Merge pull request #3901 from masterleinad/restrict_c++11

Fix tests for non-c++11 build

Merge pull request #3909 from drwells/remove-timer-fit-from-test

Remove a check on a timer slope.

Remove a check on a timer slope.

This commit gets rid of the part of a test that tried to check the
computational complexity of distributing DoFs by fitting a least squares
curve to timing data. This frequently failed and it is not really
needed: the test will time out if we ever go back to a quadratic time
algorithm.

Restrict tests requiring C++11

Merge pull request #3904 from tjhei/fix_typos

fix minor typos

Merge pull request #3905 from davydden/doc_updates_tests

more descriptive commands on how to setup tests for an already instal…

Merge pull request #3906 from tjhei/assert_warning_compare_int

fix >=0 comparison warning

fix >=0 comparison warning

gcc 4.8 complained:
```
/ssd/deal-git/source/fe/mapping_q_generic.cc:2800:11: warning: comparison of unsigned expression >= 0 is always true [-Wtype-limits]
```

fix minor typos

update template-arguments.in

- document template-arguments.in
- delete DERIVATIVE_TENSORS FEVALUES_BASES DOFHANDLERS (now unused)
- update instantiations

update file location

remove only usage of DOFHANDLERS in .inst.in

Merge pull request #3902 from tjhei/boost_no_unordered_double_def

Fix BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP warning

more descriptive commands on how to setup tests for an already installed library

Fix BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP warning

When forcing CXX11 to off, I get the following warning with gcc <4.8:
```
/ssd/deal-git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/config/stdlib/libstdcpp3.hpp:182:0: warning: "BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP" redefined
```
This change fixes this.