Merge pull request #7177 from tjhei/document_tril_sparse_mat

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

Merge pull request #7171 from masterleinad/trilinos_mmult_64bit

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7172 from masterleinad/epetraext_optional

Mark EpetraExt as optional

Mark EpetraExt as optional

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7170 from drwells/update-distorted-cell-glossary-entry

Update the glossary entry on distorted cells.

Merge pull request #7169 from drwells/sparsity-pattern-linear-index-iterator

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

Merge pull request #7168 from masterleinad/fix_hp_step-40

Fix hp_step-40_variable_01

Update the glossary entry on distorted cells.

The problem described in the glossary now cannot occur with Manifolds and the
new scheme for placing new vertices.

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

This class already defines an Accessor class that is compatible with what
LinearIndexIterator expects.

Fix hp_step-40_variable_01

Merge pull request #7165 from drwells/shared-tria-improvements

Shared tria improvements

Merge pull request #7091 from schoeder/matrixfree_vectorization_mask

Matrixfree vectorization mask

Merge pull request #7166 from drwells/add-more-gitignore

Add some more entries to .gitignore.

Add some more entries to .gitignore.

Merge pull request #7151 from bangerth/add-test-3

Add another test for hp parallel DoFs.

Add some consistency checks to a function.

Add semicolons after Asserts.

Merge pull request #7164 from masterleinad/silence_warning_cnptpc

Silence another warning in compute_n_point_to_point_communications

line break and improvements in comments

Silence another warning in compute_n_point_to_point_communications

Merge pull request #7163 from tcclevenger/small_typo

small typo

Merge pull request #6965 from tjhei/change-step-16

Change step-16: add alternative without MeshWorker

Merge pull request #7150 from bangerth/add-test-2

Add a test for parallel hp handling.

small typo

Merge pull request #7160 from tjhei/quadrate_doc_improve

quadrature: improve documentation

Merge pull request #6976 from jppelteret/ad-helpers_02

AD Helpers: Introduce base class for cell-level AD helper classes

Merge pull request #7157 from masterleinad/avoid_warning_cnptpc

Avoid warning about unused variable in compute_n_point_to_point_communications

quadrature: improve documentation

Avoid warning about unused variable in compute_n_point_to_point_communications

Doc fix for ADHelperBase class

AD Helpers: Introduce base class for cell-level AD helper classes

Merge pull request #7158 from masterleinad/constexpr_call_nonconstexpr

Check for the ability to call non-constepr functions in constexpr ones

Merge pull request #7156 from mwichro/patch-1

Fix: 'iota' is not a member of 'std'

Merge pull request #7149 from bangerth/add-test

Add a test.

Merge pull request #7159 from bangerth/hierarchical

Extend DoFRenumbering::hierarchical().

Add tests.

Add a changelog entry.

Extend DoFRenumbering::hierarchical().

In particular, make it work for dim!=spacedim and for
hp::DoFHandler objects.

Check for the ability to call non-constepr functions in constexpr ones

Ordering of files

Merge pull request #7152 from marcfehling/p4est-fix-transfer-assert

Use workaround in 'execute_transfer()' only on older p4est versions.

Merge pull request #7145 from eldarkh/simpl_p2p_comm

Implement a function for computing the number of messages received per MPI process

Merge pull request #7134 from masterleinad/workaround_builtin_expect

Work around ICC issue with __builtin_expect in constexpr function

Fix: 'iota' is not a member of 'std'

Fixes GCC compilation error:
 /source/base/mpi.cc:129:7: error: 'iota' is not a member of 'std'
That appears on newer gcc

Merge pull request #7154 from masterleinad/avoid_cuda_warnings

Avoid some warnings compiling with CUDA support

Avoid some warnings compiling with CUDA support

Add another test for hp parallel DoFs.

Use workaround in 'p::d::Tria::execute_transfer()' only on older p4est versions.

Add a test for parallel hp handling.

Add a test.

Merge pull request #7147 from tjhei/fix_lambda_warning

fix unused lambda capture warning

fix unused lambda capture warning

/ssd/deal-git/source/dofs/dof_handler_policy.cc:1998:48: warning: lambda
capture 'i' is not used [-Wunused-lambda-capture]

address comment

add reference to step-16b

allow doxygen links for step-xyb

address comments

update documentation

fix references, update results

port step-16 to mesh_loop

rename .cc

adjust 16b

readd

move step-16

Merge pull request #7133 from marcfehling/hp-unify-dofs-4

Optimize DoF distribution of hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Simplified p2p comm computation

Optimize DoF distribution of hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Changed documentation on parallel DoF distribution to be in accordance with paper.

Merge pull request #7141 from masterleinad/cuda_unify_device_data

Unify allocate/delete_device_data in base/cuda.h

Changelog entry

Add asserts and swap functions

Merge pull request #7142 from drwells/fix-mathjax-coloneqq

Fix our usage of ':=' in MathJax.

Fix our usage of ':=' in MathJax.

The MathJax \coloneqq command is a bit odd in that it is does not correctly
center the colon and is not available in offline versions of MathJax. Fix both
problems by defining our own macro for ':=', \dealcoloneq, that is correctly
centered.

Unify allocate/delete_device_data in base/cuda.h

Merge pull request #7129 from drwells/step-37-modernization

Step 37 modernization

step-37: Redo the second Dirichlet boundary algorithm.

Doing this with blocks will take a lot more work than the original version
implied, so this example now presents an alternative that constructs a second
MatrixFree object instead.

step-37: minor typesetting and typo fixes.

shortened and adapted changelog entry, changed function argument type of mask to reference

Merge pull request #7138 from drwells/fix-FESystem-name

Refer to FESystem as such (not FE_System).

Merge pull request #7139 from drwells/add-inhomogeneous-step-37-test

Add a test based on step-37.

Add a test based on step-37.

The discussion of step-37 modernizations lead to the conclusion that each
proposed inhomogeneous boundary enforcement strategy should correspond to a
distinct test. This commit includes a test based on the first such enforcement
strategy.

Update a comment on using FESystem with MatrixFree.

Refer to FESystem as such (not FE_System).

This fixes some doxygen links.

Merge pull request #7137 from bangerth/doc-update-4

Fix a typo.

Fix a typo.

Merge pull request #7136 from tjhei/dox_remove_unused_script

remove unused program2doxyplain script

Merge pull request #7135 from tjhei/dox_step_trail_comment_remove

doxygen: remove trailing // in tutorials

remove unused program2doxyplain script

doxygen: remove trailing // in tutorials

We introduced "//" markers (see for example "shape_grad" lines in
step-8) to force a specific formatting for clang-format. Make sure we
don't output these markers to the tutorial pages.

Work around ICC issue with __builtin_expect in constexpr function

Merge pull request #7132 from GrahamBenHarper/step16_typofix

Fixes a typo in step-16 results.dox

Fixes a typo in step-16 results.dox

Merge pull request #7102 from marcfehling/extend-doc

Extend doc on 'compute_line_dof_identities' and 'get_active_neighbors'.

Merge pull request #7125 from BenBrands/just_another_ScaLAPACK_test

follow-up to #7044

Extend doc on 'compute_line_dof_identities' and 'get_active_neighbors'.

follow-up to #7044

Merge pull request #7131 from jppelteret/ad-doc_01

Doc fix: Correct all instances of "Adol-C"

Doc fix: Correct all instances of "Adol-C"

Merge pull request #7098 from bangerth/particles

Add missing ParticleAccessor::serialize function

step-37: remove the value_list overload.

This is never used.